实现畜禽良种化，是新疆维吾尔自治区加快发展现代畜牧业的重要内容，建立层次分明、结构合理、运转高效的畜禽良种繁育、推广、利用体系，对提高畜禽良种化程度，加快新疆传统畜牧业改造，实现现代畜牧业发展具有重要意义。
立足生产发展需要，强化种源生产体系建设。
为尽快形成新疆畜禽品种优势，近两年新疆维吾尔自治区畜牧厅狠抓主导优势畜种种畜禽产建设，全区共新建牛羊原种场（扩繁场）15家、猪禽扩繁场（父母代场）27家，奶牛高产核心群7个。2008年，呼图壁种牛场投资9000万元，引进加拿大荷斯坦高产奶牛2800头，建成西北地区最大的现代奶牛示范养殖场。2008年天康集团投资2000万元建成疆内首个祖代原种猪场和疆内规模最大的种猪二级繁育基地，填补了新疆生猪、家禽祖代场的空缺。2009年自治区财政投资600万元，融资3800万元，启动实施了蛋禽、肉禽各5000套祖代鸡场建设工程。通过种源基地建设，畜禽生产能力明显提高，2009年全区牛羊种公畜生产能力达到2万头，较2006年增加1.2万头，商品仔猪猪、蛋肉禽苗在满足区内生产需要的基础上，还批量销往内陆省区。
在组织实施好国家奶牛良种补贴项目的基础上，为提高新疆边远农牧区牲畜良种化率，2007年启动了新疆优良种畜补贴项目。补贴政策实施三年来，项目区牲畜改良比例明显提高，据调查，2009年新疆牧区及贫困农区牛的良种率达到53%，羊的优良化率达到61%，分别较2006年提高5%和7%。
提高品改技术服务面，加强畜禽良种推广体系建设。
液氮、冻精生产储运设施设备是开展品种改良工作的基础。2008年自治区启动实施了畜禽改良冷链体系建设工程。工程总投资8800万元，分两年实施。2008年自治区自筹资金3800万元，完成了重点地州冷链体系建设，共采购配备大型液氮运输槽车2辆，小型液氮运输车148辆，大型液氮储蓄槽19个，各型号液氮储存运输罐7236个，工程建设取得了明显成效，当年区内人工授精、胚胎移植等改良技术应用水平大幅提高，全区牛冻精使用量达到160多万剂，牛冷配改良头数90万头，牛冷配改良比例较2007年提高近8个百分点。
为解决基层品种改良技术人员不足问题，提高改良技术服务水平。2008年自治区实施了“万名家畜繁殖工”培训工程，计划两年培训家畜繁殖工1万名。截至目前，全区已培训家畜繁殖工6200多名，预计2009年底全面完成培训任务。同时，自治区制定了《家畜繁殖工星级管理办法》，对全区家畜繁殖工施行星级考核。
贯彻落实《畜牧法》，完善种畜禽质量监督检测体系。
为加大新疆特有畜禽遗传资源保护，尽快保存和抢救濒危物种，防止畜禽遗传资源的灭失。2008年该区调整成立了自治区畜禽遗传资源管理委员会，对全疆60个畜禽品种资源进行了全面调查。制定了《新疆畜牧遗产资源保护名录》，将55个品种列为自治区级畜牧遗传资源保护名录，其中一级保护品种30个，二级保护品种14个，地方畜禽遗传资源培育品种11个。同时，积极向自治区申请财政专项保种经费，到2009年自治区财政年度安排畜禽品种资源保护专项经费已达300万元。目前区内已建成5万只新疆鹅、30万只拜城油鸡商品生产基地，促进了地方品种资源的保护。
按照《自治区优良种畜补贴项目实施方案》要求，种公畜鉴定工作由自治区畜禽繁育改良站牵头，联合自治区畜科院、新疆农业大学等单位技术力量组成多个鉴定小组，在每年4月~5月对各种畜场的种畜开展质量鉴定。2009年全区共组织鉴定种公畜2.8万头（只），其中鉴定合格种畜2.1万头（只）。
促进产学研结合，加快畜禽繁育科技支撑体系建设。
依托自治区畜牧科学院、新疆农业大学等良种繁育技术研发平台，借助国家重大科技攻关专项，加快培育适应市场需求、生产水平较高、抗病力强的畜禽新品种、新品系。2009年，为加快新疆种源生产，由自治区畜牧厅组织，科研院校牵头，实施了“万枚优质种羊胚胎移植工程”，预计可新增优质种羊4000多只。同时，为加强草食家畜良种繁育高新技术研究，自治区财政专门安排50万元资金，支持科研院所开展区内主导优势畜种牛羊健康养殖生物技术产品研究与开发，主要在动物遗传标记、功能基因、分子育种、转基因新品种培育等新兴前沿学科进行实施研究。为加快生猪良种繁育技术推广，2009年自治区补助50万元，在昌吉农业职业技术学院开工建设区内首个生猪良种繁育科技示范场，主要为生猪繁育技术推广提供实训基地。
鼓励科研院所联合育种企业、生产单位开展联合育种，通过整合育种资源，促进种源生产。在绒山羊育种上，乌鲁木齐市绒山羊研究中心摸索建立了“中心定向培育，场户组织生产”模式开展种羊生产，具体由中心负责育种管理指导，场户按照合同规范生产，2008年中心签订的合同户育种核心群总规模达到3000多只，2009年出场合格博格达种公羊达到551只。喀什地区通过联合育种，培育的优质多浪羊种公羊，曾创下单只30万元的拍卖价。为引导区内种畜禽生产经营、推广使用、科研教学等单位组成种畜禽育种协作组织，开展联合育种，2009年自治区组织成立了有关专家小组，着手编制新疆牛羊及家禽联合育种总体规划，以期通过规划的编制，明确各畜种育种方向，确保种畜禽育种工作的科学性和连续性。
