流式图最常用的是：直方图、散点图、等高线图。
流式通道
流式通道分散射光通道和荧光通道：散射光通道有两个，FSC和SSC通道；
FSC(Forward scatter)，即前向角散射，它的值代表细胞的大小。细胞越大，背景墙上留下的阴影就越大。
SSC(side scatter, SSC)，即侧向角散射，它的值代表细胞的颗粒度（granularity）。反应细胞内部细胞器或者颗粒性物质分布规则，细胞表面突起。
一般在硏究细胞样品时首先关注FSC-SSC散点图（不需要标记任何荧光素偶联抗体），x轴代表FSC值，y轴代表SSC值，分别代表细胞的大小和颗粒度这两个基本的物理特征，所以样品的FSC-SSC散点图又称为样品细胞的 “物理图”。
荧光通道表示的不是细胞特有的物理特征，而是其化学特征。
如需检测样品中是否有细胞表达某分子，则需标记荧光素偶联的该分子抗体，荧光素被相应的激光激发后产生荧光，该荧光信号通过光路系统被相应的荧光通道接收。
荧光通道值反映接收到的荧光信号的强弱，从而反映细胞上结合的荧光素的量，进一步反映细胞上表达该分子的数量，最后间接反映细胞表达某分子这一化学特征。
不同细胞群的FSC值和SSC值最多相差几倍，而荧光信号强弱之间一般相差很大，阴性细胞与阳性细胞之间、强阳性与弱阳性之间有时可以相差几十倍、几百倍，甚至几千倍，呈指数关系。所以，流式图数轴上FSC值和SSC值以“一般数序形式”表示，而荧光通道值常以“对数形式”（logarithmic scale）表示，在识图时需要注意数轴的表示形式。当然，并不是所有的荧光通道值都以“对数形式”表示，当荧光信号值相差不多时，也可以“一般数序形式”表示，如P染色检测细胞内DNA含量以及Hoechst33342染色分析和分选侧群干细胞时，均以“一般数序形式”表示。
1. 直方图（一个通道的信息）
流式直方图形成的原理与统计学中的直方图相似,是在统计学直方图的基础上进一步发展而成的。流式直方图的x轴表示一个通道的值,y轴表示细胞数量。
流式直方图虽不是如此简单，但是基本原理是相同的。流式直方图是在此统计直方图的基础上，使统计区间不断地缩小，缩小到甚至可以认为一个值就是一个统计区间，使统计的细胞数量不断地增加，增加到以万计，甚至以十万计时，相邻的小统计区间内的细胞数相差不多，这时的直方图好像是由光滑的曲线所围成的。
2. 流式散点图（同时显示2个通道的信息）
x轴表示一个通道的值，y轴表示另一个通道的值，图中每一点代表一个细胞。
与流式直方图相比，流式散点图能够同时表示两个通道的值，能够更加直观地表示细胞的信息，所以流式散点图更加直观和常用。更易于细胞分群、分类，以及确定比例关系等。
正常人外周血白细胞FSC－SSC散点图，中性粒细胞又大又复杂。
一般在流式分析过程中，先利用FSC-SC物理图根据细胞的大小和顆粒度将细胞进行分群，然后根据目标细胞处于哪个群体，再将该群体细胞设门（set gate），进一步分析该群体中的目标细胞。
门（gate）是流式分析过程中一个较为重要的概念，流式分析时有时不希望所有的样品细胞都显示于流式图中，而是希望只显示感兴趣的细胞，排除其他非相关细胞的干扰，使显示的信息更加直观，更具有针对性。
流式细胞术散点图参数FSC-A与FSC-H中的A是area的缩写，H是height的缩写。这是机器在记录信号时所采用的参数（不显示在用户界面，在调试机器的时候可以显示）。每个细胞通过激光的时候，机器都会记录一个波状信号（一个拱形的信号），H就是这个拱的高度（代表的是信号的强度），A就是这个拱的曲线下面积，代表信号强度和细胞大小的关系。其实还应该有一个参数W，是width的缩写，是这个拱的宽度，代表细胞通过激光束所花的时间。
散点图通常用于显示和比较数值。例如科学数据、统计数据和工程数据。当要在不考虑时间的情况下比较大量数据点时，请使用散点图。散点图中包含的数据越多，比较的效果就越好。气泡图要求每个数据点具有两个值（探顶值和探底值）。对于处理值的分布和数据点的分簇，散点图都很理想。如果数据集中包含非常多的点（例如，几千个点），那么散点图便是最佳图表类型。在点状图中显示多个序列看上去非常混乱，这种情况下，应避免使用点状图，而应考虑使用折线图。
3. 流式等高线图（同时显示2个通道的信息）
流式等高线图与流式散点图相似，一张流式等高线图也能同时显示两个通道的信息，所不同的是，它借助地理等高线图的形式。地理等高线图用封闭的环线代表海拔高度相同的地方，环线聚集越多，表示海拔高度变化越快，环线的中央区域表示海拔最高或者最低的区域。
流式等高线图借助地理等高线图表示细胞的密集程度，流式等高线图的环线代表的是细胞密度相同的区域，所以，环线聚集越多的地方表示此区域细胞密度变化越快，细胞最稀疏的地方还是用散点表示，环线的中央区域代表细胞聚集的中心。
流式等高线图的意义和实际应用与流式散点图较为相似，可以看作是流式散点图的一个变体。相比之下，流式散点图更为直观，所以应用也更为广泛。
当然，流式等高线图也有其自身的优点，它较能直观地体现细胞群的集中点，等密度环线的中央区域代表一个细胞群的集中点，一般代表一个细胞群，所以在某些情况下，流式等高线图比流式散点图更能直观地体现细胞的分群。
下图显示的是正常C57小鼠脾脏淋巴细胞分群的流式等高线图。
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