不用编程也可以做GSEA

GSEA的原理可参考：https://cloud.tencent.com/developer/article/1426130

下载GSEA软件

根据自己电脑内存大小下载适合的版本：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp

1.准备输入数据

输入数据如果是RNAseq的话，需要准备基因的表达矩阵和表型数据。格式如下面的例子所示：

Example Datasets(http://software.broadinstitute.org/gsea/datasets.jsp)

以P53突变样本为例：

下载P53的表型数据(cls文件）和基因表达数据（gct文件）

GSEA软件其他需要的数据格式可参考：GSEA软件支持的数据格式

P53.cls #表型文件,定义了表达文档中样品的表型标签，使用空格或tab隔开；

P53_collapsed_symbols.gct #基因表达谱数据

如果对下面数据格式有困惑的话，可以参考https://www.plob.org/article/12007.html

为了看起来整齐一些用excel打开表达矩阵大概是这个样子的数据：

如果基因表达谱数据不是用gct格式而是使用txt格式的话，去掉前两行即可，即文件第一行为NAME,DESCRIPTION,sample1，sample2...

接下来是表型数据：

将数据导入GSEA

有三种方式可以导入，这里我们直接用第三种将文件拖进来即可，只有显示There were NO errors 才算成功。

导入数据之后，设置相应的文件，Gene sets database可以按照自己想看的通路选择合适的，并点击run：

Error:分析出错，点击Error，查看出错详情；

Success:分析成功，点击Success，可以查看网页报告；

参考：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/doc/GSEAUserGuideFrame.html

https://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/10258644.html