在中国史上，历来的社会政治改革似乎都以悲剧收场。如汉代的王莽改制，中唐时期双星改革，宋代王安石变法，明朝张居正改革，晚清的洋务运动及清末新政，最终无一不是以失败告终。可想而知改革的艰难。商鞅的变法确实给秦国带来了成功并显著的增强了国力，也给他带来了很高的地位。但处于顶端的时候恰恰也是最易成为众矢之的时候，他似乎全然忘记了他的卫国老乡——军事家、改革家吴起的命运。
魏文侯死后，吴起受到魏武侯猜疑，不得已而去了楚国，受到楚悼王器重，被任命为相。吴起在楚国严明法令，裁汰冗官，废除较疏远的公族，照样是大刀阔斧进行改革。然而，楚悼王一死，满怀怨恨的贵族就发动叛乱，射杀了吴起。而这件事情就发生在商鞅赴秦之前30年。
可当时处在历史巅峰时期的商鞅却想不起这些。他目力所及的目标，是下一个更辉煌的成功。《商君书》透露出来的思想，商鞅的治国理念，有浓重的军事主义色彩，他认为解决战斗力的问题，才是根本的问题。在他所处的战国时代，有这样的想法也不无道理。 他对百姓的管理，是“赏使之忘死，威使之苦生 ”，也就是说，通过赏赐使百姓不怕死；通过严厉的统治，使百姓不贪生（活着也没多大意思）。他所希望达到的理想境界是“民闻战而相贺也，起居饮食所歌谣者，战也。” 在这种极端化的治理下，秦民不贪生不怕死，秦军的战斗力肯定是大大加强了。这样下来秦国就要进行自穆公以来未能完成的东扩计划了， 东扩目标之敌就是强盛的魏国。 商鞅始终清楚，秦的“心腹疾”就在于魏。他曾对秦孝公说过：“非魏并秦，即秦并魏”。他认为，如果魏国得势，它就会“西侵秦”，如果魏不得势，那就是秦国收复河西的机会了。
当时魏国是强国，“拥土千里，带甲三十六万”。据《战国策·齐策》里苏秦的说法，当时秦孝公“恐之，寝不安席，食不甘昧，令于境内，尽堞中为战具，竟为守备，为死士置将，以待魏氏。” 但是商鞅并不恐慌，他与秦孝公商量：“魏国现在势大，令行于天下，跟随他们的人太多。以秦一国之力，去应对大魏联盟，恐怕不行。请君上派我出使魏国，我必有败魏的妙招。”
商鞅见到魏惠王之后，先把魏国的力量恭维了一番，并称秦国暂时愿意臣服于魏国，并怂恿魏国君主称王。魏惠王果然听了受用，立刻“去侯称王”，过起了周天子才能称王的瘾。魏惠王称王后，在逢泽(今河南开封南)举行会盟，邀请宋、卫、邹、鲁、秦等国。此事激怒了同为三晋的韩国，对魏惠王的会盟进行抵制。魏惠王于是派庞涓联合赵国伐韩，包围了韩都新郑。韩求救于齐国，齐国立刻派兵来救，军师就是著名的军事家孙膑。 孙膑在马陵（今山东范县西南）设伏，死死困住了魏军，万箭齐发。著名魏将庞涓仰天大叫一声“遂使竖子成名”，之后拔剑自刎，魏太子申也被齐军生擒。魏惠王无奈，只能向齐国求和。奸诈的商鞅就在此时，奉孝公之命，要来取河西之地了。 魏惠王不懂“出头的椽子先烂”的道理，贸然称王，只换来了一群强敌。齐、赵那一边压力已经够大，这时秦国又与楚国通（狼）力（狈）合（为）作（奸）一起趁火打劫，魏再次陷入腹背受敌。 经过一系列战争与和谈，秦国终于夺取了河西之地。魏国丢了河西之地，终结了它居于列国之首的地位，开始走下坡路。 商鞅的个人功业，也由于此役而达于巅峰。
秦孝公为了嘉奖商鞅军事和外交上的大功，封商鞅为列侯，把以前所夺取的魏地商、於等十五邑，作为商鞅的食邑（该地向商鞅纳税），号为商君——后世称卫鞅为商鞅，就是由此而来。 这个封赏，使商鞅落入了一个历史悖谬。商鞅本是以“强公权、削分封”起家的，到头来，他本人倒成了一方领主，也就是他恰恰成了自己要反对的那一类人。 这个悖谬，在不久的将来就将让他陷入绝境。
不过此时的商鞅却浑然不知，谢恩后回到府第，对家臣说：“我不过是卫国宗室的一个支庶出，挟满腹谋略归秦，为秦提出改革治国之道，立致富强。今又夺得魏地七百里，封邑十五城。大丈夫得志，可谓极矣。” 然而，自古高处不胜寒。况且商鞅这样一个客卿，在秦国毫无根基，完全是因秦孝公的器重与信任，才获得如此成功，那么他的荣辱，也就与秦孝公的状况密切相关。这不单是“封建社会”才有的人际关系，这种依附式、授权式的人际关系，有着非常大的不稳定性。 他的成功，也潜在着对他本人的极大不利。他在变法期间，对秦国的宗室管束极严，到了每天都要约束秦国宗室的地步，以至“宗室贵戚多怨望者”，这就基本上把秦国的上层都给得罪了。
而下层普通百姓是否可以对他有所支持呢？答案是否定的。且不说小民究竟能有多少力量，悲剧性就在于，商鞅变法同样也使小民心生怨恨。 从不少记载看，商鞅既是个理想主义者，也是个目的论者，且为人刻薄寡恩急功近利，为了推行变法绝对不讲任何温情。他的新法中，有连坐之法，相当严厉，变法增加了凿顶、抽肋、镬烹等许多酷刑。 酷刑固然是西周以来的习惯法，但在战国时期各国都已渐渐淡化，到了商鞅这里又重新加强，老百姓岂能不怨？
除了秦孝公，他已经几乎没有任何屏障了。 司马迁说商鞅是“天资刻薄之人”，刘向《新序》里也说商鞅“内刻刀锯之刑，外深铁钺之诛”，也就是说，他加强了周朝肉刑的严酷性。据说商鞅曾在渭河边对触犯新法的人行刑，一天内就杀了700人，“渭水尽赤，号哭之声动于天地”，而他丝毫没有怜悯之心。 当然后世对商鞅的记载，也许有夸张的地方，但所有资料中，均不见商鞅有什么私敌，因此可以断言，他对秦宗室的压制，也许完全是出于公义。
曾有一位老世族叫做赵良，曾经去见商鞅。 商鞅问他：“请你说说我之治秦，与秦穆公时期五羖大夫哪个更高明？”
赵良说：“五羖大夫相秦六、七年，三置晋君，并国二十一，施德诸侯，而八戎来服。五羖大夫做相国，劳不坐乘，暑不张盖，行于国中，不从车乘，不操干戈，功名藏于府库，德行施于后世。五羖大夫死，秦国男女流涕，童子不歌谣，舂者不相杵。此乃五羖大夫之德也。而您呢，您能见到秦王，是通过嬖人（宦官）景监，名就不大正。您相秦也不以百姓为事，而大筑宫殿，乃面子工程也。刑黥太子之师傅，以峻刑残伤百姓，是积怨畜祸也。您还南面而称寡人，日绳秦之贵公子。诗曰：'相鼠有体，人而无礼；人而无礼，何不遄死。’以这诗来看，你这么做，怕是要折寿。公子虔杜门不出已好多年矣，您可要小心。诗曰：'得人者兴，失人者崩。’您做的这几件事，都不得人心。你出门，后车十数，从车载甲，高头大马做您的车驾，持矛拿戟者随车小跑。这些东西，假如少了一样，您就不出门。《尚书》曰：'恃德者昌，恃力者亡。’您已经危若朝露了，还想延年益寿乎？您何不归还十五城，在郊区灌园种菜，劝君上尊崇隐居之士，养老存孤，敬父兄，奖有功，尊有德，您也许可以稍稍安全一点。您要是贪商、於之富，独断秦国之教化，积百姓之怨，君上一旦不立朝，秦国想收拾掉您的，人数还能少吗？您的败亡，可翘足而待哩。”
也不知这赵良是何方神圣，这一大篇声讨词，居然没引得商鞅大怒而动刑罚，只是一个不采纳，就算完了。但是不幸的是，赵良所说的后来全都应验了。
秦孝公这个时代，实际上是商鞅的时代。秦国的很多东西，都深深烙下了一个大大的“鞅”字。 商鞅的政治知己秦孝公，把整个秦国都托付给商鞅去运作，从史料上找不出一点孝公对商鞅生疑的迹象。秦孝公确实是把商鞅视为异姓兄弟，封其为“商君”，是给予他了公族宗室才有的待遇。 商鞅比秦孝公年纪大，按照自然规律，他这一生，是有孝公君权做保障的，可以顺顺当当地走完。
可是，天有不测风云。秦孝公竟然死在了商鞅的前头。 秦孝公二十四年，正在壮年的秦孝公突然去世，年仅44岁。 商鞅顿失护佑！秦孝公知道：未竟的大业，只有靠自己心爱的儿子了。他临死前，把太子驷一人留在身边，命儿子给他背诵《黄鸟》诗，可能是意在让太子知道珍惜人才。 太子驷继任，是为秦惠文公。 太子驷的两位受过商君之法处罚的老师——公子虔和公孙贾，已经深居宫内12年不见人了。这是何等空前的险境，商鞅竟然一点也没意识到。他自负的认为自己是先朝旧臣，出入仍然傲慢如初。人们可以忘恩，但是几乎没有可以忘记仇恨的。所有的老世族，都看准了这一转机。秦国通过变法强大了，他们不会因身为秦国人而高兴。他们是利益受损者，他们宁肯国家退回到原先的孱弱历史中去，也要否定变法，争取政治翻身。
在惠文公第一次视朝时，商鞅不知为何没有出席。第一个出来禀奏的，就是公子虔和公孙贾。两人说：“臣闻'大臣太重者国危，左右太重者身危'。商鞅立法治秦，秦国虽治，然而妇女儿童都说商君之法，没人说是秦国之法，今又封邑十五，位尊权重，后必谋叛。”新君年轻，商鞅和对立派都看到了这一点。但是商鞅完全看错了，以为君主年轻就不敢轻易变更父亲的既定方针；而老世族却能看得很准，他们要用“某人功高震主”来吓唬年轻的君主。这两派的态度，在新君心中恰好形成一正一反两种感受。天平倾向哪一边，不言而喻。
秦惠文公果然上套，对两位老师说：“吾恨此贼久矣。但他是先王之臣，谋反的形迹未彰显，所以暂且容忍他。”惠文公虽然年少，但做事还不是没原则的，他很懂得处理问题的分寸——先君的面子要照顾，旧臣的气焰也要打掉。于是派使者去收了商鞅相印，命商鞅退归商、於。
商鞅不觉得大祸临头，反而觉得这样也好，辞朝之后，就收拾好车驾出城。他虽去职，但爵位没变，其仪仗队伍犹比诸侯。 商鞅在朝主政20年，文武百官无不出自他门下，见老主人走了，百官都来饯送，朝署为之一空。 这又给了反对派以口实。
公子虔、公孙贾密告惠文公：“商君不知悔过，僭用王者仪仗，如归商、於，必然谋叛。” 当年与商鞅辩论输了的甘龙、杜挚，也没忘20年前的耻辱，出面作证，将商鞅仪仗违规的事证实。 惠文公不由大怒，即令公孙贾率武士三千去追赶商鞅，必要时提他的头来见。
一个威权人物的倒台，不管后续的影响如何，对当时的普通民众都是开心的事。当时百姓知道商鞅走了，都跑了出来，满街满巷，全在抱怨商鞅。一听说公孙贾要领兵去追赶，攘臂相从者，竟有数千余人之多。当时商鞅车驾出城已有百余里，忽闻后面喊声大作，忙派人去探听，回报说：“是国君发兵追赶。”
商鞅大惊，知道是新君翻了脸，怕是难逃一劫，急忙卸去衣冠，下了车，扮作卒隶，带着妻儿老母逃亡。 一行人仓促奔至函谷关，见天色将黑，便往旅店投宿。谁知店主向他索要“照身之帖”（身份证）。 商鞅推说没有，店主遂闭门不纳，说：“商君之法，不许收留无帖之人，犯者连坐，要与你一并处斩，我可不敢留。” 商鞅叹道：“唉，为法之敝，一至此哉！” 历史有时候就是这么作弄人。
他们一行人只得顶着夜色前行，混出函谷关门，径直投奔魏国去了。当年，商鞅在魏国游历多年，他眼下心存侥幸，希望在魏国能找到一二至交，或许还能东山再起。来到魏国边关之下，守令为一老者，名叫襄疵。此人阅历颇多，居然认得商鞅，他怨恨商鞅欺诈魏国公子卬而败魏军，拒绝接纳。
商鞅请求从魏国转道别国，并不在魏国逗留。关上的魏人说：“商君，秦之贼。秦强而贼入魏，不把你送归，我们怕要惹祸上身。”随后，就将商鞅遣送回秦境内。 这真是应了“作法自毙”那句话！商鞅走投无路，只得急赴自己的封地商邑，纠集徒属，发动邑兵，向北攻击郑地，以谋求一块立足之地。 现在，商鞅的身份变得很尴尬，虽然秦国目前的中央体制，没有一处不烙着“鞅”字，可是他作为一个个体，已被这体制排除出政治中枢，现在不过是一个与中央政权作对的小小城邑主了。
他亲手缔造的中央体制，只要稍稍动动手指头，就能把他捏得粉碎。 秦惠文公当然不可能放跑他，下令发大军进攻商鞅，在郑的渑池将商鞅的队伍击溃，生擒了商鞅。 20年的旧仇，今日终于可得报。秦惠文公下令，将商鞅车裂（五马分尸），以祭祖先，且恨恨道：“没有谁像商鞅这样敢造反的！”随后，又杀掉商鞅全家。
这就是旧时许多权臣的宿命，主子一死，立遭灭顶之灾。据说“自商鞅之死，百姓歌舞于道，如释重负；六国闻之，亦皆相庆”。 这就是激进政治家的悲剧。 在绳索将他的四肢和脖颈勒紧时，曾经伟岸不可企及的商君，是极端孤独的。 没有人怜悯，没有人惋惜，没有人为他作《黄鸟》之歌。
他所缔造的事业，将延展至广大的华夏之土，并将延续至千秋万代；可是他只是孤零零的一个犯人，连一个知音都没有了。 一个伟大人物的孤独陨灭，没有谁比商鞅更凄惨的了。 不过，作为肉体的商鞅虽然悲惨地毁灭了，可他的精神仍在。 秦惠文公初即位时，尚且年少，杀商鞅是有些意气用事了；但他是头脑清醒之人，很快摆脱了甘龙、杜挚之流的影响，承袭了商鞅变法的所有成果，老世族并没有重新得志。 这就是所谓的“商鞅虽死，秦法未败”。 新法的许多规定，在秦国一直延续了下去，直至最终。
当然，商鞅本人的覆灭，不少历史学者将原因归结于他的极端化，过于急功近利。他所主张的“贬抑工商”、“弃绝文化”、“倡主独裁”、“轻罪重刑”，这些都违背了一个正常社会的规范。 他让自己是陷入两难中——如果不激进，秦国便不能迅速富强；如果太激进，他将陷于千夫所指。 他选择了千夫所指，以自己的毁灭，换来了一个雄风引领百代的大帝国！
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