ceRNA(competing endogenous RNAs,竞争性内源RNA)是近几年的研究热点,已知microRNA可以通过结合mRNA导致基因沉默,而ceRNA可以通过竞争性地结合microRNA来调节基因表达。最常见的ceRNA为lncRNA和circRNA,其可以通过应答元件(MREs)与microRNA结合从而影响microRNA导致的基因沉默。相较于microRNA调控网络,ceRNA作为一种全新的基因表达调控模式,其更为精细和复杂,涉及更多的RNA分子。LncACTdb 3.0是一个综合性数据库,包含ceRNA种类和相应的个性化网络之间的相互作用。
图1 LncACTdb 数据库用户界面
LncACTdb 3.0数据库增加了以下五个新功能:
(1)通过人工整理已发表的文献,增添5,669种经过实验验证的ceRNA相互作用,其中涉及25个物种和537种疾病;
(2) 从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达数据集(GEO)中收集了来自33种癌症类型的16,228名患者的62个高通量表达谱。确定了93,307项针对患者的ceRNA规定;
(3)提供了lncRNAs、miRNAs和mRNAs所有可能的亚细胞和细胞外囊泡位置;
(4) 收集了10000多个实验支持的与肿瘤转移(如复发、预后、循环和耐药)相关的lncRNA生物标志物;
(5)结合个性化ceRNA网络,将数千例患者lncRNA/mRNA/miRNA表达谱的整理以及转移、复发、耐药、预后等临床信息整合到Lnccactdb 3.0中,进行个体病理分析。
图2 LncACTdb 3.0的数据扩展和特性
图3 LncACTdb 3.0数据库研究示例和工作流程
总之,LncACTdb 3.0 将为进一步研究个体层面的复杂疾病提供新的见解,并将促进治疗此类疾病的精准医学的发展。
参考文献
LncACTdb 3.0: an updated database of experimentally supported ceRNA interactions and personalized networks contributing to precision medicine. Nucleic Acids Research, 2021.
联系客服