独立学院作为我国高等教育办学体制改革和创新的重要成果，萌芽于1995年民办四川电影电视艺术进修学院与四川师范大学合作成立的四川师范大学电影电视学院，燎原于20世纪90年代后期江浙一带的国有民办二级学院，正式命名于2003年教育部出台的《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》，健全于2008年教育部颁布的《独立学院设置与管理办法》。
也是在2008年，首批4所独立学院转设为普通民办高校揭开了我国独立学院转设进程的序幕。十年间，全国有77所独立学院进行了转设/停办。截至2020年4月，还剩下246所。20世纪90年代，在高等教育大众化、深化教育体制改革的大环境下，民办教育蓬勃发展起来。一些高校开始尝试引入社会资本合作办学，独立学院的前身——公办本科院校的独立二级学院应运而生。这类新机制二级学院在扩大优质高教资源和解决高校扩大招生规模问题上发挥了积极的作用。我国最早的独立二级学院，是成立于1995年的四川师范大学电影电视学院。随后这种由公办高校创办的国有民营二级学院在江浙一带迅速兴起，1999年，浙江大学与杭州市政府联合创办浙江大学城市学院，成为教育部批准的国内第一所独立学院。据不完全统计，1999年浙江省20所本科院校中有18所创办了19所独立学院，江苏省设置了23所独立学院。
进入21世纪，这种办学形式迅速由沿海地带蔓延至全国大部分省市。从全国范围来看，从1999年高校大规模扩招到2003年这四年间，是独立学院迅猛发展时期，到2003年，从最初的江苏、浙江两省举办独立学院，到全国有25个省市举办了独立学院，独立学院的数目达到360多所。2003年4月23日，教育部印发《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》（教发〔2003〕8号），将这种新的办学形式定名为“独立学院”，并规范了独立学院的办学性质、管理模式等，还提出试办独立学院要贯彻“积极支持、规范管理”的原则。2003年8月15日，教育部印发《关于对各地批准试办的独立学院进行检查清理和重新报批工作的通知》（教发函〔2003〕247号），并组织力量根据教发〔2003〕8号文件的要求，对全国各地、各高校举办的360多所民办二级学院的“校中校”、以二级学院名义“双轨收费”、产权不明晰、民办机制不健全、不独立发文凭等办学失范行为进行了清理整顿。通过整顿，独立学院“优”“民”“独”的特征得到了各界认同，这一新的办学形式基本得到社会认可。2004年2月11日，教育部公布了首批经确认具有独立办学资格的的148所独立学院名单，然后又分别于2004年5月24日、7月6日公布了全国试办的独立学院名单。2004年11月23日，教育部印发《关于对独立学院办学条件和教学工作开展专项检查的通知》（教高函〔2004〕21号），决定从2004年12月起到2005年2月，分期分批对当时试办的独立学院办学条件和教学工作进行专项检查。同时公布了截至2004年12月1日经教育部批准或经检查清理后确认的独立学院名单，28个省市区共计249所。到2005年，独立学院发展到29个省市区，共计295所。
作为一种补充性、试验性和双重性的办学模式，独立学院在发展过程中，其弊端也逐步凸显。独立学院集结了公办和民办的双重优势，通过政策倾斜，规避了一般民办高校的风险和成长中的艰难，凭借母体学校的品牌获得更大的竞争优势，严重地挤压了一般民办普通高校的生存空间，不利于形成高等教育体系多元化公平竞争和发展的格局。独立学院无法摆脱公办高校管理体制僵化的弊病，不能灵活适应社会的发展变化。在师资和管理上过度依赖，致使自己的造血能力不强。专业和学科上复制母体学校，缺乏自己的特色。非公非民、亦公亦民的身份不利于相关政策的落实，还可能使其无法享受民办高校的相关优惠政策，等等。
为此，国家开始逐步对独立学院采取“转”、“并”、“撤”的方案。2006年9月26日，教育部颁发《关于“十一五”期间普通高等学校设置工作的意见》（教发〔2006〕17号），提出“独立学院视需要和条件按普通高等学校设置程序可以逐步转设为独立建制的民办普通高等学校”。这是最早提出独立学院“转设”的文件。2008年2月22日，教育部颁布《独立学院设置与管理办法》（教育部第26号令）。时任教育部部长周济在讲话中指出，新形势下，独立学院的主要任务不是增加学院数量和扩大办学规模，而是稳定规模、规范管理和提高质量。这意味着独立学院的发展进入了一个新阶段。2008年2月29日，全国独立学院工作会议在北京召开，会议的主题是贯彻落实《独立学院设置与管理办法》，促进独立学院健康发展。2008年3月5日，教育部发展规划司和教育部政策研究与法制建设司联合印发全国独立学院工作会议参阅材料《关于〈独立学院设置与管理办法>的工作说明》，提出“考虑到独立学院的复杂性和实际情况，国家对已设独立学院给予了五年的过渡期，并明确了相关政策：- 基本符合《办法》要求的，由省级教育行政部门向教育部提出考察验收申请，教育部组织考察验收，并对考察验收合格的独立学院核发办学许可证。
- 符合普通本科高等学校设置标准的，可申请转设民办高等学校，颁发民办教育办学许可证。
- 既不申请考察验收，也不申请转设民办高等学校的，可继续教育教学活动，但必须按照《办法》的要求，规范体制机制，充实办学条件，在保证教育质量的前提下，有序地做好报请验收或申请转设工作，过渡期结束后，严格按照《办法》的要求办理”。
- 第三，并入公办高校，或引入新的出资方迁址规范发展；
- 第四，由当地政府支持转为公办高校，转设后继续与政府合作；
第六，终止办学。
2007年，东北地区5所独立学院申报转设为独立设置的普通民办高校，这是全国首批申请转设的独立学院。2008年9月27日，4所获得教育部批准：哈尔滨商业大学德强商务学院转设为哈尔滨德强商务学院（教发函〔2008〕285号），沈阳师范大学渤海学院转设为辽宁财贸学院（教发函〔2008〕286号），东北大学东软信息学院转设为大连东软信息学院（教发函〔2008〕287号），吉林艺术学院动画学院转设为吉林动画学院（教发函〔2008〕288号）。2009年4月15日，东北大学大连艺术学院获批转设为大连艺术学院（教发函〔2009〕97号）。2009年2月1日，教育部办公厅下发《关于编报省级<独立学院五年过渡期方案>的通知》（教发厅函〔2009〕15号），要求“摸清本地区独立学院的总体情况，逐校分析现状和存在的问题，按照《办法》的规定，提出每所独立学院具体的工作意见和进度。确保独立学院五年过渡期和谐与稳定”。2011年12月19日，教育部颁发《关于“十二五”期间普通高等学校设置工作的意见》（教发〔2011〕9号），专门对独立学院转设时间制定了优惠政策：“2014年以前每年均可按照高等学校设置工作要求开展独立学院转设的审批工作。”
由于独立学院的利益牵涉到母体高校和投资方等，尤其是一大部分独立学院往往由房地产等投资资本举办，国家相关法律、法规的不配套，导致5年申请考察验收期被迫延期。2014年，《中国青年报》独家连续报道全国292所独立学院5年“验收大考”延期和“独立难”困局。2017年1月25日，教育部印发《关于“十三五”时期高等学校设置工作的意见》（教发〔2017〕3号），提出“对布局合理，条件具备，办学行为规范的独立学院，鼓励按照普通高等学校设置程序，申请转设为独立设置的本科学校”。2018年4月8日，浙江省委常委会召开会议，专题研究浙江大学建设发展问题。浙江省委常委支持浙江大学宁波理工学院、浙江大学城市学院转设为公办普通本科高校，并启动转设工作，开了国内独立学院转设为公办普通本科高校的先河。2018年5月22日，教育部办公厅发布《关于开展独立学院基本情况问卷调查的通知》（教发厅函〔2018〕83号），问卷对独立学院的办学情况以及对转设后非营利性或者营利性选择倾向做了调查，还设置了对独立学院未来发展路径和对《独立学院设置与管理办法》修改的意见建议。2018年12月10日，东营市教育局公开的《市教育局2018年度工作总结》，提出2019年积极推进将中国石油大学胜利学院转设为公办普通本科院校工作。2019年2月22日，胜利油田、胜利石油工程公司与东营市召开联席会议，油地双方将共同推动中国石油大学胜利学院转设为省属公办普通本科高校。又一所独立学院将转设为独立设置公办普通本科高校。2018年12月27日，教育部办公厅印发《关于做好2018年度高等学校设置工作的通知》（教发厅函〔2018〕215号），要求“坚持把独立学院转设摆在高校设置工作的首要位置，积极推动独立学院能转快转、能转尽转。列入“十三五”高校设置规划的独立学院转设优先申报；未列入规划的，中期调整时优先支持列入规划。独立学院转设申报不受年度申报计划限制，成熟一所、转设一所”。2019年6月10日，教育部印发《关于同意新疆大学科学技术学院转设为新疆理工学院的函》（教发函〔2019〕51号），新疆理工学院为公办本科高校。12月26日，教育部印发《关于同意新疆财经大学商务学院转设为新疆科技学院的函》（教发函〔2019〕131号），新疆科技学院为公办本科高校。2020年1月2日，教育部发函批准浙江大学城市学院转设为浙大城市学院（教发函〔2020〕2号）、浙江大学宁波理工学院转设为浙大宁波理工学院（教发函〔2020〕1号），转设后两所高校均为公办。2020年5月18日，教育部办公厅印发《关于推进独立学院转设工作的实施方案》（教发厅〔2020〕2号），要求把独立学院转设作为高校设置工作的重中之重，积极创造条件推动完成转设。到2020年末，各独立学院全部制定转设工作方案，同时推动一批独立学院实现转设。原则上，中央部门所属高校、部省合建高校举办的独立学院要率先完成转设，其他独立学院要尽早完成转设。根据《方案》，独立学院转设路径有三种：转为民办、转为公办和终止办学。
《方案》提出了一系列鼓励和推动独立学院转设的政策，包括高校设置规划优先受理独立学院转设申报，不受数量限制、不设受理时限，成熟一所、受理一所；对按期完成转设的举办高校和转设后独立设置的学校，在招生计划、项目申报、专业设置等方面给予倾斜支持；鼓励学校所在地政府在生均拨款、财政奖补、贷款贴息、人才引进、购买服务、土地供应、税费减免、金融支持等方面给予政策扶持；将独立学院转设情况作为研究生招生计划下达、新增学位授权点审核及高校建设相关评价的参考因素；将独立学院转设情况纳入省级人民政府履行教育职责评价，压实省级人民政府统筹推进独立学院转设工作的责任。
我国独立学院数量最高时达到360多所，2003~2004年重新审批后确认了249所，到2008年5月数量再次达到顶峰——326所。但随后，2008年9月，有4所独立学院转设（上文已提到），数量降至322所。2009年转设1所，新设1所，数量未变。2010年10月，教育部批复同意设立北京电影学院现代创意媒体学院，独立学院数量又涨到了323所。从此以后，逐年减少，至2020年4月，全国还有246所。从地区分布上来看，至2004年，独立学院发展到28个省市区。2005年4月，海南大学三亚学院正式成立，海南省也有了独立学院。2008年5月，教育部批准内蒙古大学创业学院和内蒙古师范大学鸿德学院，独立学院分布区域扩展到30个省市区。2012年3月，教育部批准海南大学三亚学院转设为三亚学院，海南成为第一个将独立学院转设完成的省份（西藏一直没有）。以下为已经转设和停办的独立学院名单，数据截至2020年4月：从上表可以看出，独立学院转设后的名称绝大多数重新定名，完全只是去掉母体高校名称的有以下几所：福州大学阳光学院、华中科技大学文华学院、福建师范大学闽南科技学院、华中师范大学武汉传媒学院、华侨大学厦门工学院、海南大学三亚学院、复旦大学上海视觉艺术学院、东北大学大连艺术学院。转设后又发生过更名的有3所：哈尔滨德强商务学院2013年更名黑龙江财经学院，武汉长江工商学院2014年更名为武汉工商学院，郑州成功财经学院2018年更名为郑州商学院。转设后仍使用母体大学校名（简称）的有2所：浙大城市学院、浙大宁波理工学院。根据浙江大学规划，浙大城院和浙大宁理是浙江大学双一流办学体系不可分割的重要组成部分，只不过性质上不再是独立学院。停办的有3所：复旦大学太平洋金融学院、同济大学同科学院、辽宁科技大学信息技术学院。曾以“分校”命名的独立学院有4所：武汉科技大学中南分校（2011年转设）、武汉大学东湖分校（2011年转设）、华中师范大学汉口分校（2011年转设）、华中科技大学武昌分校（2015年转设）。但是有一所分校未被教育部列入独立学院行列——福建师范大学福清分校，它已于2019年6月改为福建技术师范学院。此外，成立于2013年12月的安徽大学艺术与传媒学院，虽然独立设置、独立管理，但仍是安徽大学的二级学院。所以，教育部未将其统计进独立学院序列内。安徽大学艺术与传媒学院已于2019年6月改为安徽艺术学院。以下为目前还未转设的独立学院名单，数据截至2020年4月：
我国最早的独立二级学院是成立于1995年的四川师范大学电影电视学院。
教育部批准的国内第一所（批）独立学院是浙江大学城市学院等。
教育部批准的最后一所独立学院是位于山东青岛的北京电影学院现代创意媒体学院，2010年10月获批成立。
我国最早申报转设的独立学院有5所，分别是哈尔滨商业大学德强商务学院、沈阳师范大学渤海学院、东北大学东软信息学院、吉林艺术学院动画学院、东北大学大连艺术学院。这5所独立学院于2007年申请转设。
我国最早转设的独立学院有4所：哈尔滨商业大学德强商务学院转设为哈尔滨德强商务学院，沈阳师范大学渤海学院转设为辽宁财贸学院，东北大学东软信息学院转设为大连东软信息学院，吉林艺术学院动画学院转设为吉林动画学院。这4所独立学院转设于2008年9月27日获教育部批准。东北大学大连艺术学院转设为大连艺术学院于2009年4月15日获教育部批准。
全国较早提出独立学院由民办转为公办的是浙江省，2018年浙江省支持浙江大学宁波理工学院、浙江大学城市学院转设为公办普通本科高校，并启动转设工作，开了国内独立学院转设为公办普通本科高校的先河。
全国第一所转设为公办高校的独立学院是新疆大学科学技术学院。2019年6月10日，教育部批准新疆大学科学技术学院转设为新疆理工学院。
截至2020年5月，已转设为公办高校的独立学院有4所，分别是新疆大学科学技术学院转设为新疆理工学院（2019年6月），新疆财经大学商务学院转设为新疆科技学院（2019年12月），浙江大学宁波理工学院转设为浙大宁波理工学院（2020年1月），浙江大学城市学院转设为浙大城市学院（2020年1月）。
不完全统计，计划转为公办高校的独立学院还有中国石油大学胜利学院（山东石油化工学院）、江西理工大学应用科技学院（赣南科技学院）、青海大学昆仑学院（参与筹建西宁大学）、山西大学商务学院、山西师范大学现代文理学院、太原理工大学现代科技学院等。
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