基因名的三十六变——基因ID转换小工具汇总

生信分析时，同一基因可能会有多种命名，如Ensembl gene ID、NCBI Entrez gene ID、Gene Symbol等。在数据分析时，常需进行各种gene ID之间的转换，如GO分析时，要将gene symbol转化为ENTREZID；芯片数据分析时，要将探针ID转化为gene symbol；利用GSEA等分析进行生物学数据库注释时，有时需要进行常见物种同源基因的转换。那有没有一键解决这些名称转换的方法呢？今天小编给大家推荐安诺云小工具，可以快速且准确地实现各种基因转换的需求~

基因有哪些名儿，你知道嘛？

Ensembl gene ID：Ensembl数据库中对基因的命名，如ENSMUSG00000000538。ENS是固定字符，表示这是一个Ensembl ID，默认物种是人，如ENSG00000143322，物种为小鼠时，则以ENSMUS开头。G表示该id指的是一个基因。00000000538为11个数字组成的编号。

NCBI Entrez gene ID：NCBI中Entrez gene数据库所使用的编号，每一个核酸序列都有对应的数字ID。上述基因对应的Entrez ID为216810。

Gene Symbol：Official Symbol，由HGNC这个组织提供的基因名称，HGNC基因命名委员会负责对人类基因组上的所有基因提供一个标准的、可广泛传播的symbol。如ENSMUSG00000000538的Symbol为Tom1l2。一般也会将Gene Symbol认为是Gene Name。

Official Full Name：则为基因的全名。如ENSMUSG00000000538对应的基因名则为target of myb1-like 2 (chicken）。此外还有其他数据库或者命名的方式，在此就不做赘述了。

用来实现基因名转换的小工具都有哪些呢？

3种云工具任你挑选，分别为【基因id转换为基因name】、【基因id转换】、【同源基因转换】。

具体功能与使用方法如下，快来体验吧

1

云工具【基因id转换为基因name】

该小工具基于基因组的注释文件，将Gene ID转换为Gene Name，输出结果在Gene ID列后增加Gene Name列。其他列信息保持不变。

方法1：如果提供gtf文件，则根据提供的gtf文件进行转换。

方法2：如果不提供gtf文件，可以直接选择物种信息，填写对应参考基因组版本即可，可根据安诺的参考基因组库直接进行转换，使用更方便！

2

云工具【基因id转换】

该小工具使用R包org.*.eg.db（Version:3.14.0），实现常见物种的基因id转换，输入待转换的基因id类型（Ensembl gene ID、NCBI Entrez gene ID或Gene Symbol），将输入的基因类型，转化为另外几种类型。可选物种包括人、小鼠、大鼠、牛、狗、鸡、蝇、拟南芥等。

3

云工具【同源基因转换】

HomoloGene数据库是一个在21种完全测序的真核生物基因组中自动检索同源基因的系统，包括直系同源与旁系同源。该小工具使用NCBI的HomoloGene数据库，用于实现常见物种之间的同源基因转换，方便科研工作者进行后续的各种分析。

下面是这些小工具使用时的一些注意事项，快来了解一下吧~

工具名称	输入文件	适用范围
基因id转换为基因name	含有Gene ID列的文件	Gene ID列可在任意列，可参数指定；gtf文件可上传，也可不上传直接选取物种信息
基因id转换	total_count.xls或 fpkm.xls或 fpkm.anno.xls	输入文件需要有表头，且第一列为待转换基因，可以仅有一列、也可以使用第一列为基因名的文件
同源基因转换	total_count.xls或 fpkm.xls或 fpkm.anno.xls	输入文件需要有表头，且第一列为待转换基因，可以仅有一列、也可以使用第一列为基因名的文件

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撰稿：蔺鑫雨

排版：史婧茹

审核：姜莹