自古以来，日本深受中国文化的影响，包括文字、文学、书法、茶道、医学、服饰、习俗、法律、农耕、工艺技术等等。所以中国一直有一种说法，认为日本人的祖先是中国人。而被提及的最多的，是秦始皇时期沿海东渡的大忽悠——徐福。
当年，秦始皇平定天下、坐稳江山之后，享有到至高权利和尊贵，于是秦始皇开始萌生了想要长生不老的想法。当时担任秦始皇御医的徐福窥见到了秦始皇的这个想法，于是毛遂自荐称《山海经》中记载海中有蓬莱、方丈、瀛洲三座仙山，山中有神仙居住，他自愿前往为秦始皇寻求长生不老之丹药。
秦始皇听罢大喜，遂派徐福率童男童女各3000人和巨额物资乘船出海寻求仙丹。数年后徐福无功而返，后于公元前210年再度率众出海，此后便了无音信、再未回还。据说，徐福一行人来到了一处气候宜人之地便留下来自立为王，并教当地人农耕、捕鱼、生产技术和医术等等。
有人猜测这个地方就是日本。而在日本也能找到有关徐福东渡日本的记载和遗址。在日本，最早出现徐福东渡日本的记载是1339年日本南朝大臣北畠亲房所著的《神皇正统记》。
日本人普遍认为徐福于日本纪州熊野新宫(今和歌山县新宫市)登陆，当地现存有徐福墓和徐福神社。日本人认为徐福带来的童男童女、谷种、农具、药物及生产技术和医术，振兴了日本的人口和技术，为日本的发展起到了至关重要的作用，故尊称徐福为“司农耕神”和“司药神”。而每年的11月28日，当地人都会祭祀徐福。
当然了，关于徐福东渡日本的说法有相当一部分是传说的成分，其真实性根本无从考证。而且，人们对于徐福最终的落脚地的猜测，除了日本，还有琉球、台湾，甚至是美洲。
所以，关于日本人人种起源的问题一直都是一个谜，就连日本人自己也说不太清楚。但是随着科技的进步，研究人种的课题除了依靠考古和历史文献之外，人们又掌握了一项新技术，那就是分子人类学。
最新的研究表明，日本人与西藏人是近亲，日本人的基因与西藏人的基因有50％近似度。此外，日本人的基因除了来自西藏之外，有一部分是来自于南亚，这些人种大概是3万年前从菲律宾群岛和印尼群岛迁徙到的日本，另外还有一部分是大概在2万年前从西伯利亚迁徙至日本的。
最让人不可思议的是，在日本人的基因里，竟然有1%是来自于中国的云南地区。而日本土语的很多发音与云南纳西族的语音有很多相似之处。
无独有偶，在徐福准备东渡之时，恰逢秦军征服了西南夷（现今云南各民族的共同祖先）。秦始皇为给徐福凑足那数千童男童女，便下令让这些被征服的西南夷凑足人数，随徐福沿海东渡。
而根据日本专家的考证，在徐福东渡时期，日本关西地区居民的平均身高突然增加了5厘米。据此日本专家推断，这很可能是当年徐福携众人登陆后与当地人结合局部改良了日本人种。
综合起来看，当初徐福一行人很可能真的东渡并留在了日本，并与日本当地土著结合，带给了日本人1％的云南人种基因。此外，日本人还拥有西藏、南亚等人种的基因。也就是说基本可以肯定日本人其实是一个混合人种。
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