我国新疆地区深居欧亚大陆腹地，毗邻中亚各国，在漫长的历史进程中深受中亚的影响。公元7世纪，阿拉伯帝国在击败萨珊波斯和拜占庭帝国后，疆域不断扩张。伊斯兰教也跟随着阿拉伯统治者的脚步来到了中亚。
阿拉伯帝国版图
13世纪，蒙古帝国在欧亚大陆大肆扩张，新疆和中亚部分地区被蒙古四大汗国之一的察合台汗国统治，当时新疆地区流行伊斯兰教、景教和佛教等多种宗教。14世纪中叶，察合台汗国因为内部原因分裂为东察合台汗国和西察合台汗国，西察合台汗国主要位于中亚河中一带，后来发展成为帖木儿帝国。东察合台汗国主要统治天山南北的新疆地区，其统治者秃黑鲁·帖木儿出于政治目的宣布皈依伊斯兰教，伊斯兰教在新疆部分地区开始占据主导地位。
蒙古四大汗国
纳克什班底教派是伊斯兰教苏菲派的一支，14世纪开始在中亚地区逐渐发展壮大。15世纪中期，自称先知穆罕穆德后裔的马哈图木·阿杂木成为纳克什班底教派的首领。他死后，他的儿子们为了争夺最高权力进行了激烈的斗争，最终分裂成为两大派别，即长子玛木特·额敏（依善卡兰）领导下的白山派和七子依斯哈克领导下的黑山派，这两派发生多次冲突，给各族人民带来了深重的灾难。
白山派与黑山派的关系
第一轮：黑山派先入为主成功夺权
1514年，察合台的后裔赛德汗以新疆天山南路为中心建立了叶尔羌汗国，伊斯兰教成为国教。为了防止本地宗教势力独大，叶尔羌汗国阿布都拉哈汗两次邀请依斯哈克来到南疆地区传教，黑山派势力在统治者的支持下稳定发展并迅速膨胀，一度控制全国，掌握叶尔羌汗国实权。
叶尔羌汗国王陵
第二轮：白山派控制王子反客为主
1620年，玛木特·额敏的四子玉素甫来到喀什噶尔传教，却被当地黑山派害死。他的儿子阿帕克和卓却通过宗教收服了喀什噶尔的统治者，也就是叶尔羌汗国王子尧勒巴斯。尧勒巴斯又在阿帕克和卓的支持下，通过武装暴动迫使阿布都拉哈汗禅位。作为后来者的白山派就这样掌控了叶尔羌汗国政局。白山派势力对全国黑山派势力进行血腥屠杀，天山北路的准噶尔汗国势力也趁机进入叶尔羌汗国，整个南疆地区陷入混乱之中。
叶尔羌和准噶尔相对位置
第三轮：黑山派趁乱再次夺权
黑山派趁乱拥立阿布都拉哈汗四弟并成功掌握政权，白山派又遭到了血腥报复。阿帕克和卓毫无抵抗之力，只得狼狈出逃。他来到内陆、西藏求援未果，只得蛰伏起来。
第四轮：白山派引狼入室，甘做傀儡再夺权
正欲吞并叶尔羌汗国的准噶尔汗国统治者噶尔丹得知这一情况开始联系阿帕克，双方一拍即合。1680年，白山派势力在噶尔丹的帮助下将叶尔羌汗国吞并，建立了傀儡政权。阿帕克和卓执政期间对于南疆各族人民进行疯狂的剥削和压榨，还进一步强化宗教对人民思想的束缚，企图让各族人民心甘情愿沦为他的奴隶。
准噶尔汗国及周边国家地图
第五轮：准噶尔汗国式微，黑山派白山派并立
随着阿帕克和卓的死去和噶尔丹被康熙皇帝击败，叶尔羌汗国阿巴克什汗企图复国，邀请黑山派达尼雅尔和卓共同打击白山派势力，但是未能彻底击败对方，南疆出现了白山派和黑山派政权并立的局面。
阿帕克和卓墓
第六轮：黑山派开门揖盗，成为傀儡再夺权
准噶尔汗国恢复元气后，噶尔丹之子策妄阿拉布坦两次南征，掳走黑山派达尼雅尔和卓和白山派玛罕木特和卓。经过比较，达尼雅尔和卓成为南疆傀儡政权的统治者。白山派的玛罕木特和卓、他的两个儿子波罗尼都和霍集占作为人质囚禁在伊犁，波罗尼都和霍集占就是历史上大名鼎鼎的大小和卓。黑山派取代了白山派在南疆的统治，但是他们对人民的剥削和压迫更为残酷，南疆人民处在水深火热之中。
白山派和黑山派的斗争从最高教权争夺发展到世俗统治权的争夺，严重危害了地区稳定和民族团结，影响了新疆的社会经济发展，成为边疆发展滞后的一个重要原因，也为后期新疆的乱局埋下了伏笔。
1745年，准噶尔汗国统治者噶尔丹策零死去，贵族们为了争夺最高权力互相征伐，准噶尔汗国陷入全面内乱，乾隆皇帝决定抓住这次机会平定新疆。1755年，清军挥师西进，大小和卓摆脱准噶尔汗国控制，向定北将军班第表示愿意归顺清廷，协助平定天山南路，乾隆皇帝大喜过望。
乾隆皇帝
清廷第一次失误：未能一举抓住反叛的大小和卓
清军收复南疆后，大小和卓几乎将黑山派赶尽杀绝，企图独霸天山以南。大和卓波罗尼都对清廷的帮助心存感激，小和卓霍集占却企图借机制造叛乱，自立为王。最终大和卓被说服，二人开始策划叛乱。
1757年，准噶尔降将阿睦尔撒纳在北疆发动叛乱，大小和卓趁机攻击库车驻军，正式反叛。1758年，阿睦尔撒纳兵败身死，清军全力攻击大小和卓。大小和卓在困守库车多日后逃回叶尔羌。大将兆惠迅速跟随而至，最终将其击败。大小和卓眼看无法在南疆立足，弃城逃往巴达克山。后来在清军大兵压境的形势之下，巴达克山迫不得已派人把大小和卓处死，将霍集占首级交给清廷。
清军平定大小和卓叛乱
清廷在和大小和卓合作过程中，在没有经过充分了解的情况下，轻信对方，而且耗时2年才结束叛乱，严重影响了新疆的发展进程。这充分表明清廷在收复新疆之前，对于当地社会、宗教状况了解不够，政策制定的针对性不足。最终不仅未能取得预期效果，反而需要浪费人力物力进行二次平叛。
清廷第二次失误：在寻找大小和卓后裔的过程中，漏掉关键人物
大小和卓死后，清廷开始清查大小和卓后裔的情况，还宣布对于大小和卓的后代既往不咎，并派人修葺白山派先人陵墓。希望以此聚拢人心，收服叛乱分子。在清廷的不懈努力下，大和卓妻儿数人归来降清，至此清廷宣布已经成功收服大小和卓家族。
清廷平定伊犁受降图
但是事实没有这么简单，后来经多方面报告证实，大和卓幼子萨木萨克为假，真正的萨木萨克已经逃到阿富汗的某个地方躲藏了起来。为了避免尴尬，清廷命地方官员四处查证，想方设法将其带回境内。然而萨木萨克竟然就此销声匿迹。
第三次失误：未能按照萨姆萨克要求入境，致使他再度叛逃
1784年，萨木萨克因为生活困苦，派人入境求援，被清廷截获。乾隆皇帝继续采用招抚的政策，希望来人能带回萨木萨克，但是收效甚微。于是清廷通过金钱和武力向周边藩属施压，萨木萨克和境内外各派势力的联系逐渐中断，生活更加贫穷落魄。
1798年，走投无路的萨木萨克派人上表清廷，愿意归顺，这是一个彻底解决和卓问题的绝佳机会。然而令人失望的是喀什噶尔参赞大臣长麟却犯了一个致命的错误，使得事态再度恶化。他拒绝萨木萨克先派其儿子入境探路，后全家入境的要求，坚持全家必须一次性入境。本来就犹豫不决的萨木萨克生怕遭到清廷报复，再度潜逃。嘉庆皇帝大为光火，但也是无可奈何。
嘉庆皇帝
第四次失误：轻信他人谗言，停止寻找大小和卓后裔
1814年，伊犁将军松筠奏报玛木特·额敏之孙玉努斯私通浩罕，嘉庆皇帝盛怒之下将其流放伊犁。这就是著名的“玉努斯案”，学界普遍认为这是一桩冤案。其实玉努斯深知萨木萨克的危害性，数十年如一日不断搜寻相关线索，是为了获得破案方面的便利而加强同浩罕的联系。玉努斯被治罪后，清廷认为萨木萨克已死，不再搜寻相关线索。
伊犁将军松筠
清廷在处理大小和卓后裔的问题上先后出现四次失误，一步步失去了解决问题的主动权。这固然与清廷僵化的官僚体制、摇摆的工作对策、侥幸的心理因素有关，但是根本原因还是清廷自大心理作祟，对于事情的严重性认识不足，对于事情的后果估计不够，未能全面发动新疆和周边藩属完成这项工作，致使延误时机。当然，清王朝后期国力逐步下降、对于周边的影响力不断下滑以及对和卓家族强大影响力估计不足也是造成这一连串失误的重要原因。
清代新疆版图
张格尔叛乱
萨姆萨克死后，留下了三个儿子，长子玉素甫、次子张格尔和三子巴布顶。张格尔难以忍受贫苦生活，多次企图越境进入喀什噶尔，均被浩罕阻止。1820年，张格尔终于成功潜入境内，带领数百信众夺取边境哨卡，后被清军击退，清廷这时才意识到大小和卓家族后代的存在。
1822年，费尔干纳盆地发生地震，张格尔趁乱逃出。他纠集宗教势力多次窜犯边境，均被清军击溃。1826年，张格尔势力四处联络，对外宣称:“众回子但见其一面, 即两世受福, 但饮其杯茗, 即百虑皆忘, 务须舍命舍财前往迎接。”在他的鼓动下，叛军势力大增，全面入侵南疆地区。在浩罕的帮助下攻陷喀什噶尔，包括前文提到的玉努斯在内的一批维族爱国人士被害。在各地隐藏的白山派势力也被调动起来，喀什噶尔、叶尔羌、和田、阿克苏等南疆城市相继被攻占，清军伤亡惨重。
张格尔剧照
道光皇帝任命长龄为大将，率军数万前去剿匪，依次收复南疆各城。张格尔自知不敌，再次向浩罕求援，但是被拒，只得狼狈而逃。1828年，张格尔再度袭扰边境，由于各族人民对于他的倒行逆施已经有了深刻认识。在清军的穷追猛打和各族同胞的大力支持下张格尔被生擒，道光皇帝在北京举行了献俘仪式，将其切成肉泥示众。
清廷平定张格尔叛乱
张格尔叛乱打破了新疆自乾隆年间以来数十年的和平局面，严重影响了人民生活水平和边疆安定形势。它的发生有着深刻的内部原因，一方面清廷国势衰落，对地方的控制力不断下降，叛乱分子才有机可乘；另一方面在清朝后期新疆地区面临更加严重的封建剥削，使得人民群众和统治者间的矛盾越来越尖锐，这就为叛乱提供了土壤。从外部因素看，浩罕经过几十年的发展逐渐成为地区强国，逐渐产生了插手中国事务的野心，多年豢养的大小和卓家族无疑是其最可靠的工具。而且此时英国、俄国等势力已经逐步深入中亚，加剧了地区形势的复杂性。
道光皇帝
玉素普叛乱
张格尔叛乱之后清廷将责任推到浩罕身上，对其进行经济制裁，也就是断绝贸易。浩罕心中不服，撺掇张格尔兄长玉素甫发动叛乱。1830年，玉素甫带领浩罕军队再次入境，包围喀什噶尔、叶尔羌等地。叛乱被平定后，清廷已经疲于奔命，被迫做出让步，同意浩罕的通商请求。
七和卓叛乱
1847年，玉素甫长子迈买的明等7名和卓再度从浩罕出发攻占喀什噶尔，虽然很快被清军击退，但是数万人民和大量财物被掳去浩罕，南疆人民损失惨重。这就是“七和卓之乱”。
倭里罕叛乱
1857年，萨姆萨克之孙、巴布顶之子倭里罕和卓趁太平天国运动爆发和南疆地区封建统治日益腐败的机会，再度入境并攻陷喀什噶尔。在中央政府无力顾及的情况下，当地政府及时从伊犁河乌鲁木齐调来援军，最终将叛军击退，史称“倭里罕之乱”。
倭里罕之乱
张格尔及以后的历次叛乱是清廷未能果断处理大小和卓家族问题的后遗症，一度严重威胁新疆的和平和稳定。这一系列叛乱的发生在清末国力衰落，列强虎视眈眈，内陆人民起义此起彼伏的情况下，严重损耗了清廷国力，加剧了边疆的贫穷落后的状况，清廷治下的新疆处在风雨飘摇之中。
1864年，新疆发生民族大起义，各路和卓趁机重归喀什噶尔。但是他们没有想到他们只是阿古柏的探路者，阿古柏入侵新疆后将已经没有利用价值的和卓家族赶尽杀绝。而随着沙俄的侵略扩张，支撑和卓家族存在和发展的浩罕也被吞并。在新疆活动数百年之久的和卓势力最终消失。来自中亚的和卓势力最终被中亚而来的侵略势力吞噬。
阿古柏
和卓这一名称多见于清代史书，在《明史》中被译为“火者”。它来源于波斯，是伊斯兰教对有名望人物的一种尊称，后来广泛用于自称穆罕穆德后裔的伊斯兰教首领的称呼。和卓作为一个群体是宗教崇拜的产物，对于中亚和新疆的影响是全面而深远的。他们披着宗教崇拜的外衣，吸引大量信徒，产生惊人的影响力。他们为了获取利益，既可以同地方封建统治者分庭抗礼，公开反叛；也可以和同流合污，缓和阶级矛盾，成为300年来新疆历史中的一股强大力量。
参与平定大小和卓叛乱 的额敏和卓
清廷试图驾驭和卓家族未果，同时对于其危害性和影响力的认识明显不足，造成和卓家族后裔对中国边防线的多次冲击，最终造成浩罕入侵新疆事件。清廷在处理这一事件中暴露出了三点不足：
首先，对于宗教影响的认识不够全面，对于和卓家族的应对能力不足。清廷如果能坚持招抚或者坚决武力清除的态度处理和卓家族，保证政策的连续性，事情绝对不会落到难以收拾的地步。其次，清代边防逐渐废弛、地方官员不断腐化堕落、民族矛盾和阶级矛盾逐渐激化是造成和卓后裔们多次入侵的根本原因。最后，清廷没有意识到清除和卓家族的突破口在于中亚，要处理好和中亚各国的关系可以大幅压缩和卓家族的生存空间，新疆绝对不会遭遇如此巨大的边防压力。
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