全真道教、太一教和真大教在金元时期被称为“新道教”，所谓新，是因为它们吸收了佛学和儒学的一些思想和法戒，比如全真道教，教授以苦修奇行，戒酒、戒色、戒财、戒气，深得佛学要领。正一道教是传统的道教，即“符箓派”，画符念咒、驱邪降魔、祈福消灾，继承自东汉以来的道教传统。正一道教活动的区域在南宋地区，“新道教”的传播区域在北方。
而全真派能够盛行于北方汉地，取得压倒儒学和佛教的地位，多是因为其教主丘处机应诏西行觐见成吉思汗，得到了他的器重和礼遇。丘处机，号长春子，道教全真派的创始人之一，十三世纪初，全真道教在北方已经广为传播。金朝和南宋几次发出邀请，他概不应召。然而他看到蒙古势力的发展，大概认定成吉思汗将一统天下，果断应诏，前往成吉思汗的大雪山行宫传道。1220年，丘处机率弟子一十八人从燕京出发，历时两年，行程数千里，终于在1222年的4月到达兴都库什山（今阿富汗境内），在八鲁湾行宫谒见成吉思汗。
本来成吉思汗不远万里诏请丘处机是为了取长生之术，因此丘处机甫一入见，便被问有无长生之药，丘处机答曰：“有卫生之道，而无长生之药。”这个回答很令成吉思汗失望，但他的道行还是令成吉思汗叹服，不称其名，惟曰“神仙”。
丘处机凡三次向成吉思汗谈道，史称“雪山谈道”。谈话内容，当时遵照成吉思汗的旨意没有外传，基本要点不外乎有二：一是“修身养病之方”，二是“治国保民之术”。全真道内修的基本要领是外修阴德，内固精神，成吉思汗不管能听懂多少，但多少也能听得进去。但如何让黔黎获苏息之安，生灵免涂炭之坠，还需循循善诱。一次，成吉思汗打猎，射中了一头野猪，他的马受了惊，让他从马上摔了下来，丘处机借机入谏：“上天之道，好生恶杀。从马上摔下来，是上天的告诫。野猪不敢上前，是上天对圣上的庇护。”成吉思汗说：“我们蒙古人骑马涉猎从小就习以为常，所以不能一下子停止。尽管如此，神仙的话我将牢记在心。”据说，在丘处机的影响下，成吉思汗曾下过“止杀”命令。
1223年春，经丘处机再三恳求，许与东还，成吉思汗馈赠的牛马金银，“师皆不受”。最后，成吉思汗赐以玺书，亦称《重阳宫圣旨碑》，这道圣旨明令，保护丘处机及其门人，免除全真道的差役、赋税，使道教全真派获得了特殊地位。1224年，丘处机回到燕京，住天长观（今白云观），奉旨掌管天下道教，自此，全真派盛极一时。
中国的佛、道两教之间素有矛盾，往往依靠政治势力打击甚至消灭对方。中国佛教史上，因佛道之争而灭佛就有四次，即北魏太武帝灭佛、北周武帝灭佛、唐武宗灭佛、后周世宗灭佛，史称“三武一宗灭法”。丘处机回到燕京后，利用特权，与其门徒大力发展道教势力，全真道一尊独霸，欺压佛教和儒学，改寺为观，引起了汉地佛僧的恐惧，也遭到了蒙廷的猜忌。到蒙哥汗时期，佛教与道教全真派的冲突愈加激烈。蒙哥汗开始改变成吉思汗对全真派一味支持和庇护的政策，他前后召集了两次佛道两教辩论会。
第一次是1254年，蒙哥汗在和林亲自主持了这次辩论。参加辩论的双方是佛教少林寺福裕长老和全真派掌教李志常。李志常是随丘处机西行十八弟子之一，丘处机死后，接任全真道教主。此次辩论所涉及的是问题是，道家所散布的《老子化胡经》真伪和道家破坏佛寺，改寺为观等事，结果李志常受挫，不得不归还寺产，还观为寺。这是全真教由盛及衰的一个转折。
1258年蒙哥汗亲征川蜀前夕，命赋闲在营的忽必烈在开平主持第二次佛道辩论。佛教方有萨斯迦派领袖八思巴、那摩国师、少林寺福裕长老，还有忽必烈幕府近臣刘秉忠、姚枢、窦默等，道教方是全真道新任掌教张志敬等。这是中国历史上规模最大的宗教论战，参加人数共达七百人，直接参与辩论的每方十七人。辩论结果全真派惨败，八思达以其满腹经纶和善说能辩，使道家代表无言以对。十七名道士当场被勒令削发为僧，焚道经四十五部，令其归还侵占佛寺二百余所，随即押回燕京，遍散诸寺。本来主持辩论的忽必烈就尊崇藏传佛教，辩论结果早有分晓，中原道教和汉地佛教受到压制是必然的政治趋势。
1281年，忽必烈又主持了一次佛道辩论，史称第三次佛道大辩论，起因是大都长春宫的道士和僧人为争夺观院发生冲突。佛教界趁机上奏，称往年所焚道家伪经版本，多隐匿未销，其《道藏》诸书也多有剽窃佛语，诋毁释教，宜加甄别。此次辩论，忽必烈倾向更加明显，甚至逼迫道教首领亲赴火场，检验其是否不惧水火。道士自然不敢自试其术，结果是将《道德经》外的所有经书焚毁一空，以保全性命。全真教遭到沉重打击，转而向南发展。
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