直系控制的北京政权倾覆之后，反直三角同盟不复存在。此时国内政治、军事力量形成相对独立的五支：一是以张作霖为首的奉系，二是冯玉祥及其国民军，三是长江一线的旧直系残余，四是滇唐为代表的西南势力，五是孙中山领导的两广革命势力。就相互关系而言，本来奉张、国冯及孙中山领导的两广革命势力系反直战争中获胜的一方，与战败出亡的吴佩孚及其亟欲联络的长江各督处于敌对位置。但是就政治分野及派别的历史渊源而言，奉张、皖段、旧直系以及从旧直系分离出来的冯玉祥及其国民军，均属北洋统系，从这个角度看，他们之间又有着某些共同利益。孙中山领导的广东国民政府以及滇唐、湘赵、粤陈等“联治派”，则属于（或至少是被时人视为）“国民党系”。两派相争具有政治上新、旧之争的色彩，但有时出于利益的需要，不仅新、旧内部发生分裂，即新与旧之某一部分亦可能暂时结成同盟，反对共同的政治敌人。这就使得中国政治呈现出极为错综复杂的局面。
段祺瑞就任临时执政之后面临的最大政治难题，是如何实现国家统一。北伐之前，由于国民党人在事实上未能占居政治中心地位，加之民众尊崇正统的心理作祟，北洋势力依然是解决中国政治问题的重心所在。所谓“北洋为世所重，民党为俗所轻”，即客观反映了这一政治形势。因而对段祺瑞而言，实现统一的基本前提，就是对早呈四分五裂之像的北洋集团进行整合，使之集于自己麾下，形成一个新的政治共同体和权势中心。这样，占据两广的国民党和僻处西南一隅的唐继尧等将不难对付。
为达到这一目的，段祺瑞作出的第一个表示就是摆脱安福系的政治窠臼，使自己以天下“共主”的身份出而治世。安福、政学两系曾经是段祺瑞重要的政治力量，“段氏入京后，安福系、政学会等〈政团〉人物，集于其左右”。段祺瑞曾多次电请安福系政治首领王楫唐来京，“倚王为东南锁钥”，并有由王氏组阁之议，后来又任王氏为安徽督办。以致时论有“段派除以全力占领北京之各部署局所，以期恢复安福全盛之势而外，并无深合于人心之设施”的尖锐批评。张作霖对此也深为不满。为摆脱政治窘境，段派要人在段就职后不久公开通电，作出取消安福系的表示。
接着，段祺瑞开始以超党派政治领袖的姿态处理政务。首先是平衡各实力派之间的关系，避免冲突的发生。其中最麻烦的是处理国民军与奉张的关系。国、奉为当时最有实力的两派，均力图左右中央政治，使段深感棘手。段氏曾向各方作出驻守原防，保土安民的要求。但奉张以齐燮元通电长江各省独立，且需护送倒直一役在江南发难有功的卢永祥南归就任苏皖宣抚使为由，力主沿津浦线南下，驱齐刻不容缓。虽奉系内部“稳健派”如王之江等持“自重主义”，但“激烈一派”则主张“乘此机会，最少限度，亦须将黄河以北，收归奉天范围之内”。国民军不甘落后，也借机向河南等地扩充势力。迫于压力，段祺瑞同意了奉张等提出的重新划定各方军队驻防区域的要求。其区划大致为：京奉线、奉天廊坊间、津浦全线归奉军守备；京绥线、京汉线、廊坊北京之间，则暂归冯、胡、孙各军驻守。这就打乱了段氏最初的设想，为奉军沿津浦线南下山东、安徽、江苏，最终引发新的军事冲突埋下隐患。只因国民军控制着政治中枢北京，且军队数量已大大扩充，国、奉之间的平衡尚暂时维持着。
在对待吴佩孚及长江各督的问题上，奉张、国冯均主张用武，以便彻底打垮曹、吴。奉军在吴败退之后，仍不废军事布置，大举入关，即出于这一考虑。冯玉祥甚至悬出赏格，无论军民，凡活捉吴佩孚，赏10万元，击毙赏5万。尽管在对待吴的问题上，奉张与国冯曾有一段时间的“弃嫌结合”，但段祺瑞却有自己的打算。一方面，由于尚未占据稳固地盘的国民军在力量上不足与奄有富庶的东三省作为根据地的奉张长期抗衡，国冯与奉张之间暂时的平衡势必很快被打破。在奉张咄咄逼人的攻势下，冯玉祥被迫三上辞呈，即平衡将打破的最初表征。在这种情况下，段不得不寻求新的政治平衡机制。另一方面，就个人的历史记录而言，冯氏曾数次反戈，在政治上反复无常，他的“拥戴”是否可靠在时人看来也成问题，因而不能不加防范。此外，由于直系将领普遍将己方的失败归咎于冯“背信弃义”，坚持对任何人均可宽恕，唯独不宽恕冯的立场，冯在段氏身边的活动遂成为旧直系及吴佩孚承认中央政府的一大障碍。反过来说，冯提出辞职，也就向吴等提供了拥段的机会。段氏清楚地意识到了这一层，在冯氏数次递交辞呈之后，同意“给假一个月”，之后又尽量避免让冯氏身居要津，从而为接近吴佩孚及长江各督铺平了道路。
段祺瑞对付吴佩孚及长江各督的手法可谓刚柔并济。就职不久，段曾做出“强硬”姿态，令刘镇华、憨玉琨部“以兵逼吴”。与此同时，段又“迭与吴佩孚信使往还”，主动进行联络。吴为保存实力，争取地盘，派代表进京请段将河南军政民政，交其掌管。段虽未应允，但派人向吴表示，“除地位问题外，举凡生命财产自由等，允为充分之保障”，且邀其来京，以面商善后。对于吴之过去，仅责以“拥戴非人”，而未及其他。段祺瑞的软硬两手，使业已穷敝的吴佩孚不能不暂时就范。11月24日，吴复电政府，表示“解决大局办法，当与芝老（段）共趋一致”。而其他直系将领，慑于奉张之威，以为曹、吴虽败，北洋领袖尚有段在，可借以自存，又何必陪曹、吴同归于尽？故苏齐（燮元）、赣蔡（成勋）、闽周（自齐）、浙孙（传芳）、鄂萧（耀南）、鲁郑（士琦）陆续表态拥段。尽管这些表态大多停留在口头上，但也加重了段祺瑞制衡奉张的政治砝码。
完成“以直制奉”的部署之后，段亟须对付的是西南实力派及孙中山领导的国民党。西南实力派力量小而分散，滇唐（继尧）、湘赵（恒惕）、粤陈（炯明）在地理上彼此相隔较远，难以在军事行动上相互配合，“会师武汉”之说始终停留在口头上。孙中山穷于应付商团的敌对行动，且与陈炯明关系紧张，自顾不暇。纯粹从力量上分析，西南实力派受中央重视的程度应稍逊北方实力派。但西南方面注重打政治牌。滇唐、湘赵、粤陈极力鼓吹“联治”，与上海方面的唐绍仪、章太炎等在政治主张上同调，政治影响力不小。孙中山在反直军事行动中虽作用不大，但毕竟是构成反直三角同盟的一方，加之曾任临时大总统，又有“三民主义”相号召，政治影响力实不在段祺瑞之下。这就使得段祺瑞不能漠视西南实力派尤其是孙中山领导的南方革命势力的存在。
应付西南的功夫是从孙中山及国民党方面做起的。天津会议上，段祺瑞曾表示一切大政方针须待孙中山进京后共同商议决定。后因形势急迫而提前登上临时执政位置，在安排政府各部官员时，段亦充分考虑了孙派代表。在政府新设立的九个部当中，与国民党有直接关系的有唐绍仪、杨庶堪、叶恭绰三人。李烈钧被任命为参谋总长，更是段政府对国民党作出的一种姿态。段氏对孙中山及其领导的国民党实施安抚，乃是出于争取西南实力派支持的考虑。时论曾明确指出：“惟统一西南事，须征中山意见，元帅推重中山以此；在中山未到津前，一切事未能决定，段颇为然。”这一做法的“示范”效果很快显示出来。当孙中山表示出与段“合作”的意向后，西南实力派的表态也都差强人意。孙中山去世后，国民党一度因内部分歧而呈现乱象，内部关系亟须整合，在国内政治中的地位亦因此削弱。段祺瑞遂将重点移至维系与滇唐及四川实力派的关系上。
与平衡各派势力相关的政治举措是大批疆吏的任命。围绕这一问题，各方明争暗斗异常激烈。执政府成立之初，张作霖曾声言，“对于执政府，不荐举奉系一人”。但实际上，其向执政府举荐之奉系官员为数不少。冯玉祥不甘落后，也尽可能地举荐自己的人，主张胡景翼、孙岳等，“必尽先与以好位置”。不过，由于多数省区表示拥戴中央，执政府又颁布了“文武百官照旧供职”的命令，故争夺范围主要集中在原先由直系控制的直隶、江苏、安徽、陕西、甘肃五省。
直隶屏蔽京师，在中国政治中地当冲要，历来都是政治家必争之地。该省在战前系由直系将领王承斌控制。王的督办位置虽系曹、吴安排，但王毕竟与冯玉祥一起发动了北京政变，系推倒曹、吴的有功人员。但直省这样重要的位置，奉张不放心让王继续留任，加之王与冯关系密切，故奉张千方百计进行排挤。王对此不能没有感受，遂以收束军事为名，召集残部，驻扎天津，以谋抗争。正当王氏收编残部时，张作霖以迅雷不及掩耳之势，重兵压境，勒令王部缴械。王不安于位，于11月11日避入日租界，通电辞去本兼各职。
王被迫辞职，对冯是一个明显信号。冯在日记中写道：“因张雨亭将王之军队解散，王即通电辞职。张之背约负友，其端已见，余亦寒心矣。”随后，奉张与国冯为直省督办一职展开了激烈争夺。本来冯玉祥之意，是要让孙岳接替王承斌长直，段似已同意，故有派人向奉张疏通之举，但未得奉张方面同意。张作霖最初曾有以张学良督直之议，后出于与国冯竞争的考虑，又打出“直人治直”的口号，企图以此作掩饰，将奉系骨干、时任奉军陆军第二军军长的李景林安置在直隶督军兼省长的位置。段不得已而偏袒奉张，使李得补直督缺。好在李与冯关系尚可，而奉张不知，故能接受这一安排。后来郭松林与国民军联合发动反奉战争，李倒向郭、冯一边，其与冯早有接洽，或即原因之一。
安徽省长一职最初蚌埠诸将拟推倪道烺出任，但段不之许，而任命王揖唐担任，并以王兼督办军务善后事宜。段氏此一任命，用意甚深。盖王氏控制皖省军、民两政，可以为段在其家乡植一稳固地盘。且皖省位于苏、鄂之间，于长江统一前途，关系甚大。王与长江各督一向颇有联络，以王长皖，可望在政治上有所建树。这一任命没有遇到多大麻烦。但王任职不到半年即辞职，幸其后任吴炳湘仍属皖系骨干，尚能贯彻段之旨意。
江苏军、民长官的任命相对棘手。先是卢永祥由奉军“护送”，以宣抚使名义南下驱齐，段对卢曾有苏督的任命。但卢表示不要地盘，且发表废督主张，故于苏省督办一职迟迟不就。至于省长一职，奉张早有以郑谦担任之议并征得段同意。嗣因郑一时难以南下，卢之左右遂联络苏绅，主张以卢代理。直至段祺瑞以政府命令，敦促卢氏就职，卢方遵命兼办江苏军务。但在郑谦南下接替韩国钧任江苏省长之后不久，卢又辞去本兼各职。卢被时人视为“军人中之一政治家”，颇具时望，反直战争以来，注重调停奉张与皖段之间的关系，他的引退，使“此后可当疏通执政府与奉天间意见者，不复有其他适当人物”。
8月底，执政府又任命冯玉祥为西北边防督办兼甘肃督办，孙岳为陕西督办，杨宇霆为江苏督办，以填补卢永祥辞职之后形成的空缺，姜登选为安徽督办，以接替前任皖督。加上早些时候作出的张作霖、张作相、吴俊陞等分任督办奉天、吉林、黑龙江军务善后事宜，以及李烈钧长赣、方本仁督赣等决定，段祺瑞初步完成了战后疆吏的人事调整。
段祺瑞对北洋体系“整合”的基本手段，是利用北洋各派系之间的矛盾，促成各派之间形成“均势”，并利用势均力敌造成各派力量之间的制衡，来维持自己的统治。段苦心为冯、张分配地盘，将苏、皖畀张，陕、甘畀冯，目的全在于此。在段的政治棋盘上，不能没有冯，否则无以制张；也不能没有张，否则冯将无法驾驭而对自己构成威胁。但又不能过于接近张、冯，近冯则长江方面将为之却步，如是，则统一将化为泡影；近张则难免为其傀儡，且可能与控制京师的国民军发生对抗，从而祸生肘腋。而长江、西南各方，也都成为砝码，被段氏用来搞政治平衡。段氏为维持各方关系，煞费苦心，但其效果，正如吴虬分析的那样：“俨比老妇分苹果饵，务求燕雀均衡，以免群儿相斗。谁知国库帑藏有限，疆圻究有肥瘠，虽予取予求，不敢瑕疵，而馋吻并张，焉能悉偿其愿？”
问题的症结在于，段祺瑞虽然得到多数省区实力派的通电拥戴，组成了形式上的中央政府，但其政治权势的中心地位并未形成。
奉张系反直三角同盟中“执牛耳”一方，战胜之余，当然不愿听命他人。其表示“拥段”，不过是因为自己在政治上缺乏号召力，推出段氏，既有利于稳定局势，又便于奉方幕后操纵。国民军方面拥段，系感受到奉张的压力所致，联段则可造成国、奉之间的平衡，扩大自己的生存空间。其在联段同时，极力渲染与孙中山及国民党的关系，亦同出一种考虑。长江各督的“拥段”则带有明显的功利色彩。盖长江各督多属直系，曹、吴倒后处于难以自立门户又无所归属的游离状态。吴佩孚在白坚武的策划下，打出“护宪军政府”的旗号，企图将长江各督纠集在一起。而齐夑元、孙传芳、萧耀南、周荫人等，既不愿降服于奉张，又感到吴佩孚的实力已被抽空，不足依靠。在这种情况下，唯一可以兼顾维持各方关系并能顾全面子的办法就是“拥段”。至于吴佩孚，以直奉交战故，视奉张为“公敌”，复以冯玉祥背叛曹、吴，反目倒戈，视之为“私敌”，因国、奉两大敌对势力的存在，自然以“两害相权取其轻”的考虑待段。对段表示“拥戴”，可以借段之斡旋暂时避开奉张、国冯的军事压力，并借此寻求新的生存空间。
段的尴尬地位，与其手中缺乏实力有关。盖“段在今日，可谓毫无凭藉，其部下只有德州胡翊儒之一旅，兖州吴长植之一旅，为心腹军队”。可以说，蛰居复出的段氏，已近乎“手无寸铁”。奉军将领何柱国说：“段以北洋元老的资格，对于北洋军阀，无论那一个，虽然都吸不住，却都罩得下。”所谓“罩得下”，是说在特殊情况下各方均能接受他；所谓“吸不住”，指自身缺乏实力的段祺瑞，已经不能臂使指应地调度指挥各路人马。在这种情况下，要想段政府成为袁世凯政府那样可以对全部北洋军人发号施令的政治权力中心，几乎不可能。
国内各实力派之间的“均势”被段祺瑞维持了将近一年。在这期间，局部的战争与冲突依然不断。其中包括南下奉军与浙江方面的矛盾，国民军与奉军在京津地区的争夺，河南的胡、憨之争，西南的滇桂战争，等等。虽然这些军事冲突尚未严重到足以动摇执政府统治的地步，其中一些冲突，如河南的胡、憨之争和奉、浙之间形成的紧张局势，经斡旋与调停，也平息下来，但导致国内武装冲突的因素依然存在。尤其是浙、奉矛盾及国民军与奉军的矛盾，稍有处理不慎，就可能牵动全局。段祺瑞为平衡各方关系，绞尽脑汁，但收效甚微。
1925年10月，以孙传芳为总司令的浙、闽、苏、赣、皖五省联军，以“拥段反奉”相号召，不顾段的调停，断然向奉军发起总攻击，浙奉战争爆发。国民军方面以为时机已到，开始与孙传芳密商反奉计划。不久又与奉军第十军军长郭松龄订约，建立反奉同盟，并暗约李景林加盟。奉张为对付国民军，决定暂弃前嫌，与吴佩孚结成直奉联盟。之后各派政治势力怀抱不同目的，彼此大动干戈，战场上的形势变化莫测，政坛局面亦波诡云谲。浙奉战争的爆发，宣告了段祺瑞整合北洋体系努力的失败。建立在各方“均势”之上的执政府的生命，也因这场战争的爆发临近结束。
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