营养元素之间的拮抗作用是指某一营养元素(或离子)的存在，能抑制另一营养元素(或离子)的吸收。主要表现在阳离子与阳离子之间或阴离子与阴离子之间。
拮抗作用分为双向拮抗和单向拮抗，双向拮抗如镁与钾、Fe与Mn、Cd（镉）与Fe等。
1、拮抗竞争作用机理
性质相近的阳离子间的竞争：竞争原生质膜上结合位点，如K+/Rb+；不同性质的阳离子间的竞争：竞争细胞内部负电势，如K+、Ca2+对Mg2+；阴离子间的拮抗作用：竞争原生质膜上结合位点，如AsO4-3/PO4-3、Cl-/NO3-则与细胞内阴离子浓度的反馈调节有关；
NH4+与NO3-间拮抗作用：
(1) NH4+降低细胞对阳离子的吸收，H+释出减少，使H+-NO3-共运输受到影响；
(2) 进入细胞的NH4+对外界N吸收产生反馈抑制作用。
2、三要素氮、磷、钾对其他元素的拮抗作用
氮肥尤其是生理酸性铵态氮多了，造成土壤溶液中过多的铵离子，与镁、钙离子产生拮抗作用，影响作物对镁钙的吸收。过多施氮肥后刺激果树生长，需钾量大增，更易表现缺钾症。
磷肥不能和锌同补，因为磷肥和锌能形成磷酸锌沉淀，降低磷和锌的利用率。过多施磷肥,多余的有效磷也会抑制作物对氮素的吸收,还可能引起缺铜、缺硼、镁。磷过多会阻碍钾的吸收，造成锌固定，引起缺锌。磷肥过多，还会活化土壤中有害对作物的生长发育的物质有害的物质，如活性铝、活性铁、镉（Cd），对生产不利。
施钾过量首先造成浓度障碍，使植物容易发生病虫害，继而在土壤和植物体内发生与钙、镁、硼等阳离子营养元素的拮抗作用，严重时引起脐腐和叶色黄化。过量施钾往往造成严重减产。
氮、磷、钾肥的长期过量施用引起的拮抗作用，今天已经发展到了必须有意施用钙镁硫的地步才能加以解决了。
3、中量元素钙、镁、硫对其他元素的拮抗作用
钙过多，阻碍氮、钾的吸收，易使新叶焦边，杆细弱，叶色淡。过量施用石灰造成土壤溶液中过多的钙离子，与镁离子产生拮抗作用，影响作物对镁的吸收。镁过多杆细果小，易滋生真菌性病害。土壤中代换性镁小于60 mg/kg，镁/钾比小于1即为缺镁。钙、镁可以抑制铁的吸收，因为钙、镁呈碱性，可以使铁由易吸收的二价铁转成难吸收的三价铁。
4、微量元素铁、硼、铜、锰、锌、钼对其他元素的拮抗作用
缺硼影响水分和钙的吸收及其在体内的移动，导致分生细胞缺钙，细胞膜的形成受阻，而且使幼芽及子粒的细胞液呈强酸性，因而导致生长停止。缺硼可诱发体内缺铁，使抗病性下降。
5、其他元素之间的拮抗作用
6、土壤pH对元素的拮抗作用
pH 值低时，对阳离子的吸收有拮抗，pH值升高，阳离子间的拮抗作用减弱，而阴离子闻的拮抗作用增强。
7、土壤、温度对营养元素的拮抗
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