在孝庄皇太后和传教士汤若望的支持下，年仅八岁的玄烨被确定为嗣君，顺治考虑到玄烨年纪尚小，在征得孝庄皇太后的同意后，指定索尼，素克萨哈，鳌拜，遏必隆四大臣辅政，并将此写进遗诏，在当年拥护顺治帝及同多尔衮的抗争中，索尼等四人立场鲜明，态度坚决地站在孝庄皇太后一边，从而深受孝庄皇太后的赏识和信任。公元1661年，顺治十八年的正月初九日，也就是顺治帝去世后的第三天，玄烨在紫禁城太和殿登基，继承皇位，年号康熙，这是在中国历史上在位最长的一位皇帝，他执政六十一年，开启了中国历史上的康乾盛世时代，后人对他的评价是勤于国事，史书载，好学不倦，午夜批阅，每至宵分。康熙立志高远，亲政之前饱读经书，使得他受到浓厚儒家文化的熏陶，为他日后处理满汉关系，治理国政打下了基础。
康熙登上帝位，面临从打江山到坐江山的转变，如果不恰当地处理满汉民族关系，就有可能会重蹈蒙元最后被赶回漠北的历史悲剧。早在康熙亲政之前，就发生了震惊朝野的江南三大案，哭庙案，通海案，江南奏销案，这是清廷高压统治激化满汉矛盾的典型案例。官府对于在江南地方田赋征收所欠者，都进行了严厉的处罚，处死了一大批江南的官绅，历史上称之为江南凑销案。探花，昆山人叶方蔼，仅仅因为欠官府一里税钱，就受到处罚，当时有一句话，叫做探花不值一文钱。康熙亲政，一件急迫而重要的事情就是翻案遗诏，朝廷公布的顺治遗诏中，历数了他当政期间的十四条错误，实际上全面否定了顺治帝的革新功绩。
公元1668年，康熙六年正月，康熙帝撰写了《孝陵神功圣德碑文》，为皇父翻案，碑文写到，视满汉一体，遇文物无轻重。康熙继承父辈满汉一体，将满汉两种文化融为一体的治国思路，为父翻案的深意正在于此。
然而，康熙的新政受到了鳌拜等四大辅臣的严重掣肘，他们对康熙帝更张旧制，渐习汉俗的做法话越来越不满，提出率寻祖制，咸复旧章的治国主张，尤其是鳌拜，居功自傲，把持朝政，一些重大的朝政，鳌拜先在家中议定后实施，竟然在康熙御门听政时施威，当年多尔衮专权的一幕即将再次上演。公元1667年，年以十四岁的康熙帝到了亲政的年龄，身居首位的辅政大臣索尼担心鳌拜的势力越来越膨胀，便提议皇帝亲政，不久索尼去世，鳌拜俨然以首辅自居，这一事态使孝庄皇太后深感不安，她同意康熙帝亲政。
少年天子如何战胜老辣的政治人物鳌拜，关系到清朝的统治与长久，鳌拜的亲信党羽，几乎遍布朝中，如果处理的不好的话，将会酿成十分严重的后果，少年老成的康熙帝筹划出一个智取鳌拜的妙计，一些十五六岁的少年，整天陪着皇帝玩，布库之戏，即使鳌拜来也照常进行。康熙八年五月初十，宫中里一个看似平常的日子，康熙帝在南书房召见鳌拜，当鳌拜刚走进房内，早就埋伏好的布库少年们给冲了出来，将他擒住，很快鳌拜的其他主要亲信党羽，也全部缉拿收监，康熙列出鳌拜三十条罪状，不久鳌拜死于狱中。康熙智取鳌拜，一举扭转了清王朝这艘巨轮的航向，拨乱反正，开启了兴盛之路。
宫廷里的斗争刚刚平息，然而远在千里之外，割据坐大的三藩之地却让刚刚执政的康熙遇到了人生最严峻的挑战与考验。三藩指叛明降清的平西王吴三桂，平南王尚可喜，靖南王耿精忠分别掌管了福建、广东，云贵势力范围，这虽然并非朝廷封地，却不折不扣是一个独立王国。三藩设立税卡，私行铸钱，吴三桂还自行选派官员，称为西选，更为严重的是三藩各握兵权，拥兵自重，已成尾大不掉之势，为朝廷一大祸患。
公元1673年，康熙12年，这年三月，平南王尚可喜上书，自己回到东北老家去，让他的儿子来继承王位，康熙觉得这是一个撤藩的好机会。为试探康熙帝的态度，吴三桂、耿精忠于七月也疏请撤藩，康熙帝将计就计，答应撤藩，吴三桂没想到自己弄巧成拙，大为恼怒。公元1673年11月21日，吴三桂处死不肯依附他的云南巡抚朱国治，公开举兵叛清，拉开了三藩指了的序幕，就此，康熙帝与吴三桂的一场生死博弈开始了，吴三桂振臂一呼，一时间叛乱四起，耿精忠于康熙13年3月15日，尚之信于15年2月21日，先后举起叛旗，广西将军孙延龄、陕西提督王辅臣也纷纷反叛，时人描述为东南西北，在在鼎沸，大半个中国都陷入战火。反叛四起，年轻的康熙皇帝面临严峻的考验，一开始由于吴三桂等叛军势头猛烈，多路进攻，清军疲于应付，处于不利局面，面对十分险恶的局势。康熙帝镇定自如，他深知这是一次决定大清命运的生死之战，为了稳定军心，他每日游览景山、观骑射，康熙帝还下令处死吴三桂的儿子。
康熙20年，也就是1681年12月20日，康熙帝在太和殿举行大典，宣捷中外，三藩之乱的平定对清王朝来说，是基本实现统一大业，确立稳固统治的一个重要标志，不久之后，中国历史上的康乾盛世时代来临了。
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