今天给大家介绍的一篇文章题目为“The m6A reader YTHDF1 promotes ovarian cancer progression via augmenting EIF3C translation”（M6A阅读器YTHDF1通过增强EIF3C翻译促进卵巢癌进展）。
引言
N6-甲基腺苷(m6A)是哺乳动物mRNA中含量最丰富的RNA修饰，越来越多的证据表明m6A在人类肿瘤发生中起关键作用。然而，m6A特别是它的“读者”YTHDF1，是否靶向涉及蛋白质翻译的基因，从而影响癌细胞中的整体蛋白质产生在很大程度上是未知的。
研究方法
一：YTHDF1表达增加与卵巢癌患者预后不良相关。
(A)根据cBioPortal数据集m6A相关基因在卵巢癌中的基因突变率。
(B)根据cBioPortal数据集(TCGA Nature 2011)在卵巢癌中m6A相关基因的基因表达。
(C)TCGA Nature 2011卵巢癌数据集中基因表达与拷贝数状态之间的相关性分析。
(D和E)在GEO数据集中卵巢癌和正常卵巢表面上皮中YTHDF1的相对RNA水平。
(F)CSIOVDB中卵巢癌患者的Kaplan-Meier分析YTHDF1表达与无病生存率以及总生存率之间的相关性。
(G)在卵巢癌组织、输卵管和正常卵巢表面上皮中YTHDF1表达的代表性免疫组织化学图像。比例尺，100微米。
(H)通过免疫组织化学评估的输卵管、卵巢表面上皮和卵巢癌标本中的相对YTHDF1蛋白表达。数据显示为平均值±SD。
二：YTHDF1抑制细胞生长和迁移的体外实验研究。
(A)靶向YTHDF1或对照shRNA两个独立shRNA感染的A2780和SKOV3细胞中YTHDF1表达的 Western印迹分析。
(B)进行CCK8测定以确定YTHDF1在A2780和SKOV3细胞中被敲低后的细胞生长。
(C)(A)中描述的A2780和SKOV3细胞的EdU测定。比例尺，100微米。
(D)所示的EdU阳性细胞的定量。
(E)描述的A2780和SKOV3细胞的集落形成测定。
(F)YTHDF1的敲低降低了A2780细胞的迁移和侵袭能力。比例尺，200微米。
(G)YTHDF1的敲低降低了SKOV3细胞的迁移和侵袭能力。
三：YTHDF1对小鼠卵巢癌细胞生长和转移的影响。
(A-C)YTHDF1抑制损害了异种移植肿瘤的生长。空载体或YTHDF1基因敲低载体的A2780细胞皮下注射裸鼠。
(B)每4天测量肿瘤大小并绘制生长曲线。每组裸鼠体内取肿瘤，移植后28天拍照,测量肿瘤重量(C)。比例尺10毫米。
(D-F)异种移植肿瘤中Ki-67和caspase-3阳性染色的代表性免疫组织化学结果和定量。比例尺，20微米。
(G)来源于YTHDF1敲低或对照A2780细胞的腹腔转移性肿瘤的代表性图像和定量。
四：卵巢癌细胞YTHDF1靶点的鉴定。
(A)由RNA-seq鉴定的差异表达基因(DEGs)的热图。
(B)二甘醇的GO富集分析。
(C-F)GSEA图显示YTHDF1改变的DEGs途径与卵巢癌细胞有关。
(G)通过使用m6A-seq数据的MEME基序分析检测到的m6A基序。
(H)通过m6A修饰的各种RNA种类的百分比。
(I)在卵巢癌细胞中跨mRNA转录组富集m6A的宏基因谱。
(J)由RIP-seq鉴定的YTHDF1靶向转录物的分布。
(K)由m6A-seq，RIP-seq和RNA-seq鉴定的基因的重叠分析。
(L)所述基因的GO分析。
五：EIF3C是YTHDF1在卵巢癌细胞中的靶点。
(A)由eCLIP-seq鉴定的YTHDF1靶向转录物的分布。
(B)用eCLIP-seq数据通过HOMER基序分析检测到的YTHDF1结合位点的共有序列。
(C)YTHDF1结合位点在不同基因区域内的分布(左)和富集(右)。富集是通过m6A峰与区域长度的归一化比例来测量的。
(D)维恩图说明了由RIP-seq,m6A-seq和RNA-seq 分析鉴定的YTHDF1的靶标(647)和由eCLIP-seq鉴定的靶标(2343)的重叠。
(E)显示来自RIP-seq，eCLIP-seq，m6A-seq和RNA-seq数据的YTHDF1的靶标的Circos图。
(F-J)m6A峰和YTHDF1结合峰在转录本中的分布。
(K)CLIP-qPCR检测YTHDF1与靶基因之间的相互作用。
结论
总之，研究确定翻译起始因子EIF3C是YTHDF1在卵巢癌细胞中的直接靶点。YTHDF1以m6A依赖的方式控制EIF3C的翻译，并影响作为致癌调节剂的整体蛋白质翻译。因此，靶向YTHDF1可能是卵巢癌治疗的有希望的候选药物。
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