《温疫论》的作者吴有性，字又可，江苏吴县人，生卒年代大约是公元1582-1652年，时在明末清初，大约在明朝的万历到清朝的顺治年间。他一生中经历过多次温疫的流行，他在《温疫论·序》中说“崇祯辛巳年(就是公元1641年)发生了一场大的温疫，波及到“山东、浙省、南北两直”。“南北两直”是指南直隶省江苏、北直隶省河北，由南往北，浙江、江苏、山东、河北，这四个省发生了一场大的温疫，死了很多人。当时医生都是用《伤寒论》的方法治疗，也有的按《伤寒论》“七日愈”、“十四日愈”的说法不去治疗，等待患者自愈，实际上是等死。因为当时人们不认识这种病，不知道应该怎么治疗，所以死人很多。吴又可通过自己的亲身经历，对温疫的“所感之气，所入之门，所受之处及其传变之体'进行了深入的研究，结合自己的治疗实践，在公元1642年著成了《温疫论》这部书。
从病因上说，他首先反对“非其时而有其气'的说法，他提出“温疫之为病,非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气所感”。就是说，温疫的病因不是风、不是寒、不是暑、不是湿，它与气候的变化无关，不是气候反常致病，而是自然界有一种特殊的致病因素一“异气'。他把这种异气又称为“疠气”，也称“戾气”。“疠'就是形容它致病力很强，传染性很强烈。“戾”也是同样的意思，这个字上边是“户”，下边是“犬”，“犬出户下”，很暴戾的意思，“异气”、“疠气”、“戾气”含义相同。从病因上讲，他提出了“戾气学说”，而且指出戾气侵犯人体的途径不是《伤寒论》所说的由皮毛而人，而是从口、鼻进入人体，侵入人体以后的病变部位，并不是一日太阳、二日阳明，他认为邪气从口、鼻进人人体后，直走中道，一直到“募原”。“募原”“也称“膜原”，他说这个部位既不在表，又不在里，而是在胸腔的里面，在胃的外面，称为半表半里。
关于治疗方法,他提岀初起应该用疏利透达的药物，疏通气机，使潜伏在募原的邪气溃散外达，出表而解。他所创制的方剂命名为“达原饮”，又称“达原散”，是通过清热燥湿，疏通气机，透达邪气，使邪有出路。从学术观点可以看出，他已经摆脱了《伤寒论》外感病初起用辛温解表法的框框，开拓了新的治疗思路。吴又可还指出，如果邪气向里传变，并不是如《伤寒论》所说的那样按六经传变，而是由于病人的具体情况不同分别有九种传变形式，应该分别针对其病情进行治疗，可以用吐法、可以用清法、也可以用下法。
总之,吴又可对温疫的论述，从邪气的性质、入侵的途径、侵犯的部位、传变的形式、治疗的方法，到具体方剂，都与《伤寒论》不同。可以说，他在温病的治疗上闯出了一条新路。《温疫论》这部书不仅是中国的第一部温病学专著，也是世界上第一部传染病学专著，但是也应该承认它所述及的范围有一定的局限性，书中只讲了温疫，温疫当然包括在温病的范围之内，但是温疫也有多种，它只讲了其中的一种。用今天的观点来看,《温疫论》中所说的温疫，是一种严重的流行性感冒，吴又可对这种病总结出了一套行之有效的辨证与治疗的方法。可惜只涉及到这种病，范围很窄，所以这部书仍然没能把温病学说形成一个完整的辩证论治体系。
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