殖民地的商业同工业一样，受到宗族国极端严格的限制与垄断。从哥伦布时代起，西班牙征服者就采取欺骗与强制两手并用的方法，经常将一些没有多大价值而又为印第安人所不需要的东西，如纽扣、花边、天鹅绒、丝袜、纸、纸牌、刮脸刀、玻璃碎片以及宗教书籍等，以极昂贵的价钱，换取印第安人的重要物资。殖民帝国的组织建立以后，西班牙殖民者为了长期奴役殖民地人民，才在殖民地建立了一套比较正规的商业和贸易制度。
西班牙殖民者对殖民地的贸易政策达到了极其荒诞的地步，他们根据重商主义的理论，认为殖民地系为宗主国的利益而存在。一切同宗主国利益不相符合的贸易往来，都被列为非法行为。他们因此规定，殖民地只限于同宗主国进行贸易，不能同任何外国往来；甚至殖民地各区域间的贸易，也受到极严厉的限制。外国船只只有得到西班牙政府许可，才能在这里靠岸，否则一经发现，全部商品连同船只本身都要没收。甚至为了躲避风雨而不得不暂时靠岸的外国船只，也要被扣押，船员则被处以无期徒刑。
在西班牙同其美洲殖民地的贸易中，西班牙本国大多数商人也无法染指。因为王室已把这一贸易指定给一小撮西班牙富商大贾专营。其他西班牙商人如想去美洲经商，必须提出有关身份、宗教、诚实、勤勉等证件，经过批准才行。西班牙本国人民如果要去殖民地，也必须领有证明与许可证。斐迪南和伊萨伯拉于1503年在塞维利亚创设了一个“商业局”专管宗主国同殖民地之间的贸易事宜。所有开往殖民地或由殖民地返回西班牙的船只、货品、乘客及全体船员要经过商业局的严格审核和检查，并经商业局的批准。商业局除制定并颁布有关殖民地贸易的条例和法规外，还负责征收关税，收存由殖民地运来的黄金、白银，以及改进航运等。由于商业局直接掌管殖民地的整个经济和王室的大宗收入，关系重大，极为王室所重视。虽然，在行政系统上商业局受“印度等地事务委员会”的管辖，但在王室授意下，它对某些重要事项，可以超越“印度等地事务委员会”，直接向国王请示。商业局一直存在了两个半世纪，直到1780年才取消。
西班牙政府对于宗主国同殖民地之间的贸易港口，也有严格的控制。一切开往殖民地的船只只许由塞维利亚起运（1717年改为加的斯）；到达殖民地后，只许在韦腊克鲁斯、波托贝略或卡塔赫纳停泊。不但所有货物必须由西班牙船只装运，而且这些船只必须结成船队，并在一定时期航行。自1543年起—17世纪后半期止，为了防止外国海盗的袭击，正式建立了所谓“双船队制”，并实行军事护航。所有这类船只都要组织起来，分为两个船队。第一个船队在四、五月间起航，开往韦腊克鲁斯，途中在波多黎各、埃斯帕尼奥拉和古巴停泊，所载货物主要运销墨西哥、中美洲和加勒比海各岛屿。这个船队称为法洛塔。第二个船队在八、九月间起航，，开往大陆上的卡塔赫纳。它到达卡塔赫纳后，把信息送到贝略港和利马，货物主要运销南美洲各地。这个船队称为劳斯加莱阿内斯。每队的商船数目不等，一般为40—70艘。另外配有6艘到8艘军舰，实行保护。这些商船同时在载运来殖民官员、士兵、教士、商人和马匹。
这些商品到达殖民地以后，即在指定的地点和城市举行大集市。由于韦腊克鲁斯的气候不适宜，第一个船队的集市一般都在墨西哥山区的哈拉怕举行，第二个船队则在波托贝略举行。殖民地政府为举行这种集市，要花费很长的筹备时间。集市上的买主和卖主，多是从很远的地区赶来的。由西班牙运来出售的商品有各种纺织品、金属制品、军需品、奢侈品和其他用品。由美洲运回西班牙的，则主要是金、银、糖、可可、靛蓝以及其他重要土产。在集市举行期间，广场上货物堆积如山，由各地来的商人、伙计、官员、行会代表、妇女、水手、骡夫等云集。商场周围搭起临时的掩护棚，寄宿舍则价格高昂，赌博、斗鸡和酒店盛极一时，大商人、小商人、贩卖商、零售商，互相交易。由官员审批价格。交易中地位最低者为印第安人和货郎。这种市集，有时持续到40天之久。在交易过程中，逐渐出现和形成了一批土生白人和混血种人的中等阶级。
西班牙的商船队不准直接开往阿根廷的拉普拉塔河，因此，货物需要再从巴拿马转运到利马，然后改用骡马驮运，越过安第斯山脉，陆行4828公里后才到达布宜诺斯艾利斯。这个笨拙到无法相信的运销方法，使货物运到阿根廷时，成本增加八倍，使从西班牙到布宜诺斯艾利斯的来回时间长达二年之久。
这两个船队在殖民地指定港口卸下并装满货物以后，再到哈瓦那会齐。第二年三月，两个船队一道返回西班牙（从十七世纪中叶起，由于商业的逐渐衰落，事实上并没有完全按照这种规定进行）。这种垄断性贸易的利润极高。有些商人，仅在一次单程航行中所获得的利润额，就高达300%。双船队制持续了两个世纪，至1749年，终因西班牙本身政治经济的衰落而取消。
不过，殖民地的商业，也并非全部能够保险牟利的，管理不善，受雇人员不忠实，航程太远，运费高，遇险翻船，货物损耗，殖民地官吏的勒索以及英、法、荷等国的走私竞争和海盗劫掠等，有时使商人受到重大的打击和损失，加的斯和塞维利亚的大商号因此而宣告破产的也并不少见。
除上述大西洋的“双船队制”外，在西部太平洋岸还设置一条通往亚洲的贸易航道，即马尼拉大帆船，它也属于总的航船队的一部分，往来于墨西哥港口阿卡普尔科和马尼拉之间。由马尼拉运往美洲的货物，主要是中国的丝绸和瓷器，印度的细棉布、香料、蜜蜡和宝石；由墨西哥运往马尼拉的主要是美洲的土产和银元。
殖民地的商业也有行会组织，主要是进口商人的行会。这种行会同手工业者的行会不同，完全为西班牙人所把持。商业行会的目的，主要在于处理有关商业、运载、市集以及商人之间的合同、争执、破产等问题。为了维持和发展商业的需要，行会有时也集资捐款修建一些道路、桥梁、运河、公共建筑（海关）甚至医院等。著名的墨西哥海关大厦和伯利恒米特的医院就是由商业行会建立起来的。商业行会是殖民地豪富阶层和反动保守的中心之一。
在殖民地统治机构的上述专横压制下，以王室为首的西班牙统治者，通过各种勒索和掠夺方式如征收关税，对殖民地人民课以繁重的捐税（如人头税、印花税、销售税、破产税、土地税等），对商业的垄断，对酒类、纸牌、印花纸等物品的专卖，对金属矿业的独占与开采，对承租这些矿场的企业主征收提成以及推行卖官鬻爵制和天主教会所征收的洗理费、婚配费、丧葬费、什一税等等，吮吸了拉丁美洲人民大量的膏血，获得了极大的利益。尽在1521—1544年间，每年由美洲运回的黄金，估计达到2900公斤，白银达到30700公斤。1545—1560年间，每年运回的黄金更达5500公斤，白银2.46万公斤。
整个殖民统治时期300年的总收益中，仅矿业一项，即达60亿美元。这在当时是多么令人惊异的一个数目。这笔巨大的现金，对于当时西欧各国资本主义的发展，曾起过极大的刺激和推动作用，是造成16世纪欧洲价格大战的重要因素之一。美洲金银产地的发现，土著居民的被剿灭、被奴役和被埋葬于矿井，对东印度开始进行的征服和掠夺，非洲变成商业性地猎获黑人的场所：这一切标志着资本主义生产时代的曙光。这些田园诗式的过程是原始积累的主要因素。
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