更加要命的是，5月15日从图拉吉起飞的1架日军水上飞机报告说，在南太平洋东所罗门群岛海域发现了美军两艘主力航母，并推断它们很可能是参加袭击东京的航母。28日图拉吉还遭到了美军航母舰载机的攻击——殊不知投下炸弹的是水上飞机供应舰“坦吉尔”号上的“卡塔琳娜”。这使日军更加坚信中途岛附近海域没有美军的主力舰队。事实上此时哈尔西的两艘航母早已星夜兼程隐秘赶回了珍珠港，它们回去的目的毫无疑问就是为了即将开始的中途岛大战。
5月17日下午17时，在珊瑚海遭受重创的“翔鹤”号踉踉跄跄地驶入了吴军港。山本、宇垣及其他参谋立即登舰视察。“翔鹤”号的累累伤痕并未使他们对未来的战事感到担心。宇垣在日记中说，“悼念了近100名阵亡海军人员，其中40名是机组人员。探望了伤员，对烧伤人员表示了慰问。”三和随同参加视察后用简洁的语言在日记中写道；“这是很好的作战经验。高桥少佐及其他40名人员的阵亡可谓重大牺牲，但是可以告慰他们的是，他们的牺牲换来了击沉两艘敌航空母舰的辉煌战果。”
没有人去思考一些更深层次的问题。按照日本人原来的设想，珊瑚海海战美军航母舰队是要到日军攻克莫尔兹比港之后才姗姗来迟的。没想到这美国人太不听话，提前一星期就赶过来了。也没有人去进一步想，到中途岛时那可恶的美国人还会不会像之前那样不听话。更没有人去计算一下，“祥凤”号罹难被命中的7条鱼雷和13颗炸弹足以击沉日军两艘以上的重型航母。
“翔鹤”号回到基地时离出征还有整整10天，“瑞鹤”号21日回来时离出征还有6天。以日本人当时的技术实力，修好“翔鹤”号没有一个月绝对不行。“瑞鹤”号虽然完好无损，但舰载机和飞行员损失太多——“瑞鹤”号空勤人员损失超过40％，“翔鹤”则为30％。假以时日才能组织起训练有素的新飞行分队——日军没有候补的舰载机分队。其实当时“瑞鹤”号上尚有24架战斗机、9架俯冲轰炸机和6架鱼雷机，舰上可修复的这三种飞机分别是1架、8架和8架。修复航母费时较多，但修复飞机并不需要太长时间，也就是说短时间内“瑞鹤”号的舰载机就能恢复到56架的水平。虽然比正常编制少了7架，却已与“赤城”、“飞龙”号的数字相仿。日本航母的组织结构异常僵化，飞行分队和航母是合为一体的。两者之中只要任何一方在战斗中受损，另一方就不得不退出战斗直到重新编成。可以肯定的是，在当时条件下飞行员和舰载机肯定是能凑够的，尽管在协调方面会稍有欠缺，但日军舰载机相同机种的战术同质化程度很高，完全可以胜任实战。如果稍有紧迫感的话，日本人完全有能力通过人员的有效组合使“瑞鹤”号能够参战，或者至少用“双鹤”残余的舰载机将那4艘航母所缺的飞机补齐。
因为确信参加珊瑚海海战的两艘美军航母均已被击沉，日本人就认为自己用于中途岛作战的航母对美军仍具有压倒优势。南云部队拥有经过无数次战斗考验的“赤城”、“加贺”、“苍龙”和“飞龙”，完全有把握击溃可能与之交手的任何敌军，“瑞鹤”号参战的必要性不大。骄傲死板的日本人完全忽略了这样一个事实，美军航母具有较大的载机量，他们3艘航母上的舰载机就与日军4艘航母的载机数不相上下。况且他们非常清楚，中途岛可以得到夏威夷大规模的飞机增援。试想，如果在未来实战中“赤城”、“加贺”、“苍龙”号战沉，“瑞鹤”号能够配合“飞龙”号，在美军“约克城”号已失去战斗力的情况下与“企业”号和“大黄蜂”号死磕，胜负还真是不太好说。
如果拿中途岛和珍珠港两次作战相比，当初金梅尔严重低估了对手的素质，没有认真评估其能力就自认为料敌在先。现在同样如此，不过山本坐上了原来金梅尔的位置，根本看不起他对面的尼米兹，这不啻为一个绝妙的讽刺。
在“赤城”号上，那些信心十足的水兵们把许多私人物品都带上了航母，还带了大量用于庆祝胜利的啤酒和清酒。不过也有一个人在忧心忡忡，他就是偷袭珍珠港时投弹命中“俄克拉何马”号的阿部兵次郎大尉。阿部劝源田取消这次行动，他刚刚收到一位在中国的朋友写来的信，“预祝他在中途岛作战中马到成功”。阿部仅仅是海军大尉，他的朋友肯定不会是将军一类的上层人物，看来人人都知道日本人要对中途岛采取行动了。阿部预言美国人很可能已经挖下陷阱等着他们去跳呢。但源田说为时已晚，其它舰只业已出动。再说这也不是源田这个级别的人能当家的事儿。
5月18日，参加中途岛登陆作战的一木清直大佐登上“大和”号，接受了山本大将的具体指示，至此各参战部队均已接受了作战任务。19日，“大和”号返回柱岛进行出航前的最后准备。
5月20日，搭载陆军一木支队和海军中途岛登陆部队的田中输送船团从横须贺和吴港启航，5月24日到达距日本1400公里的集结地塞班岛。藤田少将的水上飞机母舰部队也随田中一起出发并同期抵达。栗田健男中将的近距离支援部队大概也在这一时间抵达关岛。细萱中将的北方部队同样在这一天从濑户内海西部起程，驶往部队集结地青森县陆奥湾的大凑港。
直接从濑户内海驶往战场的主力舰队一个星期后才能出发。山本大将认为时间不能白白浪费，5月21日，山本、高须、近藤、南云4支部队经丰后水道浩浩荡荡驶入公海，进行了为期两天的联合军事演习。这是联合舰队开战以来规模最大的一次演习，也是日本海军在公海上的最后一次演习。
5月23日17时，山本率主力舰队返回柱岛。返航途中，他们与参加MO作战归来的高木第五战队、五藤第六战队相遇。“大和”号礼貌地发出信号，祝贺它们取得了珊瑚海海战的辉煌胜利。但6艘重巡洋舰和众多驱逐舰均默不作声。三和估计他们之所以保持沉默，是“出于意识到自己打得不好的缘故”。
（日第二航空战队“飞龙”号航空母舰）
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