在试管苗增殖到一定数量时，就要使部分组培苗分流进入到壮苗与生根阶段。若不能将培养物大量转移到生根培养基上，就会使长时间不转移的苗子发黄老化，或因过分拥挤而导致无效苗增多，最后被迫淘汰许多材料。
要使试管苗大量种植成活，就应当分析并改善幼苗种植的环境条件，必须尽可能地创造适宜于它生存的环境。
壮苗培养
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在继代培养过程中，细胞分裂素浓度的增加有助于增殖系数的提高。但伴随着增殖系数的提高，增殖的芽往往会出现生长势减弱，不定芽短小、细弱，无法进行生根培养的现象；即使能够生根，移栽成活率也不高，必须经过壮苗培养。壮苗培养时，可将生长较好的芽分成单株培养，而将一些尚未成型的芽分成几个芽丛培养。
选择适宜的细胞分裂素和生长素（种类及不同浓度配比），可以同时满足增殖和壮苗的不同要求。如在杜鹃快繁的研究中发现，ZT/IAA或ZT/IBA的比值升高，芽的繁殖系数也随之增加，但壮苗效果却降低。高浓度的生长素和低浓度的细胞分裂素的组合有利于形成壮苗。因此，在以丛生芽方式进行增殖时，适当降低培养基中细胞分裂素的浓度，并增加NAA等生长素的浓度，就能达到壮苗培养的目的。在实际生产中，我们一般用较低浓度的细胞分裂素与生长素组成合理的比列，将有效增殖系数控制在3.0-5.0，以实现增殖和壮苗的双重目的。
生根培养
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2.1 试管内生根
试管内生根是将成丛的试管苗分离成单苗，转接到生根培养基上，在培养容器内诱导生根的方法。试管苗生根的优劣主要体现在根系质量（粗度、长度）和根系数量（条数）吸收方面。不仅要求不定根比较粗壮，更重要的是要有较多的毛细根，以扩大根系的吸收面积，增强根系的吸收能力，提高移栽成活率。根系的长度不宜太长，在粗而少与细而多之间，可能以后者较好。
生根阶段可对培养基成分和培养条件进行调整，减少试管苗对异养条件的依赖，逐步增强光合作用的能力。对于大多数物种来说，诱导生根需要有适当的生长素，其中最常用的是NAA和IBA，浓度一般为0.1-10.0mg/L。但唐菖蒲、水仙和草莓等组培苗很容易在无生长素的培养基上生根。
一般情况下矿质元素浓度较高时有利于茎、叶生长；较低时有利于生根。生根培养基中无机盐和蔗糖浓度减少一半，光照强度由原来的500-1000lx提高到1000-5000lx，能刺激小植株自身进行光合作用制造有机物，以便由异养型向自养型过渡。在这种条件下，植物能较好的生根，对水分胁迫和疾病的抗性也会有所增强，植株可能表现出生长迟缓和较轻微的失绿。但生产实践证明，这样的幼苗，要比在低光强条件下的着绿较高的幼苗移栽成活率高。
生根阶段采用自然光照比灯光照明所形成的试管苗更能适应外界环境条件。培养基中添加活性炭有利于提高生根苗质量。例如在樱花生根培养基中加入0.1%-0.2%活性炭后，试管苗不仅生长健壮，无愈伤组织，而且根系较长、白色、有韧性，移栽后新根发生快，质量好，成活率高。
2.2 试管外生根
有些植物种类在试管中难以生根，或有根但与茎的维管束不相通，或根与茎联系差，或有根而无根毛，或吸收功能极弱，移栽后不宜成活，这就需要采用试管外生根法。试管外生根是将已经完成壮苗培养的小苗，用一定浓度生长素或生根粉浸蘸处理，然后栽入疏松透气的基质中。例如大花蕙兰、非洲菊、苹果、猕猴桃、葡萄和毛白杨等均有试管外生根成功的报道。试管外生根也是一种降低生产成本的有效措施，不仅可以减少无菌操作的工时消耗，而且减少了培养基制备材料与能源消耗。
组培苗的移栽
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进入生根培养中的小苗已生根成为完整的再生植株，或者虽未生根但已长粗壮，适宜无根扦插，这时便可出瓶种植。试管苗是在无菌、有营养供给、适宜光照、温度和100％的相对湿度环境中生长的，并有适宜的植物激素以调节生长代谢等生理需要。一旦出瓶种植，环境发生了不利于其生长的剧烈变化，比如湿度不再能保持100％，温度也没有培养室那样适宜，失去了营养的支持，移栽的环境可能杂菌丛生等。总之，这么娇嫩的小苗是很难种活的，稍一不慎便会造成大量死苗，使已花费的劳动付之东流。要使试管苗大量种植成活，就应当分析并改善幼苗种植的环境条件，必须尽可能地创造适宜于它生存的环境。
3.1 要保持小苗的水分供需平衡。
在试管或培养瓶中的小苗，因湿度大，茎叶表面防止水分散失的角质层等几乎全无，根系也不发达或无根，出瓶种植后难以保持水分平衡，即使根的周围有足够的水分也不行。所以，只有提高周围的空气湿度(达90％～100％)，使叶面的蒸腾减少，尽量接近试管或培养瓶培养中的条件，使小苗始终保持挺拔的姿态。
3.2 要选择恰当的种植介质
常用粗粒状蛭石(过细的蛭石粉并不适宜)、珍珠岩、粗沙、炉灰渣、谷壳(或谷炭壳)、锯木屑、腐殖土等，或者根据观赏花卉种类的特性，将它们以一定的比例混合应用。管理过程中不要浇水过多，过多的水应迅速沥除，以利根系的呼吸，有助于生根成活。这些介质一般不要重复使用，如重复使用，在使用前应高压灭菌。在种苗的组培快繁工厂化生产中，通常采用微喷设施来保证环境的相对湿度条件。
3.3 防止菌类滋生
试管苗原来的环境是无菌的，出瓶种植环境难以保持完全无菌，但应尽量减少杂菌大量滋生，才能保证试管苗过渡成活。适当使用一定浓度的杀菌剂可以有效地保护幼苗，如百菌清、多菌灵、甲基托布津等，浓度在1/800-1/1000。小苗种好后应立即用喷雾器喷水定苗。
为了减少试管苗出瓶操作时对幼苗产生的损伤，新的组培苗出瓶技术无需洗去组培苗上附着的培养基，而直接从瓶中取苗栽植，既省去了一道操作程序，又能进一步提高成活率。
3.4 要注意一定的光、温条件
试管苗原来是有糖等营养供应的，出瓶后要靠自己进行光合作用维持生存，因此光照不能太弱，以强度较高的漫射光为好，最好能够调节，随苗的壮弱、喜光或喜阴、种植成活的程度而定。约在1500～4000lx甚至达l0000lx之间。光线过强会使叶绿素受到破坏，引起叶片失绿、发黄或发白，使小苗成活延缓。过强的光线还能刺激蒸腾作用加强，使水分平衡的矛盾更加尖锐，容易引起大量死苗。
3.5 小苗种植过程中温度要适宜。
这要看植物种类，喜温植物如花叶芋、花叶万年青、巴西铁树、变叶木等，以25℃左右为宜；喜冷凉的植物如文竹、香石竹、满天星、情人草、非洲菊、倒挂金钟、菊花等以18～20℃为宜。温度过高会导致蒸腾作用加强，水分失衡以及菌类滋生等问题；温度过低使幼苗生长迟缓或不易成活。如果能有良好的设备或配合适宜的季节，使介质温度略高于空气温度2～3℃，则有利于生根和促进根系发育，提高成活率。采用温室地槽等埋设地热线或加温生根箱种植试管苗，也可以取得更好的效果。
在规模化生产的过渡培养温室内，配置调温、调湿、调光、通气设施，虽然投资成本较大，但可保障过渡组培苗的成活率。在管理措施完善的单位，一般都能在3～5年内收回投资，与条件差的过渡环境相比可获得更好的经济效益。
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