袁世凯死后，北洋军阀逐渐分化为直系和皖系两派。皖系继承袁世凯的衣钵，坚持“武力统一”中国的政策，主张用军事讨伐手段削平因护法问题而崛起的西南军事割据。直系在以北洋为中心来统一全国，继续他们的军阀统治这个根本问题上，与皖系没有分歧，但反对对西南用兵，主张用和平谈判的方式维护西南军阀的地位和地盘，以换取他们对北洋政府的承认，并且时与西南军阀暗通款曲，达成默契。直皖两派的矛盾和斗争，当时表现为冯国璋与段祺瑞之间的明争暗斗，在一定意义上说，又是南北之间斗争的一种反映。
1919年12月冯国璋死后，曹锟、吴佩孚继起成为直系领袖，直皖之间的矛盾并未和缓，斗争并没有止息，反而进一步扩大了，激化了。皖系以冯国璋既死，直系失去了中心，北洋首领只有段祺瑞一人，于是提出“重振北洋系问题”，“亟图北洋系之统一，以期发展今后北方之新局面”，实现其武力统一中国的野心，然而却遭到直系的抵制和反对。直系方面，特别是吴佩孚这个直系的“后起之秀”和急先锋，利用五四运动后广大学生和人民群众向皖系军阀统治冲击的有利时机，对段祺瑞控制的亲日卖国政府进行了猛烈的抨击。吴佩孚自湖南前线撤防北归，更是直皖矛盾进一步激化的突出表现，是两派军阀势力从政治角逐走向军事冲突的一个重要步骤，“实为直皖战争的起点”。
吴佩孚由于直皖之间的矛盾，自从1918年4月占领衡阳后，即按兵不动，与南军划界而守，成立停战协定，并且公开发出“罢战主和”的通电，反对段祺瑞的“武力统一”政策，已如前述。
1919年5月南北和议破裂后，吴佩孚以“前方经济困穷，官兵苦不堪言”为由，屡次致电曹锟转请中央俯准撤防，北京政府不予理睬。此后，吴为了做好撤防准备，防备撤防时皖军的袭击，便加强了同西南的联系和结合，把此前同西南军阀形成的同盟关系发展成正式的军事同盟，并用条约形式确定下来。
8月下旬，由吴佩孚起草，正式提出了一份《救国同盟军草约》（军事密约），通过湘军总司令谭延闿转致西南各派军阀首领，征求意见。《草约》共一千余字，分为四个部分，全文如下。
第一条总纲 本约为平息内争，力谋统一，合力对外起见，并非有党见性质。
第二条宗旨 军人以卫国保民为天职，无论何时，国内战〔政〕争不得牵动武力，惟须弭患无形，以尽保民之责务，并须保全现在之主权，兼收回已失之主权，为卫国之主旨。
第三条条目 （甲）对内主旨。查近世以来，国内政争牵动武力，其咎不在政客善于鼓动，而实在军人程度过于卑劣。自草约定后，如再有此等情事发生，凡在约军人均应起而理喻之，排除之，决不为政党所利用。如有未在约军人盲从者，亦应理喻之，或刬除之。其办法手续如左：（一）维持现状。现在和局混沌，无论如何困难，须协力促成之。（二）和局成功。如扫除内奸，废弃密约，选举良善国会，组织不党内阁等条件，均取一致之态度；至必要时，得干预而纠正之。（三）和局破裂。如再起兵端，本团体攻守同盟，若有害甲，则乙援之；害乙，则甲援之。任至何地，彼此援助，不得坐视。（四）和平善后。即目前和成，而内奸余孽未清，则和平仍不能永保；对于非法机关巧立名目，凡未经正式国会通过，而私图扩张军阀势力，为将来和平障碍者，均取一致之反对，必达取消之目的。
（乙）对外主旨。（一）现在对外之意见。无论对于任何一国，有与吾国牴牾而侵占我国领土，妨害我国权利者，应合力争执，一体响应，以作外交之后盾，而促外人之猛省。（二）将来对外之实力。如至外交决裂，应付乏术，凡我军人均应同仇敌忾，以洗国耻，而为东亚吐气。除由与外人接近之军队出其全力对待外，凡同盟各军，应各出全力接济援助，以期最后之胜利，而博军人之荣誉。
（丙）附件。（一）凡属同盟军遇有危迫时，接近者应有实力之援助，不接近者亦应有函电之响应，或转托他军之援助。（二）如同盟军有意见时，得联合同志调解之，不得自起冲突。（三）如有扩张私人权利，破坏大局，或私通奸人，局部分裂者，应由同盟军摈诸团体之外，或驱逐之。（四）凡属南北将领，对内对外心理相同者，皆可联结同盟。惟必须主持和平，宗旨正大，而无权利思想，经本约同盟人认可者，方可列盟，不得以地区限制之。（五）以上各条，由同盟人署名盖章后，永久发生效力。
第四条结论 （一）此项盟约，因中央政府不良，元首大权旁落，深恐群奸盘据，延宕和局，实行其困惫南北征人之计，故不可稍事迁延，以期组织将来良好政府，安内攘外。（二）自签约之日起，如一月内和局仍无解决之望，或和议敷衍完结，及取消非法机关诸目的未能达到，应先由同盟军预定办法暨进行手续，另订副约，秘密签字，以期一致行动，贯彻始终。（三）上列对内对外各条，团结一致，好恶同之。有渝此盟，神明殛之。
《草约》的矛头指向皖系的卖国外交和“武力统一”政策，是十分明显的。
谭延闿在转达吴佩孚提出的《草约》时说，“吴愤于段氏专横，欲结西南，以期促进和平，协谋国是，情意恳切。”
他对《草约》各条所示主旨，自然完全予以支持。滇系军阀首领唐继尧也表示赞同，认为《草约》所提条件，与西南所持者基本相同，惟嫌涉及的范围较狭，希望予以扩大。随后，唐继尧派代表韩凤楼（五峰）至衡州（今衡阳），与吴佩孚洽商。10月中旬，吴佩孚又派其心腹石陶钧（醉六）作为全权代表至昆明和桂林，分别与唐继尧和陆荣廷进一步密谈。11月下旬，谭延闿的代表钟才宏、唐继尧的代表韩凤楼、陆荣廷的代表朱兆熊及粤军代表等，齐集衡州，在《救国同盟军草约》的修改稿上签了字，后来川军代表也在这个密约上签了字。
与签约的同时，吴佩孚还与西南各代表在衡州举行了秘密军事会议，讨论了参加军事同盟条约各方下一步的共同行动和步骤，决定：第一步，由谭延闿主稿，联衔致电国务总理靳云鹏敦促南北议和；第二步，由军政府通电主和；第三步，由吴佩孚致电靳云鹏，要求停止内讧，恢复上海和议，实现国内和平；第四步，为防备皖军的进攻，由西南各方“密饬各前线为相当之准备”；然后第五步，由吴佩孚率军由湖南前线撤防。
救国军事同盟密约的签约和衡州会议，把原来直军和南军互相对峙的局面正式变成为同盟关系，并且进入付诸行动阶段。这对直系和西南均具有重要意义，对吴佩孚的决心北撤，起了很大的推动作用。
衡州会议后，西南首领唐继尧、谭延闿、林葆怿、刘显世、谭浩明、熊克武、莫荣新七人，即按照会议的步骤，于12月14日致电靳云鹏。唐等由于找到了直系这个强有力的同盟者而有恃无恐，致靳电以强硬措词诘问说：“前屡得来电，一则曰渴望和平，再则曰欲求精神上之融洽，而为日既久，未闻有具体办法，且进行种种借款，此渴望和平者所不当如是。究竟执事主张何在，用意云何，是否无从措手，徒托空言，抑或别有他图，故意延宕？况夫做事当机立断，和战一言可决，军人信义所关，必须以诚相见。”
接着，军政府也于12月19日致电诘责靳云鹏。吴佩孚为履行第三步，于12月中旬派代表穆文善、赵中元晋京，赴府院向徐世昌和靳云鹏陈述对于谋和的种种意见，以及驻湘直军困苦情形和撤防问题。1920年1月2日，吴佩孚又致电靳云鹏，请他“急求国内统一，促成和议”，并说：“南北同胞也，强邻仇敌也。同胞之争，无妨相让，仇敌之侮，万难屈从。”
与此同时，吴佩孚还再次致电曹锟，恳求他“俯念兵艰，准予撤防北归”，并“转请中央迅赐救济，明令撤防”。吴佩孚的举动，得到曹锟暗中的支持。曹锟在向北京政府转呈吴佩孚要求撤防的电文中说：“该师旅长及各官兵等，自湘事发生，苦战千余里，担任防务，已经两载。战死者既作泉下之游魂，而生存者尤为异乡之饿莩。”
言下之意，吴佩孚所部处境值得同情，撤防要求合乎情理，应予核准。
在军事和政治的斗争中，任何一个军事和政治集团，为了保存和壮大自己，孤立并有效地打击敌人，克敌制胜，都需要争取同盟者，那怕是暂时的同盟者。为了促进北洋内部的分化，以利自身的发展，西南利用直皖矛盾，把同吴佩孚的同盟关系进一步扩大为同整个直系的联盟，制定了“联直制皖”的策略。直系则除了同西南结盟外，还提出北结奉系军阀张作霖，并与中央的徐世昌和靳云鹏通气，建立反皖的“三角同盟”。
1920年1月24日，桂系军阀元老、军政府主席总裁岑春煊在给唐继尧的密电中，把联直制皖的策略思想说得最为明确：“河间（冯国璋）新逝，直系骤失中心，段派乘时一面吸收，一面排退。直系恐被压迫，若不自振奋斗，势难自保，现似有此觉悟。直系失势，西南更危。双方处境相同，非彼此彻底联络，无以自存。”
岑春煊表示要对吴佩孚撤防加意联络，促其实现，并提出进一步托吴佩孚联络曹锟、李纯及张作霖，以谋共同解决时局的办法。岑春煊将上述联直制皖旨意电告南方驻上海议和代表章士钊，要他迅速进行活动。章随即将西南意见转达江苏都督李纯。李听后，十分欣喜，表示：“苟和非计，徒使安福假借统一名义大借外债，又借政权排斥异己。非有切实之保障，和后仍无益于国。”
李纯提出请岑春煊与唐继尧、陆荣廷连结西南诸帅为一团体，他则连结张作霖、曹锟、王占元、陈光远、吴佩孚为一团体，由两团体互商解决时局办法，并且认为必须实行直系与西南及在中央的靳云鹏、徐世昌的“三角同盟，缺一不可”。李纯的意见，与西南联直制皖的主张完全合拍，双方决定一致协同行动。后来事实表明，在倒皖的斗争中，这些商订的计划都付诸实行了。
1月下旬，吴佩孚派秘书余道南到广东，与西南军阀进一步磋商撤防具体办法。吴请款六十万元作为撤防费，军政府慨然应允，决定先付给三十万（毫洋），当即由国会议员钟才宏解交与吴，其余三十万留待直军开拔时付清。吴则与之约定，直军开拔时，衡州由湘军填防；撤防时，如遇皖军开衅或直军中途受阻，由同盟军各方恪守协约，极力援助。为了诓骗段派，争取撤防的顺利实现，吴佩孚在给北京政府及湖南督军张敬尧的电文中，均一再声称，撤防后由张敬尧的部队接防，他愿竭力负责促进南北两方调停，订立条约，湘南防务不致有虞。
北京政府在段祺瑞的授意下，对吴佩孚接连不断的撤防恳求一直不予批准，命令他不许自由行动。段祺瑞、徐树铮反对吴佩孚撤防，原因是清楚的：边防军要摆在北方用以自卫，没有足够的兵力接替前方防务；另外，他们需要吴佩孚这支骁勇善战的部队同南军作战，没有吴佩孚，段的武力统一中国的野心就不能实现。同时他们还担心，吴军北归，将会顺道直取长沙；到北方后，又构成对自己的威胁。但吴佩孚并不理会来自北京的不准命令，他有曹锟和直系长江三督的幕后支持，又找到了西南这个同盟者，表示撤防“志决议定，断无变更”。
2月间，在段祺瑞策划下，河南易督问题发生，同时安福系又在北京策划倒靳阁运动（均详后），于直系不利，这样就促使吴佩孚不得不加速率部北撤。从2月底开始，吴佩孚派人将包括自己眷属在内的直军官佐七百余人、家眷约三千人护送北归，并发布撤防布告，禁止士兵随意请假，以示北撤决心。曹锟的态度也强硬起来，接连六次致电北京政府，要求准许直军撤防。3月21日，北京政府再次致电曹锟，要他飞电制止吴军开拔。曹锟复电说：“现该军军官眷属等业已北上，归志已决，无法挽回，务请速发欠饷及开拔费，并电湘督拨队接防，迫切待命。”
3月26日，吴佩孚拍发的最后一个要求撤防电报指出：“我军远戍湘南，瓜期两届，所有必须回防之苦衷，迭经电陈，无事赘述。既经罢战议和，南北同属一家，并非外患仇雠，何须重兵防守。……若谓撤防太速，隳其前功，则三载换防，不可谓速，阋墙煮豆，何敢言功。”
段祺瑞看到阻止无效，直军撤防势在必行，被迫只好同意撤防。5月18日，吴佩孚接到曹锟转来的允准撤防命令后，即于20日通电撤防北返，开始行动。
5月21日，张敬尧派所部暂编第二师师长吴新田到衡州，会商防务交代事宜。吴佩孚与吴新田及谭延闿的代表萧弼臣在衡州签订了六条协定，规定各守防区，互相不得侵犯。吴佩孚随即率所部第三师及王承斌、阎相文、萧耀南三混成旅于5月25日一齐撤出了湘南防地，全体乘船至株洲，再水陆兼程，以期迅速行军。沿途军士们唱着吴佩孚用《满江红》词牌写的军歌《登蓬莱阁歌》：“北望满洲，渤海中、风浪大作。想当年、吉江辽沈，人民安乐。长白山前设藩篱，黑龙江畔列城郭。到而今，倭寇任纵横，风云恶。甲午役，土地削。甲辰役，主权堕。江山如故，夷族错落。何日奉命提锐旅，一战恢复旧山河。却归来，永作蓬山游，念弥陀。”
吴佩孚率部由湘江顺流而下，27日经过长沙，29日到岳州，均未停靠，31日抵达汉口。直军到汉口后，由鄂督王占元接济军费六十万元，吴向全军发饷三个月以振士气。吴佩孚一到汉口，即声称：“顺国人之公意，本正义之主张，撤防湘南，集中武汉，以清除奸慝，促进和平，力争外交，以维国体，一俟军队运输告终，即日挥戈北指。”
这无异是对段祺瑞的宣战书。在武汉休息数日后，吴佩孚率部于6月5日乘车离开汉口，7日清晨到达郑州。吴将第三师全部驻扎在郑州，王承斌的第一混成旅驻许昌，阎相文的第二混成旅驻驻马店，萧耀南的第三混成旅驻顺德、磁州，骑兵团驻黄河桥，步兵八团驻新乡县。
吴佩孚撤防之先，段祺瑞认为这等于是放虎归山，因此与徐树铮等密议决定，一面密电张敬尧迎头截击，一面电令驻在荆州城内的长江上游警备司令吴光新迅速率师东下集中岳州，准备将吴佩孚部队消灭于洞庭湖中。长江上游暂编第一混成旅旅长赵云龙、北洋第二十师师长范国璋、第二混成旅旅长刘海门等部已先赶驻岳州，其余驻沙市、宜昌、宜都等地的第二、第三、第四等旅亦分途开拔，长江上游第二旅旅长刘文明则奉派为前敌军事参赞，驰往长沙与张敬尧联系夹击吴军事宜。
湖北都督王占元据报吴光新所部纷纷东开，认为是袭击武汉，急调所部北洋第二师和第十八师宋大霈、湖北第二旅寇英杰、第三旅卢金山，第二十一混成旅孙传芳等部队，沿长江两岸布防堵击。吴光新军第二旅三、四两团渡襄河（即汉水）时，被襄阳镇守使署所属部队迎击，死伤甚多，溃退沙市，第三、四两旅在途中亦被堵不能前进，退驻宜都、宜昌等地。吴佩孚率领全军经过长沙时，张敬尧在长沙城内外及岳麓山布防，但因兵力单薄，不敢冒险截击。吴佩孚的船队到洞庭湖时，吴光新未能赶到岳州，在岳州布防的赵云龙等部皖军，无人敢负代为指挥之责，未向直军开火。因此，吴佩孚率部顺利闯过了两道险关，安全抵达武汉。
吴佩孚在撤离衡州前一天，与张敬尧和谭延闿代表三方签订的南北两方维持原有停战界线互不侵犯的协约，完全是迷惑张敬尧的官样文章。原来，吴佩孚早已秘密与西南达成撤防后由湘军接防，吴军退一步，湘军进一步的协议。因此，吴佩孚一走，湘军就立即行动起来，步步紧跟，抢先接防。5月21日，湘军就将祁阳防地占领。25日，侵夺耒阳。6月7日，进占衡山，并由湘潭、湘乡直逼省垣。
张敬尧所部驻湘军队虽有七万人之多，但军纪腐败不堪，毫无抵抗能力，不战自溃。6月11日晚，张敬尧从长沙逃往岳州。次日，湘军赵恒惕进占省城。26日，岳州亦为湘军占领。从此，湖南完全为湘军所有。湖南人民在张敬尧的暴虐统治下，度过了两年零三个月的苦难岁月，对张的暴戾恨之入骨。长达十个月之久的驱张运动，最终实现了。6月13日，北京政府以“节节退缩，置原划防区于不顾，又复擅离省垣”为词，褫去张敬尧湖南督军兼省长各职，暂行留任。29日，又明令查办。张敬尧的第七师残部退往湖北后，由王占元接管改编。
吴佩孚撤防，直军主力北上，湖南由原来皖系占据的地盘转归直系的盟军所有，不仅加深了直皖之间的对抗，意味着战争迫近了，而且这一变化，从军事形势和力量对比上来说，显然是有利于直系而不利于皖系的。这对后来战争结局有着不可忽视的影响。
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