丽江在唐宋时隶属于南诏和大理国。1253年元世祖忽必烈进攻大理时，丽江纳西首领阿琮阿良迎接元军于金沙江畔，忽必烈赏赉甚厚，即位后封阿琮阿良为“副元帅”、“提调诸路统军司”、“金紫光禄大夫”，并设置丽江路军民总管府和丽江宣抚司，开创了木氏统治丽江的历史。洪武十五年朱元璋派沐英、傅友德率军攻打云南梁王政权，阿琮阿良的后代阿甲阿得审时度势，在全滇诸土司中最先归附，因此被朱元璋封为丽江军民府的世袭土知府，并且赐姓“木”。此后丽江土司传袭十八代世、三百七十年，直至雍正元年才改土归流，将末代土知府木钟降为世袭土通判，而知府则改以流官担任。
明代丽江木氏土司控制区
明朝时期木氏土司手下的纳西族土兵跟藏族土司打仗，北边打到巴塘、理塘，西边打到中甸，东边打到木里、稻城。南边控制区直抵大理。上图是明末木氏土司巅峰时期的控制范围（底图是清代四川省边界）。直到1950年，丽江专区还囊括了今天的整个中甸（香格里拉），以及后来划给大理的剑川、鹤庆，划给怒江的兰坪。
明朝正德年间，丽江全境有居民五万多人，其中木氏土司拥有农奴两千多人，还有庄园十四处、田地二千四百余亩，每年收租米一千三百余石，每年还向农牧民征收田赋、牦牛税。丽江境内的金银铜矿和盐矿基本都为木府所有。明代王士性《广志绎》称丽江“金生于土，每雨过则令所在犁之，输之官，天然成粒，民间匿铢两者死”；《博物志补》则称“丽江府产金尤多，其金散拾如豆如枣，大者如拳……银则穴地数十丈，取矿石炼之”。此外丽江把守滇藏商贸之路“茶马古道”的要冲，对过境货物还要抽取关税。
明朝时期丽江土司不仅财富居云南土司之首，政治上也雄踞一方，号称“木天王”。明代的丽江虽然与元江、蒙化并称云南三大土府，但三者势力相差悬殊。每逢元旦及“木天王”生辰，蒙化土知府左氏（彝族）和邻近的永宁土知府阿氏（摩梭人）要前往丽江拜谒，“抹颡叩头，为其扶舆而入，命之冠带则冠带而拜跪，命之归则辞归，不命咸不敢自言”。
木氏土司为称雄自保，在丽江府与鹤庆府交界的丘塘关设有关卡，关口有丽江土兵把守，“夷人”可自由往来，汉人则要叩关，得到土司的许可才能通行。如果擅自闯关，则必被关吏强拉去见长官，一见长官则生死不可知，所以汉人没有敢擅自入关的。甚至连明朝委任的通安州（即丽江土府驻地）官员都驻在省城，从不敢入境一步。
今人复原的木氏土司府议事厅及明代嘉靖、万历、崇祯等帝赐字
明朝中央政府对丽江木氏虽然不能完全放心，但总的政策是“屏障蒙蕃”，用木氏来牵制吐蕃力量，所以对木氏睁一只眼闭一只眼，很少干涉。历代木氏土司曾在明朝政府的默许和支持下多次出征吐蕃，其势力范围远达滇西北的中甸、维西，西藏的盐井、芒康，以及四川的巴塘、理塘等地。“木氏世世代代为明国藩篱，一方重镇。滇南鸡犬不惊、军民安妥，聊有赖欤”。
万历年间，《广志绎》作者王士性在担任云南按察副使兼澜沧兵备道时，曾经与木氏打过交道，并对这段经历心有余悸。他在《广志绎》书中说，木府财厚多金，附近鹤庆府的居民官吏多愿为其充当耳目。鹤庆、大理两府的汉人知府如果勘察丽江木氏的不法诸事，则往往会被毒杀。木府的毒药“甚恶”，木氏土司常常父子不相见，父子见面若需饮用茶酒，则先让人尝之。若土司在位十年以上，则更需提防被弑。王士性在澜沧时，丽江土司木旺曾向朝廷捐助银千两，请求朝廷给予“参议”衔，被王士性上疏反驳。后王氏陪人巡视鹤庆府，在饮食方面处处留心，乃得生还，不禁额手相庆。
丽江木府议事厅（复原建筑）
明末崇祯年间徐霞客游访丽江时，见木氏土司府邸“宫室之丽，拟于王者”。1996年丽江大地震后新建的“木府”殿阁厅堂高敞壮丽，正殿“议事厅”坐落于两层月台之上，重檐歇山，面阔七间，除了没有覆盖琉璃瓦以外，其规格已直逼明朝的亲王府正殿；而万历年间土司木增大举扩建的土司府规模甚至比这还要宏丽，自西向东并排分为四路，依次为衙署区、住宅区、祠庙区和花园区（九十年代复建的只是最西边这一路），其建筑“坚致精工，无与伦者”。位于衙署区后部的玉音楼原本为歌舞宴乐之地，“雄伟奇丽，甲于滇西”。由于有僭拟皇宫建筑之嫌，因此后来被木氏改为迎接圣旨的场所，并悬挂匾额“天威咫尺”，以表示对朝廷威权的臣服。
有一种说法称由于丽江土司姓木，所以丽江不修城墙，以免“木”字加“口”变为“困”。实际上明代西南土府为避免朝廷猜忌，很少有修建城墙的。比如虽然今天巍山（蒙化）古城保存完好，但蒙化土知府左氏却并不住在城中，而是在城外三十里的西山。蒙化城中的驻扎机构是中央政权派出的汉族流官——蒙化同知，以及云南都指挥使司下辖的蒙化卫。至于土司驻地则没有城墙，以便万一有变时“大兵临，则俯首受紲”。这也反映了大土司在“遵法度”和“僭越”之间寻找平衡点的一种微妙心态。
此外丽江古城（大研镇）在土司统治时期并不被视为一座城，而是许多村寨的聚落，图9桔黄色字体标出了石敢底、阿溢灿、乌伯、告科、穆廓、激沙沙等一些村名。在明朝和清朝中也以前，丽江古城内真正被视为“城”的是由西河环绕的土司府区域（下图左侧黄线内区域） ，在其南北两侧设有城关“关门口”作为守卫建筑，扼守通往土司府的道路；土司府的背后是狮子山，前面是西河，与两座城关一起象征性地标示出“城”的空间。
雍正元年丽江改土归流之后，在大研镇的东边修建了丽江府城（上图红线区域），城中设有府署、文庙等官署建筑，城外有风云雷雨坛、社稷坛、先农坛、厉坛、关帝庙等祭祀建筑。城墙长四里，高一丈，土筑，下为石墙基，墙顶覆瓦，城门五座，各设门楼。汉族流官多住在靠近四方街的城西区域。这座丽江城墙在乾隆四十五年地震时被震塌，之后未再重建。
丽江老城鸟瞰
《广志绎》中所说的丽江土司父子相残的情况，在明清土司家族中并不罕见。宋元明清时期，各地土司传位方式众多，除了父死子继、兄终弟及、叔侄相继外，还有妻子继承丈夫（比如明末名将秦良玉），母亲继承儿子，祖母继承孙子，妹妹继承兄长，女婿继承岳父等等，甚至小妾都可以承袭夫职。而且这些继承方式都被朝廷认可。继承规则的不确定，导致土司职位承袭的过程中存在极大的“宫斗”操作空间。有些土司妻妾众多，子孙甚众，同室操戈互相仇杀的状况屡屡发生。比如播州二十四世土司杨辉的嫡长子杨爱和庶子杨友就为争位而爆发大战；二十七世土司杨相宠爱庶子杨煦，嫡长子杨烈与其母亲张氏起兵攻打杨相，杨相弃位出逃，死在外地。再比如末代播州土司杨应龙因为爱妾田雌凤的谗言，听任田氏派人杀害嫡妻张氏及其母亲，张氏之叔父遂向贵州巡抚叶梦熊上奏称杨应龙谋反。叶梦熊请兵剿灭杨氏，成为“播州之乱”的导火索，并最终导致播州地区改土归流。
丽江木府议事厅内景（复原）
细究起来，明清两代特别是雍正时期的“改土归流”、摧毁土司制度，并不是打击少数民族，而是恰恰相反，是让少数民族从世袭土司的沉重压迫下解放出来。此外改土归流也将大量土地、人口收归中央政权，加快少数民族地区的经济社会和文化发展，是多民族中央集权国家的大势所趋。
土司制度滥觞于唐代在边疆民族地区设置的羁緳机构，比如羁緳都督府、羁緳府、羁緳州、羁緳县。在唐玄宗天宝年间，内陆设置三百三十一州，而羁緳州的数目达到八百余处（当然，羁緳州的人口规模远小于内陆的州）。到明代，天下共设武职土司将近一千五百家，文职土官六百余家。明亡后归附清朝、仍授原职的土司有一千零七十八家，此外清廷在青海、西藏、新疆和西南诸省又新设置土司七百零一家。这与清代“改土归流”的通常印象不大一致。实际上清朝“改土归流”的方针和明朝一脉相承，多利用其叛乱、犯罪、绝嗣，或者以“土民请愿”为由改土归流。对于顺应趋势、“不复生事”的土司，清廷多给予优厚待遇，保留官衔、养赡终生。对于桀骜不驯的土司，则将其全家迁往外省安置。雍正大规模改土归流后，剩下的小土司数量虽然还很多，但逐渐徒有其名，其昔日权势也荡然无存了。
丽江土司木增画像
清末光绪、宣统年间，边疆地区纷纷置省，同时西南各省残存的土知州、土知县也纷纷“奏请停袭”，改土归流。到清朝灭亡时，全国仅存土司四百余家。民国时期在土司管辖地区成立“设治局”，作为废司设县的过渡机构，西北地区的土司大多被委任为“保安司令”、“保安队长”、“保长”、“甲长”等职，剩下的土司大约有三百五十余家，多集中在西南地区。到1956年民主改革时，最终彻底废除了全国的土司制度。如今除了遵义海龙囤、丽江木府这些供游客参观的文化遗产外，只有一个地方还保留了土司制度的一丝痕迹：在1984年制订的国家标准GB-T4765《家庭出身代码》中，代码58代表了“土司”。
丽江木府护法厅，匾额是“为国干城”
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