总体上看，已实施的山水工程在消除安全隐患、提升生态系统质量、优化国土空间格局等方面取得了显著成效，并助力生物多样性保护、荒漠化防治和生态系统碳汇能力提升。各地积极推动山水工程实施，在规划布局、组织机制、资金筹措、治理模式、接续产业发展、先进理念应用等方面开展了诸多实践探索，形成了一系列典型经验和做法。
在国土空间规划体系的引领下，科学布局山水工程。已有山水工程均布局在各类规划确定的生态安全屏障关键节点，或具有全球意义的生态关键区。各级国土空间规划、《全国重要生态系统保护和修复重大工程总体规划（2021—2035年）》及其专项建设规划、国土空间生态修复规划等，均是山水工程布局的依据。国土空间规划构建了国土空间开发保护格局，明确了生态安全屏障的架构，遏制了无序发展，保护了生态功能极重要区、极敏感区以及自然保护地等生态空间的范围，限制了人类在生态空间的活动强度。对重要生态安全屏障区域（三区四带）制定的生态保护修复规划，布局了重要生态系统保护和修复重大工程，也为确定山水工程的位置、目标和措施提供了重要依据，保障了工程布局的合理性和措施的针对性。
构建多主体、多学科、跨部门的协同机制。已实施的山水工程均成立了由所在省、市、县政府主要领导担任组长，财政、自然资源、生态环境、发改、水利、林草、农业等相关部门参与的工作领导小组，形成了跨部门的工作机制，建立了联席会议制度，协同推进工作。一些地方还成立了项目组织实施的专门协调机构。例如，江西赣州南方丘陵山区山水工程成立了“赣州市山水林田湖草生态保护修复中心”。
一些山水工程在实施中，管理者、规划设计者、相关领域专家、本地居民、社会组织等多方面主体，通过多种方式不同程度参与项目设计、实施、监测、管护等。例如，山东泰山区域山水工程采用“政府+志愿者”模式，筹建“泰山爱鸟协会”，开创泰山野生鸟类保护新模式，通过科学观测获取了大量基础数据，为保护决策提供了科技支撑。
创新多元化投融资机制，动员社会力量共同参与。一些山水工程通过中央财政投资引领带动地方财政和社会资本投入，拓宽资金投入渠道。特别是通过土地政策激励、金融工具挖潜、融合产业发展等，创新投融资模式，建立多元化投入机制。例如，在江西赣州南方丘陵山区山水工程中，信丰县通过给予土地经营权和财政资金支持，引入农夫山泉公司的资本投入，对退化的脐橙种植园进行生态修复。并在生态修复的基础上，配套建设脐橙文化博览馆、苗木科研中心、品种展示园等，形成“中国赣南脐橙产业园”以带动文旅产业发展。又如，重庆长江上游生态屏障山水工程中，创新生态地票指标交易机制，对新增经营性建设用地实行“持票准用”以创造市场需求，将农村闲置、废弃建设土地、自然保护区等重要生态功能区建设用地修复成耕地或林草地后，产生“地票”，进入市场交易，为山水工程实施筹措资金。
实现区域内各类自然生态要素的整体保护、系统修复、综合治理。山水工程均以江河湖流域、山体山脉等相对完整的自然地理单元为基础，结合行政区域划分确定工程范围，将工程范围分成区域（或流域）、生态系统以及场地3个尺度，分别开展工程规划、工程设计和工程实施，有效衔接总体目标与具体措施，实现了在大空间尺度上统筹各要素治理。
各地在山水工程实施前或同步进行土地利用方式及强度的调整，实施防洪调蓄、灾害防治、污染源控制等先导措施或工程，去除或降低生态系统退化的胁迫因素。在此基础上，开展生态保护修复，恢复生态系统结构与功能，构建生态网络。此外，一些山水工程还开展了监测评估，及时发现工程实施中的问题，并对工程措施和子项目安排进行调整。
为本地居民创造替代生计，推动生态产品价值实现。一些山水工程在生态修复的基础上，发展生态农业、生态牧业、生态旅游、生态文化等相关产业，在解决当地居民就业问题的同时，推进生态产业化、产业生态化发展，也有利于生态保护修复效果的管护和维持。例如，甘肃祁连山山水工程为封育恢复退化森林及草地，在限制居民放牧及采伐活动的同时，提供护林员、旅游向导等就业岗位，指导开展蘑菇、地耳等非木材林产品的种植，拓宽增收渠道。又如，宁夏贺兰山东麓山水工程，在开展生态保护修复的同时，发展葡萄酒和旅游产业，为当地居民创造了就业岗位。
既传承传统生态智慧，又借鉴国际先进理念。一些山水工程充分融合本地知识和生态传统智慧。例如，浙江瓯江源头区域山水工程中的农田生态修复与可持续利用子项目，将当地历史上传承下来“稻鱼共生”和“茭鸭共生”的农业可持续利用系统予以示范推广，既提升了农田生物多样性，又提高了农产品品质，帮助了农民增产增收。
同时，《指南》等技术标准，不同程度地转化吸收基于自然的解决方案、再野化、适应性管理等国际先进理念，推动其本土化和主流化。
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