王恭被杀之后，兖、青、冀、幽、并、徐、扬七州及晋陵的军务全部落到了非大族出身的刘牢之手上。同时，司马道子任命起用了谯国桓氏的桓修、桓玄分别担任荆州、江州刺史，而将曾谋划着王恭一起造反的殷仲调往广州，经营荆州已有一段时间的殷仲不接受调命。399年，殷仲和雍州刺史杨佺期共谋袭击桓玄，结果反而被桓玄分别消灭。自此，长江上游的权利，又一次全部回到了谯国桓氏的手中。
图1、桓玄
在桓玄一统荆司雍秦梁益宁七州诸军事的统属，一直是东晋中央大本营的扬州会稽孙恩造反，很快就聚集了几十万民众追随。虽然东晋派刘牢之等前往镇压。可是孙恩等周旋与海岛、大陆之间，一直让东晋朝廷头疼不已。
402年，司马道子的儿子司马元显下令讨伐桓玄。不过，由于孙恩之乱，东晋朝廷根本无力西进，反而给了桓玄借口。桓玄亲自带兵东下，很快拿下京城建康。掌握东晋朝政之后，桓玄将司马道子父子先后杀害，又除掉刘牢之。刘牢之死后，东晋晚期最重要的军事力量北府军溃散，大部分将领北逃南燕。403年十一月，桓玄篡位登基。
图2、桓楚军事分布
如果桓玄建立的楚国能够立足，那南朝的第一个朝代就不是楚了。可惜，桓玄没他爹桓温那么英武，而且还有更厉害的角色刘裕等在后面。刘裕是在平定孙恩的叛乱中一步步崛起的，之前是刘牢之的部下，算是北府军的一员。孙恩的起义最终在桓玄时期被镇压，刘裕绝对是第一个功臣。
图3、刘裕
在桓玄掌控东晋之后，刘裕迫于形势暂时归附桓玄。桓玄称帝之后，大举迫害北府军旧将。迫于压力，刘裕404年京口举兵造反，之后势如破竹，桓玄的军队节节败退。桓玄于是裹挟着晋安帝一路西逃到江陵，之后桓玄被杀。晋安帝复位，可是之后不久，桓玄的将军桓振又攻陷江陵，晋安帝再次被俘。一直到405年，刘裕的军队才再次收复江陵，晋安帝才返回建康。从此之后，东晋的朝政完全掌握在了刘裕手上。
图4、刘裕起兵过程
从405年到419年，刘裕杀晋安帝，刘裕几次北伐，先后灭掉了南燕（410年）、西蜀（413年）、后秦（417年），迫降仇池（413年）；对内又平定孙恩叛乱的余波卢循带领的义军，征讨诛杀慢慢坐大的曾经自己手下的大将刘毅，并进行了一系列改革。
图5、刘裕北伐后秦
在刘裕的手中，东晋版图达到了历史最大，收复了长安，黄河以南、淮水以北以及汉水上游的地区全部纳入了东晋版图。有如此的武功，刘裕再不像之前的王敦，没绝对的实力废立皇帝。没有了士族之间的均势，脆弱的司马家，完全不堪一击。于是419年，刘裕杀晋安帝，之后的420年又逼迫新任皇帝司马德文禅位给自己。420年，东晋正式成为历史，南朝历史开启。
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