最近有个粉丝反馈,按照视频中的方法挑选出感兴趣的GO条目之后,运行R代码绘图,遇到了一个很诡异的问题。读取文件没有报错(error),虽然有一个warning(了解小编的人都知道,小编一向是忽略warning的,因为warning不会终止程序运行),运行到后面画图的时候就有问题了。粉丝认真检查文件确实没有问题。也能用Excel打开,虽然跳出一个对话框。如果你直接叉掉了,可能很难发现问题所在了。这个警告说文件格式和后缀不匹配。
文件打开之后,可以看到还有颜色标注。csv文件虽然能用Excel打开,但本质上是一个纯文本文件,里面是无法设置格式的。即使你在Excel里面设置了,保存成csv文件的时候这部分信息也会丢失。
到这里,基本能断定问题出在文件格式上了。这位粉丝的GO_all_enrich_selected.csv文件,其实是一个披着csv外衣的xlsx文件。可能这位粉丝编辑完Excel文件后,为了保证跟视频里面的后缀一样,直接改了文件后缀名。
- 打开这个假的GO_all_enrich_selected.csv文件,另存为真正的csv文件。具体可以参考
#安装readxl
BiocManager::install("readxl")
library(readxl)
#读取excel文件
GO_result=read_excel("GO_all_enrich_selected.csv")
GO_result
可以看到数据已经成功的读到GO_result中了
接着再使用☞ R四种风格展示挑选的GO富集结果 画图就没有任何问题了。
更多GO和KEGG富集分析相关的干货
☞【推文汇总】GO和KEGG富集分析及可视化
本站仅提供存储服务,所有内容均由用户发布,如发现有害或侵权内容,请
点击举报。