在坐禪的功課中，最值得我們注意的是呼吸，亦即調息。呼吸的方式大別可分為四種：“風”系激烈運動後的呼吸，此類呼吸不宜坐禪;“喘”系恐懼、緊張、焦慮時的呼吸，應舒暢後再行打坐;“氣”為平常的呼吸，每分鍾約16-18次，可聽到自己呼吸聲音，這是坐禪的基本要求，坐定後，開始調息。 1. 數息 在禪坐前應先做三次深呼吸：將兩手敷於小腹，先用鼻吸一口氣，引入小腹，使小腹隆起，再收小腹，繼續吸氣，使肺部隆起，舒展胸肌，閉氣十秒，再由口把氣慢慢吐出。如是三次深呼吸後，依自己適當之坐姿坐妥，便開始數息。每呼吸一次數一，從一數到十，數完後再從一數到十，不斷繼續下去。數息的目的是克服雜念，也就是說如果能從一數至十，而能保持沒有雜念妄想，便是成就了一個單元。若能一個單元接著另一個單元成就下去，便能入於定淨。數息時可以順著數如一、二、三……十，亦可倒過來數，如十、九、八……一，亦可隔數數，如二、四、六……二十，各種不同數法，是供數久了發生習慣而失去專注時變換使用。 2. 隨息 當數息一段時間，雜念妄想漸漸消除，便將注意力放在呼吸的出入上(隨鼻息)，心念似乎就系在呼吸的進出往來之間。久之，連呼吸也忘了，進入清淨忘我的安適。另一種隨息方法稱作隨息想，每吸一口氣，即想吸進的是清淨之水(水觀)或空氣，遍通體內，呼氣時則將濁穢排於身外，久之亦易入淨。這兩種隨息，可以自由使用。此外，禪家所謂“守息則定”，即調和鼻息，使其無聲響結滯，不粗重虛浮，出入之息，細密綿綿，若有若無，神情因而安定，漸趨定境。 3. 止息 隨息一段時間，若心裏覺得安靜調適，會很自然地進入定境，這就進入止的階段。所謂“若心欲靜，便舍隨，凝心止住。”在數息隨息之後，身心如能調和，這種安靜的心境立即出現，這時在心境上已有了輕安舒態之感，由於妄念不起，無為、喜樂、輕松和專注的心情於焉出現，這已經進入初禪了。 4. 觀息 在止的階段，如果心境昏暗恍惚，就要內觀自己呼吸的出入相;呼吸氣長，要了了分明;呼吸氣短，也要了了分明，當心系於呼吸出入相時，自然安定。觀也可以采取“調心”一節中的方法為之。 5. 還息 雖往過觀想，心境仍然浮躁不安時，就要舍去觀的方法，回歸到數息的階段，提起專注力數息便是還。 6. 淨息 透過觀和還的校正，心境漸漸安定下來，便能凝止心神，寂滅思慮和妄念，而達於心清淨。 數、隨、止、觀、還、淨六個方法便是六妙門，從調息、觀想到心淨，不但可以入於定境，亦能入於定慧之門，而開悟見性。《釋禪波羅密次第法門》中說： 如經說阿那波那， 是三世諸佛入道初門。 調息為何會使人入定呢?這可以從生理學的角度加以解釋，所謂調息就是調理呼吸。當一個人坐下來專注於呼吸，尤其是腹式呼吸時，腹肌隨之產生一收一放的張力，它的部位正是傳統所謂的丹田。根據日本關田一月的研究，這個呼吸肌的有規律運動，刺激了大腦的清醒中樞，而使一個人進入清醒狀況，不再陷於昏沉，同時對妄想做相當的抑制。因此，從學習理論看，如果我們配合“數息”或“隨息”的操作活動，就很容易把數息、隨息兩種與清醒聯結起來。練習久了，這個聯結自然牢固，以後只要需坐下來數息或隨息，即刻能產生清淨安定。這種清淨和安定就是佛家所謂的的“三昧”。三昧的體會，由淺而深，配合調心，長期練習，即可進入無相三昧的自在。為了達到上述的學習效果，吸氣時必須膨脹小腹，而呼氣時則收縮小腹，這是腹式呼吸。
