李自成牺牲后，大顺军当然没有消失，但却始终没有形成一个自己的领导核心。
1645年李过率领的大顺军余部与隆武帝联合，赐名“忠贞营”。李过封兴国侯，不久李过病逝，高一功成了领导人。但忠贞营在南明始终倍受歧视，高一功不愿依附孙可望，又不想屈膝投降清廷，于是北上夔东，与其他的大顺旧部会合。
1646年高一功中毒箭身死，李来亨率军到达夔东，此后大顺军余部基本会合，被称为“夔东十三家”，其弱点仍然是没有强有力的核心，南明又故意在封爵上封了一大批公侯。
南明永历帝被吴三桂杀死后，大顺军余部依然坚持抗清，直到1664年被清军消灭，领导人李来亨先杀妻子，后自杀，从此大陆的抗清运动结束。
大顺、大西与南明联合后，气节远胜原来大明的官军，如果大明官军都有如此气节，南明绝不会只坚持二十年。
也有另外一个说法，据史料记载，李自成率百万大军攻下北京后，以为天下已定，纵情享乐，军纪涣散，此时多尔衮率清军入塞，边关告急，岂料灾患丛生，义军大营中鼠疫暴发流行，死者甚众，此后李自成出兵山海关，遭到多尔衮与吴三桂的前后夹击，伤亡三万多人，李自成在称帝四十天以后无奈地率军撤离北京，此时李手中尚有几十万人马，但因鼠疫肆虐，死者不可胜数，加之军心涣散，南逃途中，俱作鸟兽散，及至湖北九宫山，从者已寥寥可数，最后遭地主武装伏击身亡。
还有一个说法，多尔衮的军队打开了北京城的城门之后，李自成率领军队到了九宫山一带，可是李自成和他的几十万军队自从进入了九宫山一带，便彻底地失去了踪迹，谁也不知道他们究竟去了哪里，换句话说闯王的结局究竟是什么。
或许因为这九宫山一带有着它的玄妙的地方，李自成和他的军队藏在这九宫山之中过起了"世外桃源"的生活，又或者李自成是改名换姓了。当然了，这些只是我们对李自成最终结局的猜想罢了，并没有什么具体的历史依据。
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