盗墓笔记的体系真的非常大：其中主体就8部，包括七星鲁王宫，秦岭神树 ，云顶天宫，蛇沼鬼城，谜海归巢，阴山古楼，邛笼石影 ，大结局上下。
然后还有藏海花（盗墓笔记前传），沙海（吴邪端掉汪家），十年（吴邪出发去接小哥），钓王（接到小哥去雨村养老，也是重启的前篇），重启之极海听雷。
还有一些小番外，吴邪的私家笔记，此时彼方，麻将，三日静寂，师傅黑瞎子，吴邪的荒岛生活，追忆张起灵等等。
总体来说，盗墓笔记的故事和故事中的一切谜题都是围绕长生而来的。
数千年间，张家一直守护着青铜门——有关世界终极（就是不告诉读者）的秘密，其中就有关长生（但似乎是个骗局），张家人拥有不同于常人的血液和脑部结构，他们信奉可以带来长寿的麒麟血，并且通过对每一代实行自闭式的训练，让他们等到天授的降临。天授可以理解为某种突然出现在脑海中的执念，与天授并行的就是失忆症，某天某个张忽然醒来，他忘记了一切，不记得任何有关自己的事，脑海中只有天授告诉他的，他身为张家人应该去做的事情。
张家人一直在暗中活动，势力遍布，甚至操控着朝代的更迭。直到某一任张家族长突发奇想，觉得张家应当积极入世，突破自闭，从而导致了这个暗中存在的家族被汪藏海（大概知道青铜门的秘密）——也就是汪家的起源发现，并开始了两方长达数千年的纠缠。
和张家相反，汪与汪之间并不一定存在血缘关系，汪家通过共同的信念吸纳新鲜血液。汪家蛰伏千年，积聚的力量十分强大，在民国前左右的时间，汪家放水淹了张家存放族长信物的地方，对张家造成了极大的伤害。因为张家所有的秘密，都被存放在一个房间内，而房间周围遍布着可以致幻的青铜铃，只有族长的信物可以抵御这种幻觉。
于此同时，民国左右这段时间，张起灵的父亲被家族派往长白山采摘藏海花（和张家长生有关），与要被献祭给阎王的康巴洛血统的藏医相恋，生下了张起灵。康巴洛血统与麒麟血关系很大，因此张起灵的血统很纯，而张起灵生父因为违背不可与外人通婚的传统，大概率被处死，母亲藏医被放置在藏海花田中，处于半死状态，只要唤醒她，便只能活三天。这个时候的张家已经开始走向衰败，同时，张家人在陨玉所制的棺木中取出了“三千年圣婴”，就是这个婴儿是三千年前出生的，盗笔世界中陨玉是人获得长生的重要一环，但是这个婴儿取出来时，是死的。
为了重新凝聚张家，核心人员把这时候出生的小哥谎称是三年前圣婴，但这个秘密被汪家捅破，张家人千年信仰破灭，家族彻底走向衰败，而小哥跌落神坛，被随便交给一个族内人抚养，因为麒麟血纯正（可以驱虫辟邪），年幼的小哥就被当成放血的工具对待。
张家族长信物最后露面在蝎子墓中，张家希望取回信物，但派去的人却因为内斗而死在墓中，其中就包括小哥的养父。再后来，小哥到了放野（张家对孩子的考核制度，就是DM）的年龄，和张海客等人重新下了蝎子墓，小哥拿到了族长信物，知晓了张家千年背负的秘密，成为了最后一代族长。
之后，天灾发生，小哥忘记了一切。
另一边，张家有一支外家的人，也犯了族外婚娶的族规，脱离了张家，来到东北发展，这个人就是张启山（老九门的佛爷）的父亲。其后，张启山在军界如鱼得水，同时他也对本家的秘密十分好奇。不久后，张家长生的秘密被某个大佬知晓，大佬时近暮年，希望得以长生，于是找到了张启山，这就是传闻中“史上最大的一次考古活动”。因为成分问题，老九门半推半就地跟随张启山地追寻张家鼓楼，却在四姑娘山损失惨重，张启山意识到想要进入古楼必须要得到张起灵的帮助，于是在全国四处搜寻叫张起灵的人，最后导致了阴山古楼篇目中张塌塌的惨案。
这场运动最后并没有成功，但大佬死后，追寻长生的脚步没有停止，汪家也在暗中行动，力求深入九门，获得秘密，而老九门因为这一次合作，在新中国成立后避免了被清洗。与此同时，老九门的老一辈想要摆脱土夫子的生活，于是各自寻求新出路，希望子女不会走上被控制的命运。这里就出现了吴邪三叔的剧情——西沙考古队。这支考古队的成员十分复杂，表面上，他们都是老九门的后人，但老九门的后代并不愿意一直为组织追寻长生而献出生命，这就是盗笔中被反复提及的“它”，同时，汪家也有人通过易容，渗入到了这支考古队中，吴邪的三叔和陈文锦，解连环等人察觉到了不对，于是使用了假死计策，即吴邪的三叔吴三省和解连环，解连环的身份死去，两人共用吴三省的身份活下来。而在墓中，发生了另外一件事——所有人都被喂下了尸鳖王丹药，带到了格木尔疗养院，尸鳖王丹药也是获得长生的一环，人服用后会跳跃死亡，直接变成叫禁婆的怪物，浑身散发出异香，香味越浓，说明时间越近，只有进入陨玉之中，才能完成长生的整个过程。这之后，霍玲变成了禁婆，陈文锦则逃跑了，一直躲在暗中行事，寻找解除变禁婆的方法。
再之后，吴邪出生，长大，在汪家铺天盖地和监控吴老狗、吴三省的谋划下入局，认识了单纯为钱下地的王胖子和刚格盘没多久啥都不记得的张起灵，并被张起灵和王胖子一次次救，三人在墓中建立了坚定的友谊。吴邪也发现了一个个谜团，在追寻谜团和消失的三叔的路上，来到了蛇沼鬼城，进入了西王母的宫殿，见到了陈文锦，了解了一些祖辈的秘密，也带回了又一次失忆，并且把他当成家人的张起灵。在之后，霍家和解家入局，开始了阴山古楼篇，张起灵想起了族长的职责，并且和吴邪告别。再之后，就是张起灵去长白山为吴邪守门（张家和其余八家约定过，每家轮守十年，守护终极的秘密，但没有一家遵守约定。。
再之后，就是藏海花和沙海，大概故事就是吴邪为了摆脱九门被汪家掌控的命运，也为了卸下张起灵身上的担子，绸缪布局，利用黎簇等人对汪家进行的绝地反击。
在之后十年终结篇
闷油瓶替吴邪守护青铜门十年后吴邪去接张起灵重聚隐居雨村
钓王、盲冢等故事发生
极海听雷 窥见终极的天梯（盗墓笔记重启南京篇）
吴邪长年墓下活动 毒素积累张起灵胖子寻找良药得知听雷秘密棺中金水治病窥见往事
汪家人得知听雷事件各方势力聚集 挟持吴邪一起进入墓中金水。
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