合作教学是一种教学方式，是一种教学策略，也是一种新的教学理念，它同时凝聚着“教”和“学”的新思想、新观念。它强调教学过程中师生的参与性和交互性。实践中，合作教学模式并不是无懈可击的，它也存在着一定的局限性，以及教师在实践中的应用的不自如不熟练而带来的弊端。
1.对合作教学模式认识不够深刻。一是讲究形式主义，以为将课桌摆成一定的合作学习形式（如马蹄形、丁字形、波浪形）就是合作学习。二是不管教学内容的特点就采用小组合作学习，讲究场面的热闹，但并没有深入、实质性的内容。三是在合作学习形式上研究甚多，而对合作学习的有效价值和途径研究较少。把“小组合作学习”错误理解为座位形式的变更、讨论方式的变化。这些倾向对于发挥合作学习的有效功能、促进学生主动发展将产生不利影响。
2.改变学习困难学生的现状难度较大，效果不很明显。一些课堂主要还是能力强的同学在积极参与，而在热闹的场面下，差生却有了极好的掩护伞，依旧想吃等食，不动脑筋参与，在其中滥竽充数。
3.合作学习课堂教学模式，要求教师有较强的教学组织能力和足够的知识储备，有些教师不适应。教师在学生分组问题上还要考虑诸多因素，有一定的难度，有时由于方式不当会顾此失彼，不能达到预期目的。
4.合作学习所设定的教学模式应是一种较为宽松的框架，给教师的教学创新提供了一个较大空间，但一些教师应用得还不灵活，拘泥于分组学习模式，影响了合作式教学优越性的进一步发挥。
针对以上这些问题，教师在教学中可以做如下调整：
(1)大胆探索，勇于创新。教师应丰富合作式课堂教学模式的内涵，因人制宜、因班制宜、因内容而异，创造出适合特定班级、特定教学内容的各具特色的合作式教学模式。
(2)调动起学困生的积极性。教师要更多地关注这部分学生对合作学习的参与、投入程度。在小组优化组合后，要给予学困生充分的展现自我的机会和必须展现自我的意识，这样才能真正改掉他们懒于思考的弊病，让他们积极主动地参与到课堂中来。
(3)提高驾驭课堂的能力。教师必须要认识到小组合作教学并不是对学生放任自流，教师清闲得无事可做。实际上，教师的责任更重了，只不过是变台前为幕后，需要教师少说一些，需要教师思考更多一些。每一节课，教师都必须精心设计每一个教学环节，每个环节中需要讲解什么，引导什么，提出什么问题，需要学生合作学习什么问题，学生在交流中突然碰撞出更发散性的智慧火花，而教师却回答不出时怎么办？是鼓励？还是一棒打死？这都是每一位教师要深思的教学细节。正确处理好以上的问题需要教师有良好的知识功底，驾驭课堂的能力，教学总结反思的精神，更重要的是崇高的培养创新型人才的历史使命感。
（4）协调好影响合作教学的各种因素。教师务必要分析研究影响合作式教学效果的诸多因素，协调各种因素的关系，加强班级基础建设，形成稳定的良好班风，为合作教学创造有利环境，并使学生养成合作学习的良好习惯。
（本文节选自上海市特级教师李春华专著《合作教学操作全手册》，江苏教育出版社出版发行）
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