在宗教上，牛顿持有在当时被视为比无神论更危险的极端有神论异端见解——反三位一体说，是一名不无原教旨主义色彩的基督教徒，他将其教会史及古代人类史研究、《圣经》诠释学、千年至福说的考证结合在一起，形成了自己的整体看法。基于其反三位一体说主张，牛顿认为三位一体说开始据于正统地位的时间即是罗马教庭开始堕落的开端，同时也是千年至福期之始。因此，他将视线投向了公元四世纪，着重考察了三位一体说开始在教会史上占据正统地位的时期的一段历史。其时，围绕三位一体说及反三位一体说，尼西亚派（以亚大纳西（Athanasius）为代表）与阿里乌派（以阿里乌（Arius）代表）之间有过殊死的斗争，最终以尼西亚派获胜而告终。据此，牛顿认为，《新约》之《约翰书》、《提摩太书》这些明显述及三位一体见解的篇章是在此时经由亚大纳西等邪恶之徒篡改原经文而成，因而是不足为信的。同时，他通过计算得出基督二次降世的时间大约是1643年（这一时间竟与他自己的生日十分接近）。众所周知，基督二次重世说是说，人类的罪恶是如此深重，还需要基督重临人世，审判一切罪恶，并重建真正的宗教和秩序。
牛顿虽然对《新约》中的某些篇章持有怀疑态度，但却对位于《新约》篇末的《启示录》意外地持有虔信态度。可以认为，牛顿之所以格外看重《启示录》的价值，是因为他作为一名虔诚的教徒，对上帝之仁慈始终不怀疑，对基督教及人类的未来始终怀有一份美好的愿望。牛顿认为，从逻辑上讲，《新约》《启示录》直接连接着《旧约》《但以理书》，这正象征着基督教之连接着犹太教，这种连接已由人类历史所印证，并还将为未来的进程所印证，真正的基督教必将在未来得以重建——这上帝既定的意志。
牛顿自知自己对基督教基本原理的看法（如反三位一体说）是不宜公开发表的，但是他还是就自己理解上帝的方式作了某种说明，这种说明可见诸于其著名的《自然哲学之数学原理》（第二版）“总释”以及《光学》“疑问30-31”。牛顿说过“上帝不是作为宇宙之灵而是作为万物的主宰来支配一切的”，说过“要做到通过事物的现象了解上帝，实在是非自然哲学莫属”，但以往许多学者往往不愿意认真地对待他的这些表白。自然神论者伏尔泰在将牛顿的思想介绍到法国时，就曾认为牛顿写下“总释”仅仅是为了以他超人的智慧来告慰人类。另有一些学者基于牛顿谈过神的“第一推动”同时他又给出了关于太阳系运动的一个稳定的解，就干脆将牛顿解释为一位自然神论者或半自然神论者。
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