袁应泰兵败自焚后，朝中阁臣刘一燝高呼：“使廷弼在辽，当不至此。”朱由校深以为然，下诏重新启用熊廷弼经略辽东，再赐尚方宝剑，副总兵以下可先斩后奏。
熊廷弼离京赴任之日，天启帝朱由校于城外设宴送行，京中所有要员奉命陪宴，又赐一品官服，极尽宠信之能事。可见明廷在熊廷弼身上寄予了厚望。
熊廷弼复职之后，经过一番调查，掌握了一系列关于后金军缺少水师、后方不稳、兵力不足、不善于攻坚战的情况，于天启元年（1624年）6月有针对性地向朝廷提出建议：
八月，他又再次建言，进一步提出具体方案。
朱由校大喜，当下应允，同时命王化贞为广宁巡抚，辅佐熊廷弼。
明朝这边在战败后重启旧将，再造新的防御体系，意图东山再起；努尔哈赤的后金政权自然也不会闲着，自迁都辽阳之后，便开始了下一步的作战准备。
由于辽阳是明、朝鲜和蒙古的接壤之地，所以迁都辽阳后，为孤立明朝，努尔哈赤对朝鲜和蒙占采取了恩威并用的策略。
天命六年（1621年）三月，刚一攻下辽阳，努尔哈赤就致书朝鲜国王；“满洲国汗致书于朝鲜国王……”。
朱由校
这一时期，努尔哈赤在与蒙古和朝鲜任往来过程中虽然没有形成反明的统一战线，但至少是达到了使朝鲜和蒙古不与之为敌的目的，努尔哈赤便可以用主要精力来对付明朝了。
外患的解决并不能保证国家政权的稳定，要想从根本上统治好一个国家，内政问题尤为主要。其中，法律就是一个关键点。
天命六年四月，努尔哈赤借鉴明朝的律法规定，下诏将明朝所制定施行的《大明律》删减简化，用以约束后金。此举不仅对辽沈地区汉、满族人民的统治有利，对后金社会在某种程度上的进步也起到了促进作用。与此同时，努尔哈赤还效仿明朝办起了官学，希望以此提高女真人的文化素质，这对满族社会的发展来说，明显有深刻的意义。
同年七月，努尔哈赤又开始了计丁授田的改革措施。“计丁授田”是努尔哈赤以明朝的辽东军屯制度为基础，再与后金自有的牛录屯田相结合而制定的。该措施把海州、辽阳一带总共三十万日（一日合五亩）的土地分配给女真和汉族人耕种。每个男性给六日田，并规定，其中的五日用来种粮，剩下的那一日用来种棉花，很明显就是在准备战略物资。纳赋的方法是毎三个人耕官田一日，以所收获的农作物充当税收；每二十个人中抽取一人当兵，再抽取一人服役。从土地所有制、生产关系和分配形式来看，“计丁授田”已经出现封建经济体系的某些特征，这也意味着后金政权原有的奴隶制开始转变为封建制度。
向封建制度的转型改变不了一个很重要的问题，那就是在辽东地区女真人和汉族人之间的矛盾。迁都之后，女真族与汉族人之间的矛盾更加尖锐，汉族人民的反抗斗争也变得更加激烈起来。这个问题不解决，对于后金政权来说是个巨大的隐患。因此，努尔哈赤刚刚迁都辽阳，便采取了就对汉族人以安抚为主、镇压为辅的策略。仅在一年之中，有史可查的重大安抚措施多达8项。这些政策对巩固后金政权、笼络汉族官民、瓦解明朝在辽东地区的统治有着重大意义。
八月，努尔哈赤从军事角度考虑，决定在辽阳城太子河边修筑一座辽阳新城。他认为，辽阳旧城经过战火已经颓废不堪，并且列强环侧左右，势必要重兵把守。如此一来，大后方的安全就无法保证。如果建一个稍小一些、坚清壁野的新城，可以集中兵力把守，无须再担忧后方的安全。没有了后顾之忧，使可以放心大胆地对明朝动兵。
天启五年（1625年）八月二十五日五更，熊廷弼高昂着头跪在京师西市的刑场上，胸前挂着一个执袋。刑部主事、监斩官张时雍问其袋中所装何物，熊目：“《辨冤疏》也。”张日：“君未读《李斯传》乎？囚安得上书？”熊曰：“未读《李斯传》耳。此赵高语也。”张时雍无言以对，下令行刑。一代名将熊廷弼冤死法场。
熊廷弼图片
那么，熊廷弼为什么没有战死沙场，而是死在了明朝廷的法场？究其原因，还是辽东地区又出现了问题。
努尔哈赤攻取沈阳、辽阳之后，下一个目标便是广宁。
如果说辽阳是辽东的政治、经济、文化、商业中心，那么辽东的军事中心则在广宁。辽东总兵府便设在这里，而辽阳仅仅是副总兵府。因此，广宁是明朝在东北地区最高的军事机关驻地，是控制蒙古弾压女真的军事重镇。沈辽丧失之后，明朝仅有剩此地可以用来与后金相抗。可以说，如果明朝失去了广宁，那么就等于彻底失去了在辽东、辽西地区的控制权。
明代辽西重镇广宁
更为不利的是，虽然颇有外交能力的王化贞替明朝暂时缓解了来自蒙古方面的压力，但广宁一旦失守，那蒙古方面将有很大的可能会与后金政权完全联合起来，要知道，当时的喀尔喀部已经表现出了与努尔哈赤结盟的意思。这对明朝来说是个极为不利的消息。因此，无论是对明朝来说，还是对后金而言，广宁都是一个极为重要的阵地。
当时驻守广宁的辽东经略熊廷弼和辽东巡抚王化贞之间却毫尢默契可言。王化贞的目标是攻，声称要“一举荡平辽东”。他上任巡抚之后不久，便派干将毛文龙率200人走海路到达镇江（今辽宁丹东）沿海岛屿，开辟敌后战场。
毛文龙
明朝时期的镇江，是中朝边境、鸭绿江边一个举足轻重的军事要塞，是与朝鲜取得直接联系的一个要冲之地。可以说，谁占据了这块土地，谁就能得到来白朝鲜半岛上的承认，并取得其支援。天启元年七月二十五日，毛文龙通过侦查得知，此时属于后金政权的镇江城兵力空虚，几乎是一座不设防的要塞，便与生员王一宁计划突袭。
毛文龙事先收买了后金驻扎镇江的中军陈良策，让他当作明军的内应，自己则亲自率领220余人夜袭镇江城。此役，镇江游击佟养真及其子佟松年等60多人束手就擒，镇江城再属明廷。一时之间，全辽震动，镇江城周边的宽甸、汤站、险山等城堡守军相继向毛文龙投降。
此役在史学界被称为镇江大捷。镇江的收复对一直坚持抵抗后金的辽东汉民是个巨大的鼓舞。随之响应的还有汤站（今凤城县南30公里汤山公社所在地的汤山城子）、险山（今辽宁省丹东市凤城县东南大堡公社上城子大队所在地）、宽甸（今辽宁省宽甸县）等地，一时之间，反抗后金政权的星星之火燃遍了辽南各地。
镇江的大捷，让王化贞志得意满，他以为在自己出兵辽东之时，便可与辽东后方的毛文龙前后夹击，打后金一个措手不及。为了确保对后金作战的胜利，他又计划秘密策反已经降了努尔哈赤的李永芳，希望以里应外合之势让后金防不胜防。再加上经过王化贞的一番努力，察哈尔蒙古等部答应出兵40万以协助明军的军事行动，更算是锦上添花。
可以说，王化贞的这番部署是周密而详细的，所以他也就信心百倍地上书朝廷。然而长时间与后金打交道的熊廷弼却深知努尔哈赤的厉害，依然坚持“三方建置”的既定方针，以积极防御为主，调动各方大军，对后金政权实行三面合围，继而攻之，必会大获全胜，一旦 此措施得以施行，那么努尔哈赤肯定不敢对广宁动兵，否则的话他将受来自海上的威胁。
然而朝廷却没有采纳熊廷弼的建议。首先，王化贞为朝廷画的这张大饼看起来是那么的可口，而熊廷弼的计划却无疑是慢工出细活，时间成本上让收复失地心切的朝廷难以接受，更不用说已经处于崩溃边缘的经济成本了。其次，王化贞原是东林党人，善于结交政要，在朝中人缘颇好，现在又在极力巴结魏忠贤，有投靠阉党的倾向。而天启初年，正是这两个派别在左右政局。熊廷弼则是楚党之人，在天启初年早已没有多少政治地位可言，再加上此人生性暴躁，即使经历过一次罢官风波，也没改掉秉性，与朝中官员势如水火，也就没有够硬的后台做朝内支撑，自然无法让自己的策略付诸实践。
王化贞的“急”和熊廷弼的“稳”形成了尖锐的矛盾。将帅不合历来是兵家之大忌，而这一点，也正被休养生息十个月之久的努尔哈赤敏锐地觉察到了。
大命七年（1622年）正月十八，正是北国千里冰封的时候。努尔哈赤利用辽河水结冰、人马易渡的时机，率八九万大军向广宁发起了进攻。
此时王化贞的“周密”部署完全破灭，后金后方的镇江已经得而复失，毛文龙逃往朝鲜，腹背夹攻的可能性化为乌有。察哈尔部答应的40万大军仅仅来了一万，以多压少的希望破灭。对李永芳的策反不仅没有成功，反而让自己的爱将、抵挡后金铁骑的先锋孙得功被李永芳策反，里应外合的愿望没有实现，自已却被从内部突破了。
如此一来，明军惨败，王化贞弃城而逃，与闻讯自山海关率兵赶来的熊廷弼在大凌河（今辽宁锦县）相遇。王化贞放声大哭，而熊廷弼却挖苦道：“六万众，一举荡平竟何如？”王化贞无言以对。
见到大势已去，熊廷弼也无起死回生之能，只得掩护自广宁逃出来的军民退回山海关。
王化贞弃广宁而逃，被策反的孙得功占据广宁城，出城三里跪迎努尔哈赤。一时之间，努尔哈赤还以为明军有诈，因为广宁城到手的太容易了！
努尔哈赤将辽阳城的大福晋阿巴亥、众妃子以及众贝勒的福晋们等一干家眷接到广宁，统兵大臣等出城叩见。红毡路铺到了衙门之外。这时，“大福晋率众福晋叩见汗，曰：“汗蒙天眷，乃得广宁城。'众贝勒之妻在殿外三叩首而退。嗣后，以迎福晋之礼设大筵宴之。”（清．鄂尔泰．《清太祖武皇帝实录》）攻克广宁的欢庆气氛因这些女人的到来而达到了高潮。
紧接着，后金军又连取被明军所弃的义州（今辽宁义县）等40多座城堡。
由于广宁战败，王化贞被论罪入狱，熊廷弼被革职还乡。然而熊廷弼认为自己在广宁之败中并不存在过错，故意上书请罪，希望以此来让小皇帝重新任用自己，并采纳自己所提出的攻取辽东之建议。但他没想到的是，这正给了一向与熊廷弼不合的阉党以口实。他们以熊廷弼援救来迟为由，并罗织罪名，将熊廷弼与王化贞同罪下狱。
魏忠贤
在魏忠贤的指示下，御史梁梦环弹劾熊廷弼贪污饷银17万，御史刘徽则称说熊廷弼家资百万。但直到抄家之后才发现，熊家的全部家底也不足 17 万。无奈之下，抄查者连熊廷弼的姻亲家一并抄了，但也没能凑齐百万之数。最后，“江夏知县王尔玉责廷弼子貂裘珍玩，不获，将挞之。其长子兆珪自杀，兆珪母称冤。尔玉去其两婢衣，挞之四十。远近莫不嗟愤”。熊廷弼最终在王化贞之前被处死。崇祯二年(1629 年)，崇祯帝朱由检为其沉冤昭雪。
广宁之战，让努尔哈赤尽得辽西之地，熊廷弼冤死，又让努尔哈赤去除了心腹之患。后金政权的兵锋直指大明王朝的最后一处屏障--山海关，但此时的努尔哈赤却停住了前进的脚步。
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