在有机蔬菜生产体系中，对病虫害的控制总体原则是以防为主，以治为辅的综合防治方针，在防治上采用农业的、物理的、生态的以及生物的防治方法。
一、农业的防止病虫害措施
合理轮作 消灭害虫的中间寄生，控制某些害虫的爆发，土壤传播病害的发生。
选用抗性品种，对种子进行非药剂处理 减少病害对作物的危害，减少种子病害的传播。
加强田间管理 适度满足作物不同生育时期对肥水的需要，避免大肥大水；增加中耕除草次数和质量；排涝降渍，保证作物健壮的生长，增强抗病能力。
适度调整蔬菜作物的移栽期和播种期 避开病、虫害高发期。
合理稀植 增加通风透光，降低田间湿度，使个体生长良好，增强抗病能力，减缓病害的传播。
冬耕冻垡、夏耕晒垡 或将虫卵、蛹冻死、晒死或造成虫害无寄主、无法生存。
及时拔除病株、病叶、病枝、病果并及时处理 减少病源，减少传播；作物收获后及时清园，作物的残枝落叶集中沤制成有机肥料。
施用经过无害化处理的有机肥料 未腐熟的有机肥料禁止施用，未腐熟的有机肥中含有杂草种子、病菌以及害虫卵、蛹。
人工捕捉 小地老虎、菜青虫、烟青虫等害虫都可以采用人工捕捉方式，收集后可以喂养家畜。
种植驱避植物 例如种植薄荷、熏衣草等。
种植引诱植物 例如万寿菊、孔雀草等。
二、物理防治方法
采用杀虫灯，消灭害虫的成虫。
使用黄板诱蚜、白板诱蓟马。
高温（利用太阳能）、水淹等办法消灭土壤中病菌与害虫卵、蛹、成虫。
使用防虫网，使害虫无法进入，无法危害作物。
使用石灰、苏打水等矿物源物理防治作物病害。
覆盖银灰膜，驱赶蚜虫。
利用太阳紫外线杀种子表皮的有害菌。
三、生态防治方法
创造不利于害虫而有利于天敌生存的植被条件，增强天敌的自然控制作用，这是有机蔬菜防治虫害的主要内容，积极保护天敌。例如：鸟类、蛇、青蛙、蝙蝠等，禁止人工捕捉，保护瓢虫、草蛉、赤眼蜂、丽蚜、小蟀、捕食螨等有益生物。
保护物种的多样性，恢复自然的生态链，起到自然平衡作用，有利于防止有害生物的暴发性危害。
性诱剂：破坏害虫的性平衡，有效减少害虫的繁殖。
四、生物的防治方法
在上述措施全部实施后，仍会有病虫的危害，这时可以采用生物防治方法，生物防治方法就是采用植物源、动物源、矿物源、微生物源等植物保护产品来防治病虫害。
1.植物和动物源：例如印柬树提取物，除虫菊科植物提取液、苦参碱、植物油、食醋、木醋、竹醋、牛奶、蘑菇（提取物）、大葱、大蒜、辣椒等植物、动物的浸出物或提取物。
2.矿物源：石灰硫磺、波尔多液、高锰酸钾、铜盐、碳酸氢钠等物质
3.微生物：真菌及真菌制剂（如白僵菌、轮技菌）
4.细菌及细菌制剂（如苏云金杆菌）
病毒及病毒制剂（如颗粒体病毒等）
当然，生物防治的药品必须经过有机认证机构认证，方可使用。如果自己直接从植物或动物中提取也可以使用。
经过以上措施的实施，病虫害的危害完全可以降到经济阀的允许范围之内。
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