第二篇讲的是申时行，一个以和事佬而著称的首辅。
“每当大学士申时行走到文华殿附近，他就自然而然的感到一种沉重的负担。这是一种道德观念的负担。”
这种沉重的负担。使得挤在万历这样无赖的皇帝和已经形成集团的大臣之间的申首辅，两头得讨好，两头得抚慰，满心的无奈。
皇帝是难伺候的。
无论是立后，还是立太子，光皇长子出阁读书，都来回拉锯了多次，万历皇帝就像乡下老百姓买菜一样跟他和群臣讨价还价，拖得了一时是一时，为了拖延时间，皇帝是百般手段迭出，又拉又打，一会儿赐赏赐，温言抚慰，一会儿又说群臣不讲信用，活脱脱一副无赖的样子，这哪里是皇帝在跟群臣计议立太子这样的军国大事啊。
皇帝之所以耍无赖，是因为立的不是想立的儿子，他想立的儿子又立不上。
别说皇帝，就是老百姓，让他去做他不喜欢做的事情，他也是一万个心不甘情不愿。所以他只能百般拖延，偏偏这些官员逼的太紧，打板子这些人又不怕，只好耍无赖了。
万历皇帝的无奈，前文写过，而且对于这些官员的认识，万历已经不在是以前的小万历，他认为这些人在“讪君卖直”，很是怀疑这些官员的忠心和用意，对于官员所谓的阴阳”之道，万历皇帝很清楚。
大臣也是很难抚慰的，甚至比皇帝更难伺候，即使他是大明的状元，首辅。
申时行是状元出身，富有现实感的，懂得为臣之道，以才干入阁跟张居正搭档，所以对于张居正的改革和结局都很清楚，这一点很是影响了申时行做首辅的方式。
此时的明朝官员考核制度，用文中的话说：
“京察每六年举行一次，全部京官都将被考核。各地巡抚由于带有都察院御史的头衔，所以也同于京官在考核之列。
'京官对这种考核总是战战兢兢，因为一旦得到一两个不良的评语，则一生事业可能立即付诸东流。本朝历史上最严格的数次考察，曾使两千多文官停职降级。‘’
“在当政者来说，没有这样的办法，朝廷上就无法去旧迎新；在被考核的文官来说，这样大批的斥退的确令人寒心，于是他们更要互相照顾，以作为保护安全的必要手段。'
'各式各样的社会关系也使他们结成小集团，这多种的“谊”是形成文官派系的一个主要原因。各派系的主要人物亦即后台老板就有提拔新进的义务；私人的困难，可以协助解决，错误也可以掩饰。被提拔的和被帮助的当然会对后台老板效忠卖力，终身不渝。”
这样的官员集团，阳的一面，不论对错，满口道德文章，都说的大义凛然，抨击时政，弹劾官员，实甚至不惜弹劾万历皇帝，而阴的一面，就是互相照顾，互相保护，争夺和巩固自身集团的利益，不管是否利于国事，而阳即为阴用。
这些小集团逐渐发展成党争，成为明亡的重要因素。
这些官员的“阴阳”之道，万历皇帝看到了，申时行看到了，张居正更是早就看到了，还拿出了整治之法，这就是考成法。
“张居正的10 年新政，其重点在改变文官机构的作风。这一文官制度受各种环境之累，做事缺乏条理。张居正力图振作，要求过于严厉，以至抗拒横生。”
“加强行政效率乃是一种手段，张居正的目的，在于国官兵强。理财本来也是他的专长，但就是在此专长之中，伏下了失败的种子。”
“张居正的根本错误在自信过度，不能谦虚谨慎，不肯对事实作必要的让步。”
”在他有生之日，他犹可利用权势压制他的批评者，可是一旦身故，他的心血事业也随之付诸流水。“
并且还提到张居正任用私人，上面这些张居正的做法，作者说的很有道理，也很实际，张居正之所以这么做，确实是大明王朝的官僚机构作风，经过二百年的岁月，实在是太散漫，行新政必须加强新政效率，哪怕不惜以权势达到目的，哪怕是芝兰当路，也不得不锄。
正如作者所说，张居正也埋下了失败的种子，他得罪了这些文官集团，与天下清流战，与天下士绅战，最后政亡人息。
申时行作为张居正的内阁同僚，眼睁睁的看着这一切，甚至张居正的考成法，也是在他的任首辅的时候废除的。
张居正的刚强之法走不通，他只好去试探另一条路线，况且，以申首辅的性格和为人也做不到如张居正那般的雷厉风行。
申首辅的路线就是所谓的诚意，他作为首辅，要让文官们看到他对百官的诚意，也要让百官看到皇帝的诚意，更要让皇帝看到他和百官的诚意。而他所要做的，就是居中调济，使得君臣一体，上下一心，治理天下，这是申时行走的与张居正不同的路线。
要影响全体文官，申时行必须首先提供自己的诚意，所以那年的京察，申首辅没有较真，文官集团对他都是称赞有加。
而在皇子出阁读书，立太子的过程中，他又让万历皇帝看到了他的诚意，他帮助万历皇帝安抚文官，很是让万历皇帝轻松了一口气，但是他也没有忘了他做首辅该做的事情，行使他进谏皇帝的首辅职责，这也是为了向背后的文官集团表示诚意。
这中间是有矛盾，也只能难为申首辅两面为人，折衷调和了。
而要解决文官集团和万历皇帝的诚意，申时行选择了经筵，这种方式可以经常不断地举行礼仪，讲解“四书”和其他经史，加强皇帝和群臣之间的沟通。
然而万历帝是已经被这种繁复的礼仪烦透了的主，他也不再出席，经筵也久被搁置，他也不相信这些文官能通过所谓的道德礼仪就能发生什么改变。
“皇帝放弃了诚意，使申时行至为不安。然而他没有更好的办法，只好自己坚持信心，静待时机的好转。”
万历十九年，申时行最终在立太子的事件中，在皇帝与大臣之间的拉锯之间，被文官集团弹劾斥责他首鼠两端，疲惫不堪的申时行上书请辞，带着满满的无奈，致仕归家，这对他，也是一种解脱。
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