阿桂与温福、丰昇额会师美诺后，檄令索诺木交出僧格桑，索诺木不理。于是阿桂和温福在乾隆三十八年奏准三路进攻大金川。这时，阿桂又被授以礼部尚书之职。阿桂与温福、丰昇额分道进军后，连夺叛军几个碉卡，进展颇为顺利。然而由于统帅温福指挥失宜并败死，战局发生逆转。索诺木击败温福军后，乘胜占据小金川。阿桂闻变，毫不慌乱，亲自断后，将所部安全地撤至达河。
乾隆帝在热河（今河北省承德市）行宫得到兵败的消息，十分震惊，特地召大学士刘统勋商议对策。刘统勋原不主张对金川用兵，至此却力主征伐。于是，乾隆帝授阿桂为定西将军，丰昇额、明亮为副将军，并调遣健锐、火器营二千名士兵和吉林索伦兵二千名一起进剿金川。阿桂很快就收复了小金川全境。
捷报传来，乾隆帝甚为高兴，赐诗褒奖阿桂，并命他迅速移师进剿大金川。然而，夺取大金川却不是一件容易的事。因为“大金川之地自乾隆十二三年以来全力抗守，增垒设险，严密十倍小金川。”阿桂深知此情，作了充分的准备，然后，于乾隆三十九年兵分三路向大金川进攻，经过两年的鏖战和围攻，在海兰察等将领和广大士卒的奋勇冲杀下，终于在乾隆四十一年正月逼令索诺木偕其祖莎罗奔及部众二千余降，阿桂安置大小金川“归顺”的藏族头领和一般人员，设副将、同知分驻其地，不久设懋功厅，废除了原来的土司制度。
阿桂征伐大小金川的胜利，也使他的地位大大提高。乾隆帝封其为一等诚谋英勇公，并进为协办大学士、吏部尚书和军机大臣。乾隆四十一年四月，清军班师回朝。乾隆帝亲自到北京城南良乡“行郊迎礼”，进城后，“御紫光阁，行饮至礼”。
在清政府批准他的建议后，阿桂于乾隆二十五年(1760年)春，带领各族军民，顶风冒雪，翻越天山的穆素尔冰达坂，从阿克苏赶赴伊犁，争取在春暖解冻时播下第一批种子。
伊犁，是我国西北边疆一块美丽富饶的宝地。天山分支哈尔克他乌山和婆罗科努山，象南北两大屏障高耸屹立，既减弱了西伯利亚寒潮的侵袭，又阻止了塔克拉玛干大沙漠干热风的危害。境内伊犁河及其上游的喀什河，巩乃斯河，特克斯河日夜奔流。这里气候温和，雨量充沛，土地肥沃，是发展农业生产的理想场所。但是，清朝统治新疆初期的伊犁，由于长期战争的破坏，却变成人烟稀少，野兽出没的一片荒野，一切生产都处于停顿状态。清政府为了巩固在新疆的统治和保卫西北边疆的安全，决定在这里建城驻兵，守边卫内。要实现这一目标，首先必须解决军民的吃粮问题。伊犁距内陆遥远，高山戈壁阻隔，靠内陆运粮当然无望，只有在当地屯田开荒、种地产粮，才是唯一出路。阿桂就是肩负着这一重大使命从事这项工作的。
阿桂带领各族军民到伊犁后，抓住春播季节，在伊犁河南的海努克等地一面开荒下种，一面建房筑垒，很快取得成效；接着，组织军民开挖渠道，整修道路，为进一步恢复生产作准备。在阿桂的组织和各族军民努力下，伊犁的屯田当年即获得成效，仅300户维吾尔族农民屯田“所收谷石，接济前后驻扎官兵，及厄鲁特(蒙古族)，回人(维吾尔族)二千余口，可至来年五月”，一下子解决了当地军民的吃饭问题。
清政府接到阿桂的以上报告后，大受鼓舞，决定扩大伊犁的屯田面积。乾隆二十六年(1761年)春，从乌鲁木齐抽调的500名绿营兵，从南疆招集的800户维吾尔族农民，先后到达伊犁。阿桂把这些军民安置在伊犁河两岸，立即开始垦荒播种。这年秋收时，800户维吾尔族农民“合算每人收谷四十石”，绿营兵“屯田八千亩，收获大小麦、黍、粟、青稞等谷，共二万七千一百石有奇”，又是一个大丰收。
其次，继续扩大土兵屯田的面积。清政府从内陆抽调到伊犁屯田的绿营兵很快达到2500名。阿桂把屯兵分为25屯，每屯100名，分别安置在绥定、清水河、芦草沟一带(皆今霍尔果斯县境)，并特设总兵一人管辖。根据规定，每个土兵屯地20宙，由官方发给农具耕畜，每屯年交粮食1800石至2800石不等。后来，清政府又把内陆的大批犯人发遣到伊犁种地，交给屯兵看管，每人种地12亩，年交粮6石。这是伊犁军民粮食的另一个重要来源。
再次，迁移内陆的无地农民到伊犁屯田。对凡是到伊犁屯田的内陆农民，当局“每户给地三十亩”，并提供农具、耕畜，种子等，让他们安心生产。土地六年后交赋，每年交粮9升左右。对屯田土兵遣犯的家属，也分给他们土地，尽量把他们编入民籍，安心生产。
另外，对这一时期迁移到伊犁定居的锡伯、索伦等族军民，阿桂也进行了妥善的安置，让他们在查布察尔、霍尔果斯一带，一方面驻防守边，一方面屯田生产。这些八旗军民克服了重重困难，开垦出大片土地，很快做到了粮食自给自足。
总之，伊犁地区的屯田在阿桂等人的组织领导下，在各族军民的共同努力下，取得了显著的成绩，昔日荒凉的伊犁河谷，变成到处是良田炊烟，鸡鸣畜叫的塞外粮仓。
乾隆四十七年(1782年)，据伊犁将军伊勒图向清政府报告说：当地由于屯田连年丰收，仓库里储存的粮食达“五十多万石”，“足可备放三年有余”，陈陈相因，以致于发生霉烂。由于粮食问题的解决，给伊犁经济的发展奠定了基础，当地的畜牧业、商业相应也发展起来。伊犁九城也先后建成，成为伊犁军民守卫西北边疆的主要据点。
伊犁“如内陆，数千里行旅晏然”，出现了前所未有的社会安定、繁荣的景象。在这次完成把伊犁建成新疆政治、军事中心和反对外来侵略坚强堡垒的任务中，无庸质疑，阿桂是有“经始之功”的。
清乾隆四十三年 (1778)，黄枚(?～1784)任浙江平阳知县。不久，民间流传“黄梅（枚）时节家家苦，青草池塘处处冤”的谣谚。四十九年，知府方林弹劾他亏空库实，撤了他的职。接署的金仁、汪诚先都不敢就任。到十一月，仍由他复职。不但未弥补亏空，反而挟制上司。其时尚书曹文埴受命来浙江清厘仓库，黄枚是他外孙女婿，所以有恃无恐。 乾隆五十一年闰七月，浙江提督学政窦光鼐主持院试，高宗令他就所见闻上奏。窦于阅卷中，见平阳县童生杨中所写并非制艺，而是黄枚的罪状，读后大惊。经查实：该县亏空已在10万以上，黄枚犹借此向民间勒借。遂上奏。朝廷派大学士阿桂会办。阿桂为黄枚义父，与曹文埴等串通，复奏反诬窦光鼐所奏不实。
窦光鼐即亲到平阳查访，再上奏折云：“臣赴县学明伦堂，有吴荣烈等绅民数百人呈送五十年田单二千余，供称‘黄知县以弥补亏空为名，亩捐钱五十，户给一单。’复据吴荣烈等人呈送四十七年借票九张，钱二千一百千，供称：‘四十四年，四十七年劝捐两次’。监生伍庚等供称：‘劝捐不到者，即饬役勒捐钱，自百余干至三五十千不等，县库有籍可稽。’平邑田千七百七十顷有奇，亩捐钱五十，已浮于原亏之数。以此弥补，已属违法；况仍不弥补，实出情理之外。平邑仓谷四万七千一百余石，黄枚粜成空仓。每当采买，并不给价。先付花户小票一张，号曰‘飞头’；或付谷领一纸，先填明石数充官，俟缴钱后发还。票内银价，乃用以收钱，谓之‘朋帖钱’。所缴谷钱，每石五六百、六七百不等，名为采买，实则勒捐。是该员借弥补而勒捐，既勒捐而仍不弥补。在任八年，侵吞部定谷价勒捐之钱，计赃不下二十余万。原告吴荣烈等随臣到杭，愿与黄枚质对。田单、印票、飞头、谷领、收帖、催贴、借票各检一纸，恭呈御览。”
但这奏折又被扣押。浙江巡抚伊龄阿却据温处道、永嘉知县、平阳知县等汇报，谎奏窦光鼐在平阳“刑逼书吏、恐吓生监、勒写亲供状”，于是奉旨革职拿问。 吴荣烈等赶赴温州，见到窦光鼐，执手痛哭。窦说：“我愿为此事捐生，你们也受到牵连，有遗憾不?”都说愿随窦赴杭誓死抗争。在公堂对质中，潘荣桂大呼：“自古皆有死，民无信不立！”审问官相顾失色。
这时，窦的最后一道奏折侥幸被附于湖南某将军封折中，才被乾隆看到，下谕：“着阿桂会同江苏巡抚闵鹗元查办”。
至此，阿桂不得不据实回奏：黄枚在任期中共侵吞库银一万七干余两，以借弥补为名，按田科派勒索，计银—万四千余两。奉旨：黄枚着即处斩。大学士阿桂、尚书曹文埴，下至道、府、县各官十余人，分别受到革职或降职处分。
乾隆三十三年，明瑞征缅兵败自尽身亡以后，乾隆帝即授阿桂为副将军，偕同经略大学士傅恒、副将军阿里衮再次进攻缅甸。同年三月，阿桂奉召回京，四月授兵部尚书，六月又出任云贵总督。十一月，阿桂抵达云南永昌后，便与阿里衮率军攻取缅甸旧都木梳，然后，阿桂则率另一路军往蛮暮（今缅甸八莫）、野牛坝等地督造战船，以备水军进战之用。清军连续进攻，一再获胜，但因缅军持续抵抗和水土不合，士卒大量病亡，副将军阿里衰病故，经略傅恒身患重病，乾隆帝令阿桂筹画撤军事宜，并于乾隆三十四年底与缅甸议和。阿桂于十二月被任命为礼部尚书，因尚在云南，先由索尔纳代理其职。时木邦、蛮暮和孟连土司头目为躲避缅甸侵害，请求清政府将他们安置于内陆，阿桂建议将云南大理、蒙化一带旧有的马厂官庄田拨给他们居住为生，朝廷予以批准。乾隆三十五年八月，乾隆帝以缅甸不遣使臣进贡，将阿桂的领侍卫内大臣、礼部尚书和镶红旗汉军都统等职均革去，“著以内大臣革职留任，办副将军事，令其自效”。乾隆三十六年，又令阿桂出偏师骚扰缅甸，待其疲惫，再兴师攻之，阿桂则上疏请求大举攻缅，乾隆帝认为阿桂的建议不合时宜，下诏斥责，并夺其官，留军营效力。
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