生物博士互作蛋白研究收藏网站汇总

上周末发表了一篇Cell杂志上关于互作蛋白预测筛选的推文，很多小伙伴给我留言说非常感兴趣，但是数据库库容量有限导致很多基因查找不到，这毕竟是一篇2020年发表的论文，数据可能有些落后于时代，粉丝朋友希望我多推荐几个预测查找互作蛋白的网站，完成一些重要功能的通路验证工作。

Cell查找互作蛋白的推文：Cell文章教你怎么找互作蛋白。

那我今天把目前我最新查找得到的一些比较好用的互作蛋白预测网站做一个汇总，无私贡献给正在为基因功能发愁的小伙伴。

科研的路上很孤独，不妨看看施一公院士的首部作品自我突围，这本书写给教育科研工作者，写给青年学子，在追求理想的道路上步履不停，共同前行。

如果是对R不熟悉或者刚入门的建议看看Y叔（余光创教授）的R实战书这本书《R实战：系统发育树的数据集成操作及可视化》，刚推出时候，卖断货N多次，现在价格只要半价，非常推荐。

01

plant.MAP

其网站的网址：http://plants.proteincomplexes.org/，包含拟南芥、水稻、玉米等常见的模式植物的蛋白质数据。

查找蛋白互作也非常简单，但是据很多同学反映，数据拟南芥的是最齐全，其他物种数据不是非常齐全，大家可以参考学习一下。

操作步骤也非常简单，大家按要求输入ID名字就可以得到具体结果。

02

BioGRID

其网站的网址：https://thebiogrid.org/。
BioGRID是一个生物医学交互存储库，其数据通过综合管理工作汇编而成。我们目前的索引版本是4.4.224，从主要模式生物物种中检索了82750篇论文，包括2636,898种蛋白质和遗传相互作用，30,725种化学相互作用和1,128,339种翻译后修饰。所有数据都通过我们的搜索索引免费提供，并可以多种标准格式下载。

      以水稻中研究比较热门的DELL基因（Os03g0707600
）为例子进行分析。

一共找到三个互作基因，点开右边的View还能看到验证的具体方法和具体的文献，非常nice。

03

STRING

其网站的地址如下：https://cn.string-db.org/，网站非常经典功能非常强大，相信不少小伙伴都知道。

以水稻的DELL蛋白序列为例：

得到了其互作的蛋白网络如下：

kmeans clustering聚类如图：

MCL clustering聚类如下：

都能导出矢量图编辑，个人感觉还是非常方便：

精读文献，挖掘资源，收集资源为自己服务也为大家服务，有好的学习资源欢迎大家积极提供，让大家科研少走弯路。欢迎大家一起理性交流讨论，个人见解，非喜勿喷！祝大家都能发CNS，都能早日带上帽子，杰青，院士！（多多照顾一下普通的科研工作者，他们也一直在进行不断的自我突围，突破层层障碍，用自己小小的成果点亮科研的小道）。