岭北之战后元军的胜利，痛击了北伐的明军，很大程度上鼓舞了元军的斗志。也使得明军在短时期内不敢再深入草原作战，北元则争取了喘息时间，双方在边境地区不断发生拉据式的冲突并没有大规模的军事行动。与此同时朱元璋吸取教训，采用尺进寸取、招降议和为虚、军事打击为实，并施行了卫所制度，使得北元一些贵族、百姓相继归附在自己的土地上设立了卫所。宣光五年（1375年），大将扩廓帖木儿病死漠北，这一年纳哈出进攻辽东州城，屡被击败。内部开始有了议和的声音，昭宗皇帝也有了议和心思，早在攻击大都前朱元璋就想用招抚的政策安定北方，由于条件不成熟并没有实质的行动。宣光6年（1376年）由归附蒙古贵族牵头朱元璋遣使和林与北元进行了和谈并释放了在攻击应昌时俘虏的元太子脱古思帖木儿送还。昭宗皇帝特别高兴（昭宗皇帝作诗回复朱元璋：金陵使者渡江来，万里风烟一道开。王气有时还自息，圣恩无处不昭回。信知海内归明主，亦喜江南有俊才。归去诚心烦为说，春风先到凤凰台。），与此同时也命令北元军队不得主动攻击挑起事端。自1372年明朝北征失败军队大量损失，前后十年左右的时间里，明朝与北元维持着一个相对稳定的局面。当时的高丽诗人李穑的诗句“宣光洪武二龙飞，外国孤臣双泪挥”，就反映了这种局面。明朝方面不敢贸然出兵，采取招抚和议和的政策用来麻痹北元，在幕后却做着一系列大规模军事行动的准备工作从全国各地调兵遣将，因为仍拥有北方大片疆土以及云南等地的北元始终是朱元璋的一块心病。 1378年北元昭宗皇帝病死，其子脱古思帖木儿即位。称大蒙古国乌斯哈勒汗、大元天元皇帝、，年号“天元”。
元延北迁后，镇守云南的梁王把匝剌瓦尔密仍然效忠着蒙古大汗始终保持着君臣关系，并且每年向蒙古汗庭派遣使臣。明朝曾几次扣留梁王派往蒙古汗庭的使者，而且多次招降梁王，均遭到拒绝。早在宣光元年（1371年）明太祖派汤和等人领兵平定据有四川的明玉珍，并且劝降未果。镇守云南的主要是梁王和土酋段氏。梁王以昆明为其统治中心，听从蒙古大汗的命令。土酋段氏则控制着大理一带，虽然直属北元政府管辖，但由于王廷北迁对其实际控制不足处于半独立状态，与梁王之间还发生武装冲突。朱元璋北伐期间梁王把匝剌瓦尔密多次攻击明朝南部地区缓解北元的压力，应而朱元璋视其为眼中钉肉中刺，无时无刻都想拔掉它。
云南的天元三年（1381年），朱元璋命傅友德为征南将军，蓝玉、沐英为副将军出征云南。傅友德率军抵达湖广，兵分两路，从东、北两方面进攻云南。北路由都督郭英、胡海洋、陈桓等率兵15万人，由永宁（今四川叙永）趋乌撒（今贵州威宁彝族回族苗族自治县）。这里是云南、四川、贵州3省交界处，为当时的一个军事重地。东路由傅友德等亲率大军由辰州（今湖南沅陵）、沅州（今湖南芷江）趋贵州，进攻普定（今贵州安顺）、普安（今贵州盘县特区）。，梁王派达里麻率军4万迎战，经过曲靖之战终因寡不敌众而败，明军乘胜直取昆明，梁王把匝拉瓦尔密眼看大势已去面朝北方大汗营帐跪拜后自缢殉国，云南悉数为明军所占，云南陷落。
云南的陷落使得辽东的纳哈出成为朱元璋必拔的一颗钉子，近10年通过招抚和合谈麻痹了辽东地区的元军，明朝不断征补兵员发展军事设施，实力逐渐增强。天元四年（1382年），明朝招降了女真各部。一切准备就绪后，明太祖朱元璋终于对辽东的纳哈出发动了进攻，纳哈出是是木华黎的后裔，木华黎死后，他的子孙世袭其爵位，统辖着辽宁地区。纳哈出拥有强大的军事势力，与北元朝廷形成南北呼应的局势，对明朝是一大威胁。1387年当年年末，明朝征用了20万民夫，运粮123万石，送到松亭关(长城喜峰口北)、会州等地。朱元璋命冯胜为大将军，傅友德、蓝玉为左右副将军，统兵27万征讨纳哈出。与此同时，明朝派出蒙古降将“乃剌吾”，劝说纳哈出归顺明朝。同年农历三月，冯胜大将军率军出长城松亭关，建筑大宁、宽河、会州、富裕等4座城池，并留兵屯守，以便保障前方将士后勤供应。农历五月，冯胜大将军率军直扑纳哈出大本营“金山”。在辽河东岸，明军俘获了纳哈出的屯军300余人、战马400余匹。纳哈出闻讯后，急忙向北逃窜。降将“乃剌吾”紧随其后，一直追到松花江畔，才与纳哈出照面。不久之后纳哈出的部将观童投降，使纳哈出军心浮动。纳哈出决定归附明朝，冯胜派蓝玉，到一秃河(今伊通河)受降。期间摆下鸿门宴想除掉纳哈出，谁料计划失败只是砍伤纳哈出右臂，纳哈出逃走，遂立即遣散了准备投降归顺的部众、将士。朱元璋得知后大怒立即命降将观童安抚纳哈出，并保证其部众和军士的安全。纳哈出又重新召回部众、将士，宣布归顺明朝。经过整编纳哈出及其所部40余万将士南迁。经过亦迷河(今饮马河)时，又收编了纳哈出被打散了的两万余名将士、战马5万余匹。至此，守卫北元辽东地区30余年的纳哈出，终于归顺了明朝。
纳哈出投降后，使朱元璋征讨北元的信心大增。1388年通过归附的蒙古人得知北元天元皇帝游牧到捕鱼儿海（今内蒙古呼新巴尔虎右旗）一带。机不可失，朱元璋命令蓝玉等人率三十五万大军，利用归附的蒙古军队为先锋，进军鱼儿海附近天元皇帝的汗帐。当时适逢大风扬沙天气，而且天元皇帝被明朝议和谈判的手段麻痹根本没有料到明军会来，因此毫无防范措施。通过利用归附蒙古人的带路，明军神不知鬼不觉地悄悄接近，发起突然袭击。骤不及防的北元军队都来不及上马，太尉紧带不足百人的大汗卫队仓促应战，很快兵败被杀，天元皇帝带着太子保奴、知院捏怯来、丞相失列们等数十骑逃走，大批皇室成员身陷囹圄，这些人员包括已故的昭宗皇帝的妃子、现任天元皇帝的后妃及次子地保奴、公主等，成为阶下囚的各类达官贵人总共有二千九百九十九人连同跟随大汗游牧的民众共7万余人，并宝玺、符敕金牌、金银印诸物，马驼牛羊二十三万余。明军还在捕鱼儿海俘虏了北元吴王朵儿只。朵儿只是圣主同母弟哈赤温的后裔。他在世袭的封地上被俘，也意味着哈赤温汗国遭到了毁灭性的打击。明军出动精骑追击千余里，都督余通渊所部一直追到了克鲁沦河，遇到了赶来勤王的元军，方才撤了回来。战斗结束后，蓝玉为了炫耀功绩带头在俘虏面前当众奸污大汗的妃子，为了以防万一又下令让已归附的元军杀掉所有俘虏让其手足相残。手法及其残忍不仅尽失人心也违背了朱元璋的意志为其后来被杀埋下了祸因。
捕鱼儿海战役的失败，对北元是一个沉重的打击。北元王室贵族想要重新入住中原的希望从此完全破灭了。在明朝对蒙古的多次大规模军事进攻后，蒙古军事实力逐渐减弱，蒙古内部又陷入了不断地内部混乱、争夺汗位的斗争中，北元彻底丧失了恢复昔日威风的可能。而明朝方面，虽然对蒙古不断的发动军事进攻自身也是损失惨重，主要也是想要蒙古归附，并没有能力消灭掉北方的蒙古政权，因此，明朝与北元——蒙古两个长达二百多年的政权对峙局面，就此形成。
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