GBrowse安装记录 | Public Library of Bioinformatics
- perl、mysql安装略过
- apache安装
2 | % ./configure --prefix=$HOME/httpd/prefork --with-mpm=prefork |
- libgd2的安装
2 | tar zxvf gd-2.0.35. tar .gz |
- mod_perl安装
2 | tar zxvf mod_perl-2.0-current. tar .gz |
4 | perl Makefile.PL MP_AP_PREFIX= "$HOME/httpd-2.2" MP_AP_CONFIGURE= "--with-mpm=prefork" |
- 必须的Perl libraries安装
01 | sudo perl -MCPAN -e 'install Module::Build' |
02 | sudo perl -MCPAN -e 'install GD' |
03 | sudo perl -MCPAN -e 'install JSON' |
04 | sudo perl -MCPAN -e 'install LWP' |
05 | sudo perl -MCPAN -e 'install Storable' |
06 | sudo perl -MCPAN -e 'install IO::String' |
07 | sudo perl -MCPAN -e 'install Capture::Tiny' |
08 | sudo perl -MCPAN -e 'install File::Temp' |
09 | sudo perl -MCPAN -e 'install Digest::MD5' |
10 | sudo perl -MCPAN -e 'install CGI::Session' |
11 | sudo perl -MCPAN -e 'install Statistics::Descriptive' |
12 | sudo perl -MCPAN -e 'install GD::SVG' |
13 | sudo perl -MCPAN -e 'install DBI' |
14 | sudo perl -MCPAN -e 'install DBD::mysql' |
15 | sudo perl -MCPAN -e 'install DBD::Pg' |
16 | sudo perl -MCPAN -e 'install DB_File::Lock' |
17 | sudo perl -MCPAN -e 'install File::NFSLock' |
18 | sudo perl -MCPAN -e 'install Template' |
19 | sudo perl -MCPAN -e 'install Bio::Root::Version' |
20 | sudo perl -MCPAN -e 'install Date::Parse' |
21 | sudo perl -MCPAN -e 'install Capture::Tiny' |
22 | sudo perl -MCPAN -e' install Test::Most |
23 | sudo perl -MCPAN -e' install Bio::ASN1::EntrezGene |
24 | sudo perl -MCPAN -e' install DBD::mysql |
25 | sudo perl -MCPAN -e 'install Bio::Perl' |
26 | sudo perl -MCPAN -e 'install Bio::Graphics' |
如果安装失败,下载源代码进行安装,比如对于bioperl的安装:
1 | wget --no-check-certificate \ |
- GBrowse的安装
2 | cd Generic-Genome-Browser |
===编译===
2 | --cgibin=$HOME/httpd/cgi-bin/gbrowse2 \ |
3 | --conf=$HOME/httpd/conf/gbrowse2 \ |
4 | --htdocs=$HOME/httpd/htdocs/gbrowse2 \ |
5 | --tmp=$HOME/httpd/tmp \ |
有些测试用例没有通过,但是并不影响对于GBrowse的使用
===安装配置===
计划好安装目录,可以通过该参数进行配置,
如果需要重新配置,需要
有关权限需要说明的
- 安装配置需要指明httpd进程的用户,这样使得指定的目录比如数据库文件目录,临时文件目录,Session文件目录具有相应的权限
- 对于配置文件的修改权限,安装时,因为需要向Perl库写入文件,所以需要使用root进行安装,许多文件都是root级别的,需要做相应的修改chown,chmode
- 对于perl模块的安装都是使用root,将其安装到用户的目录,尝试了,但是还没有完全领会
- 页面访问,发生内部错误,通过勘查error.log文件,可以找到错误的确切原因,给予解决
安装感受
- 需要的Perl模块,可以使用CPAN进行安装sudo perl -MCPAN -e shell, install **,但是如果失败的话,一定要按照该模块的说明进行手工安装,大部分原因是需要第三方库;
- perl的模块都可以在 http://search.cpan.org搜索得到;
- 按部就班,将所有需要的模块进行安装,然后就是配置./Build reconfig;
- 这时候还出错的话,就是配置文件出问题了,需要修改GBrowse.conf, 最后遇到的问题就是报告错误。
来源:http://boyun.sh.cn/bio/?p=1783
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