精神疾病的病理主要是由上述不同病因以致阴阳失调，脏腑功能失调而发生的气、血、津液痰气郁结、火热、瘀阻等变化。
阴阳失调。中医学强调人体是有机整体和人与自然的统一性，人体自身以及人与自然都应该保持着相对的平衡。正如《素问》中所讲：“阴平阳秘，精神乃至”，否则“阳胜则阴病，阴盛则阳病”。《素问·宣明五气论》说：“邪入于阳则狂，邪入于阴则痹，搏阳则为癫疾”。刘河间在《河间六书》中也说到：“伤寒发狂奔走，骂詈不避亲疏，此阳有余，阴不足也”。《诸病源候论·风狂病候》说：“气并与阳则为狂发。”这说明机体阴阳平衡失调，不能互相维系，以致阴虚于下，阳亢于上，心神被扰，神明逆乱而发癫狂。
阴阳失调和脏腑功能失调是对精神疾病病机的做的看法，详述起来还得分气、血、痰、火、瘀等几个方面。
1、气气是中医学在朴素唯物主义基础上认识自然界以及人体的一个基本概念，认为气是构成人体和维持人体生命活动的最基本物质，并且以气的运动变化来阐释人体的生命活动。又根据气的组成部分、功能部位和功能特点又有各种不同的名称。如五脏六腑之气、经脉之气、营卫之气等。《素问·举痛论》曰：“怒则气上，喜则气缓，悲则气消，恐则气下，惊则气乱，思则气结。”强调了由于情志因素造成气机失调而致病，故云：“百病生于气。”
2、血血是人体生命活动的重要物质之一，是机体精神活动的主要物质基础。故《素问·八正神明论》说：“血气者，人之神，不可不谨养。”人的精神充沛、神志清晰、感觉灵敏、活动自如，均有赖于血气的充盛，血脉的调和与流利。《素问·平人绝谷》说：“血脉合利，精神乃居。”所以，不论何种所致的血虚、血热、或运行失常，均可致脑神失调，出现不寐、健忘、多梦、失眠、烦躁、紧张、神志恍惚、惊悸不安、昏迷、谵妄、精神衰退等症。
3、痰《证治汇补·内因门·痰证》说：“人之气道，贵乎清顺，则津液流通，何谈有之？若外为风、暑、燥、湿之侵，内为惊、恐、忧、思之扰，饮食、劳倦、酒色无节，荣卫不清，气血败浊，熏蒸津液，痰乃生焉。”说明了痰形成的原因，情志因素不可小觑。痰主要由于上述原因使肺、脾、肾及三焦等脏腑气化功能失常，水液代谢障碍，以致津液停滞而成。痰饮形成后又留积于肠胃、胸胁及肌肤，而痰则随气升降流行，内尔脏腑，外至筋骨皮肉，痰在人体无处不有，痰在人体形成多种病症。《杂病源留犀烛·卷十六·痰饮流源》说：“……，故痰为诸病之源，怪病皆由痰成也。”这就提示我们，在临床治疗中应多加关注痰饮在精神疾病中的重要性。在《丹溪心法》和《景岳全书》中都指出了癫病多有痰迷心窍所致的病机，因此也提出了治癫应注意豁痰开窍的治则。由于痰饮的性质以及痰饮病症形成的机理，在临床中应注意运用豁痰、化痰、涌吐、泄下等治疗方法。
4、火《素问·至真要大论》说：“诸躁狂越，皆属于火。”明确提出了躁动、狂越的精神症状皆由火邪所致。刘完素在《素问玄机原病式》中详细描述了火热病机，“……凡五志所伤皆为热也。……情志所伤，皆属火热。”五志太过与不及皆易生病，太过则脏气郁而化火生热，不及则虚火上扰，或大笑狂笑，或烦躁易怒，或自问自答，或神志失常，如见鬼神。火证几乎见于所有精神疾病，临床中需倍加注意。
5、瘀瘀既为病因亦为病机，作为病机其在精神疾病的发病中也占有很重要的位置。明代李梴《医学入门》首创“血气迷心”之说。清代王清任《医林改错》记载“……苦笑不休，骂詈歌唱，不避亲疏，许多恶态，乃气血凝滞脑气，与脏腑气不接，如同做梦一样”，倡导脑神功能，还指出气血凝滞，累及脑神及脏神后可出现精神疾病。
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