1.DIP
http://dip.doe-mbi.ucla.edu/
相互作用的蛋白质数据库(DIP)收集了由实验验证的蛋白质－蛋白质相互作用。数据库包括蛋白质的信息、相互作用的信息和检测相互作用的实验技术三个部分。用户可以根据蛋白质、生物物种、蛋白质超家族、关键词、实验技术或引用文献来查询DIP数据库。
2.BIND
http://www.bind.ca/
生物分子相互作用网络数据库（BIND）是旨在存储相互作用，分子复合物和通路的完整描述的数据库。包括蛋白质、核酸和小分子组成的任何两个分子间的相互作用，化学反应以及光化学激活和构象改变等。该数据库能够被用于研究相互作用网络，绘制跨分类分枝的通路，并产生动力模拟信息。
3.MINT
Http://cbm.bio.uniroma2.it/mint/
分子相互作用数据库（MINT）存储了包括蛋白质、RNA、DNA生物分子间相互作用及分子酶学修饰的数据库。可用于查询实验验证的蛋白质-蛋白质相互作用，包括直接和间接作用。
4.3DID(3D interacting domains)
http://3did.irbbarcelona.org
http://gatealoy.pcb.ub.es/3did/
搜集3D结构已知的蛋白质的互作信息，可通过结构域名称、基序名称、蛋白质序列、GO编码、PDB ID、Pfam编码进行检索。
5.DOMINE
http://domine.utdallas.edu
结构域互作数据库。
6.PiSite(Database of Protein interaction sites)
http://pisite.hgc.jp
以PDB为基础，在蛋白质序列中搜寻互作位点。
7.Binding MOAD
http://www.BindingMOAD.org
致力于提供蛋白质-配体晶体结构数据信息。提供结构已知的蛋白质的相关配体，并附有详细注释，同时提供由实验而得的亲和力数据。
8.Phospho.ELM
http://phospho.elm.eu.org
蛋白质磷酸化位点数据库。
9.STITCH
http://stitch.embl.de/
蛋白质-化合物作用网数据库。
10.UniHI
http://www.unihi.org
人体蛋白质相互作用数据库，可根据蛋白质名称、代谢路径等查询。
11.KEGG
http://www.genome.ad.jp/kegg/
京都基因和基因组百科全书(KEGG)是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的知识库。基因组信息存储在GENES数据库里，包括完整和部分测序的基因组序列；更高级的功能信息存储在PATHWAY数据库里，包括图解的细胞生化过程如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期，还包括同系保守的子通路等信息；KEGG的另一个数据库是LIGAND，包含关于化学物质、酶分子、酶反应等信息。KEGG提供了Java的图形工具来访问基因组图谱，比较基因组图谱和操作表达图谱，以及其它序列比较、图形比较和通路计算的工具，可以免费获取。
12.PID
http://pid.nci.nih.gov/
由美国国家癌症研究院（NCI）和Nature共同创立，提供已知的人体细胞信号转导、调节活动及主要细胞生命过程的蛋白质路径网，可通过输入某个分子名或代谢过程名称进行查询。
13.Reactome
http://www.reactome.org/
人体生命活动路径与过程数据库，提供生化过程网络图，并对参与其中的蛋白质分子详细注解，与其他数据库如UniProt、KEGG、OMIM等建立广泛交叉。
14.SPAD(signaling pathway database)
信号通路数据库，主要包含启动胞内信号通路的四种细胞外信号分子，涵盖生长因子、细胞因子、激素和应激等相关通路。
15.CSNDB(cell signaling networks database)
细胞信号网络数据库，由日本国立健康科学研究所建立，是人类细胞中信号途径的数据和知识库。汇编了有关信号传输的生物分子、序列、结构、功能和生物化学反应，并能够自动绘图表示信号途径。
16.VirHostNet
http://virhostnet.prabi.fr/
病毒-宿主分子互作网数据库，提供病毒-宿主蛋白质互作信息及这些蛋白质的相关注释。可通过输入基因、蛋白质、路径等关键词进行查询。
17.Bionemo(molecular information on biodegradation metabolism)
http://bionemo.bioinfo.cnio.es
搜集与生物降解代谢相关的蛋白质、基因数据，包括蛋白质序列、结构域、结构；基因序列、调控元件、转录单元等信息。除此之外还包括生物降解的代谢路径图、相关生化反应等。
18.STKE (signal transduction knowledge environment)
http://stke.sciencemag.org/
信号转导知识，由Science杂志和斯坦福大学共同提供的涵盖细胞代谢、分裂、分化、功能和凋亡等几乎所有细胞生命活动的信号通路。
19.Nature Signaling Gateway
http://www.signaling-gateway.org/
NatureSignaling Gateway 是一个综合信息网站，包括细胞信号通路，细胞信号通路联盟和Nature 出版集团。
20.Biocarta- charting pathways of life
“开源”资源，提供在线图展示选择的信号通路。
21.PMAP
http://www.proteolysis.org
蛋白质水解路径数据库。
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