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在人体消化系统中定植，有益宿主机体，并为宿主所必需的微生物群落统称为肠道正常微生物群。它们与宿主、环境形成相互依赖、相互制约的统一体。肠道正常菌群，一般是指结肠菌群，目前已认识的种群最少包括40个菌属的400-500个菌种，其中主要包括双歧杆菌属，约有9个菌种，占全部分离活菌的1/4左右。
临床应用的活菌制剂是指能通过器官屏障结构并定植生长、繁殖、无毒、无害、安全，并能产生一定的生理作用或生态效应的活菌制剂。活菌制剂通过扶植正常微生物种群，调整生理平衡，发挥生物拮抗作用，排除致病菌和条件致病菌的侵袭，除了活菌制剂，还有非活菌制剂，它们都能不同程度地起到调节肠道消化、吸收和运动的作用，从而达到治疗消化不良和急慢性腹泻，并有一定的抗炎作用。活菌制剂一般来讲是安全的，罕见过敏反应。若和抗生素同服将影响前者的疗效。
乳酸菌素是人体固有正常生理菌株与灭菌粉混合而成的活菌制剂，其特点是对多种抗生素具有耐药性。能安全通过胃液屏障，在肠道内定植、繁殖、增殖，发挥生理作用。能形成生物学屏障，调整肠道菌群，促进机体对营养物质的分解与吸收，并能分解葡萄糖产生乳糖，从而抑制致病菌的繁殖生长，促进肠正常菌群的生长。还能改善肠道运动功能，对肠蠕动具有双向调节作用，既能止泻，又有治疗便秘的作用，调节肠道内pH值，抑制肠道内腐败菌繁殖，防止肠道内蛋白质发酵，减少肠内积气。
乳酸菌素适用于治疗①消化不良以及肠内异常发酵，小儿饮食不当引起的腹泻及营养不良等。②抗生素及放、化疗后引起的菌群失调腹泻。③急性胃肠炎、腹泻、痢疾等。
双歧杆菌三联活菌制剂可由双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪链球菌，或由长双歧杆菌、保加利亚乳杆菌、嗜热链球菌经适当配合而成的活菌制剂。这些菌为健康人肠道正常菌群成员。给药后，通过重建宿主肠菌群间的微生态平衡，治疗由内源性或外袭性微生物引起的感染。
其联合的优点在于：前组菌分别定植在肠道的上、中、下部位，能抑制整个肠道中的有害菌；3个菌种各有特点：粪链球菌为需氧菌繁殖速度最快，12小时达到高峰；嗜酸乳杆菌为兼性厌氧菌，24小时进入生长稳定期；双歧杆菌为厌氧菌，繁殖速度慢，48小时进入生长稳定期。这样就组成了一个在不同条件下都能生长，作用快而持久的联合菌群。
后组菌通过发酵碳水化合物产生大量的乙酸、乳酸，分解肠道内结合状态的胆酸为游离胆酸，降低肠道pH和EH值，形成化学屏障；通过分泌产生细胞外糖苷酶，降解肠黏膜上皮细胞上的复杂多糖，清除潜在致病菌及其内毒素与之结合的受体。
两种组合在整个肠道黏膜表面形成一道生物屏障，阻止致病菌对人体的侵袭，抑制有害菌产生的内毒素和致癌物质，维持人体正常的生理功能。适用于各种原因引起的肠道菌群失调所致的腹泻和腹胀，亦可用于治疗轻、中型急性腹泻及慢性腹泻。
地衣芽孢杆菌制剂是治疗肠道感染或菌群失调的一种安全可靠的活菌制剂，采用我国首次分离的地衣芽孢杆菌制成，能调整肠道菌群，拮抗致病菌的作用。口服后该菌进入肠道、对葡萄球菌及酵母菌均有抗菌作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、粪链球菌的生长，则有促进作用，具有起效快、疗效高的特点。主要用于急慢性腹泻，各种肠炎及肠道菌群失调症的防治。
酪酸梭状芽孢杄菌制剂为含有酪酸芽孢杆菌的活菌制剂。酪酸菌为人体肠道内的正常菌群，它不但与双歧杆菌，乳酸杆菌等有益菌共生并促进其繁殖，而且还抑制肠道内有害菌的生长和阻止有害毒素的产生。服用后，补充肠道内正常菌群的数量，能纠正菌群失调。并在肠道黏膜表面定植，建立起强大的生物屏障，阻止有害菌的侵入。还可产生维生素B及酪酸，后者为肠上皮组织再生的重要能源之一。用于急慢性腹泻，肠易激综合征，伪膜性肠炎，消化不良等疾病的对症治疗。
蜡样芽孢杆菌DM423菌株系需氧菌，当繁殖时大量吸收肠腔内的氧气，造成厌氧环境，促进正常菌群中厌氧菌的生长繁殖。其作用机制为争夺氧气和营养，调节菌群失调，消除气体，发挥屏障作用和调节生态平衡。适用于治疗婴幼儿腹泻、轮状病毒胃肠炎、婴幼儿菌痢、成人急性肠炎；慢性肝炎、肝硬化引起的腹胀及其他原因引起的肠道菌群失调。对老年人食欲缺乏、胃脘胀满、大便稀溏、腹泻与便秘交替出现，且经久不愈者有保健预防作用。
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