公元1755年（乾隆二十年），准噶尔末代大汗达瓦齐被擒，四年后，大小和卓叛乱被平定，西域重归中原王朝版图，并迎来了几十年相对稳定的时期。但自嘉庆、道光之交始，西域又几经动荡。张格尔于1820年（嘉庆二十五年）和1826年（道光六年）两次叛乱，之后又陆续爆发了1830年（道光十年）的玉素普之乱、1847年（道光二十七年）七和卓之乱、1857年（咸丰七年）倭里罕之乱，最终以1865年（同治四年）阿古柏进疆为顶点。
自乾隆年间始，清朝在新疆地区采取了中庸和缓的统治策略，保留当地既有的贵族，尊重各民族风俗（与对待汉族不同，清廷只要求回部地方长官即伯克蓄辫）。几十年内，新疆各地社会经济迅速发展，但清政府却似乎愈发不得人心。
嘉庆中期，清朝已处在下坡路，内陆诸省由于人口爆炸，百姓生计艰难，民变此起彼伏。白莲教等势力使清朝国力渐趋耗竭，新疆地区也陷入了动乱。与内陆不同，彼时新疆人地矛盾并不突出，动乱的来源主要集中于西部境外，即白山派和卓家族与其庇护所浩罕汗国。
1516年，玛哈图木·阿杂木成为纳格什班底耶教派的第五代领袖，此人自称是穆圣后人，在中亚河中地区威望极高。他死后，由于诸子相互争斗，教派分裂成为两大派别，即长子玛木特·额敏（依善卡兰）领导下的白山派和第七子依斯哈克·瓦里领导下的黑山派。由于带有穆圣血统，两派领袖皆号称“和卓”，此词在中亚及新疆地区一般专指圣裔。
白山派与黑山派传承世系图
两派虽出同源，却先后进入位于塔里木盆地的叶尔羌汗国抢夺信众。由于两派都联合了汗国贵族，教派斗争不久演变成内乱，白山派阿帕克和卓在斗争中暂时失势，遂联合准噶尔部灭亡汗国（详细请点击往期文章链接：噶尔丹统治下的南疆：叶尔羌汗族图谋兴复，阿帕克和卓后台操纵）。乾隆年间，清军攻灭准噶尔汗国，白山派借清军之势，再次击败了复兴不久的黑山派，几乎占据整个南疆。
正当白山派势力达到全盛时，清军得胜后撤回主力，准噶尔余部阿睦尔撒纳反叛。白山派领袖大和卓波罗尼都和小和卓霍集占兄弟二人趁机自立，不料清军武德充沛，仅四年就平定全疆，大小和卓逃到巴达克山（今阿富汗东北部和塔吉克斯坦东部），被巴达克山苏丹杀死献给清军。
白山派首领世系图
清军取得了大胜，却有漏网之鱼逃出生天。大和卓波罗尼都的长子萨木萨克被浩罕汗国收留，并在那里繁衍后代。前面提到的张格尔、玉素普和倭里罕等人，都是萨木萨克的子孙。由于白山派在新疆地区影响巨大，浩罕汗国以为奇货可居，收留和卓家族在此繁衍，并趁清朝衰弱扶持他们发动叛乱。
浩罕汗国主要立足于费尔干纳盆地，大致包括今乌兹别克斯坦，以及塔吉克斯坦与吉尔吉斯斯坦部分领土。由于地处丝绸之路要道，浩罕汗国重视商业，并渴望从邻近的清朝获得贸易特权。又因为浩罕子民与新疆各族有相似的文化背景、相同的宗教信仰，浩罕汗国热衷于插手新疆地区的事务。
浩罕王宫旧照
到19世纪初，浩罕汗国逐渐强盛，而同时期的清朝正在衰落。在财政紧张和民变四起的双重威胁下，嘉庆帝与道光帝倾向于保守求稳，对浩罕的要求一再妥协。看穿了清朝外强中干的本质，浩罕遂几次支持和卓家族潜回新疆叛乱。
1755年，清军乘准噶尔内乱挥师西进，击败达瓦齐，解救出从小被准噶尔人控制的大小和卓。摆脱准噶尔汗国控制后，大小和卓当即表示愿意归顺清廷，并获准协助清军平定天山南路，消灭准噶尔残余势力。
乾隆皇帝深知清军长途跋涉，征服西域并不容易，也未必得当地民心。因此，大小和卓与生俱来的宗教影响力，对于清军是一大助力。只是乾隆皇帝虽知道他们是和卓，是圣裔，都不知道宗教领袖的号召力能大到超出清廷控制的程度。随着天山北路阿睦尔撒纳反叛，大小和卓在攻占南疆后立马翻脸不认人。
朗世宁绘《乾隆皇帝大阅图》
清廷第一次失误，在于攻取西域过急过快，尤其是在不察之下授予白山派大小和卓大权，使之独霸南疆。由于后期力量跟不上，清军消灭达瓦齐之后不能立即进占天山南路，而是东撤至巴里坤休整，造成带路党坐大。阿睦尔撒纳及大小和卓，分别协助清军击败了达瓦齐和黑山派，又在清军撤出导致的力量真空下反叛。
由于清军实力尚在，反叛终究失败。1757年，阿睦尔撒纳在北疆发动叛乱，大小和卓趁机攻击库车驻军，不久阿睦尔撒纳兵败身死，清军联合受白山派排挤的地方伯克，全力攻击大小和卓，大小和卓眼看无法在南疆立足，逃往巴达克山避难。后来在清军要求下，巴达克山被迫处死大小和卓，将霍集占首级交给清廷。
清廷虽平定大小和卓，却又犯下第二次失误：漏掉和卓家族的关键人物。大小和卓死后，为稳定民心，清廷宣布对和卓家族后人既往不咎，并修葺白山派先人陵墓，其中最有代表性的为阿帕克和卓麻扎。经不懈努力，大和卓妻儿数人从境外归降，至此乾隆帝宣布成功收服和卓家族。
阿帕克和卓麻扎（讹传为香妃墓）
但事实上，另外一位和卓后人，大和卓长子萨木萨克几经辗转逃到了浩罕。出于萨木萨克代表的和卓家族之威望，浩罕统治者不敢贸然将他交还清朝，以免引起臣民不满。于是，浩罕对清廷百般搪塞，乾隆帝也未把萨木萨克放在眼里，认为其“业已穷蹙遁逃，不值远索穷搜”，几次寻人不果便不再坚持。
乾隆帝自以为他给子孙留下了铁桶江山，没想到不过几十年，到嘉庆年间，清朝衰象已显，浩罕不断壮大，不再是对中原俯首贴耳的藩属。乾隆年间，浩罕君主对外只称伯克（即地方统治者），名义上受清朝喀什噶尔参赞大臣、叶尔羌办事大臣等节制，嘉庆初年，浩罕君主爱里木称汗，此后浩罕不断谋求在新疆的贸易特权。萨木萨克的子孙，最终变成浩罕汗国侵略新疆的工具，以及与清廷谈判的砝码。
浩罕汗国全盛期疆域
清廷第三次失误：嘉庆帝停止搜捕大小和卓后裔。嘉庆初年，清廷也曾有过消除隐患的机会，1798年（嘉庆三年），尚未受到浩罕重视的萨木萨克日益穷困，于是派人上表清廷，愿意归顺。然而喀什噶尔参赞大臣长麟过于强硬，拒绝萨木萨克先派其儿子入境探路，之后全家入境的要求，坚持和卓家族必须一次性入境。此举使萨木萨克更加恐惧，生怕遭到清廷报复，再度潜逃。后来长麟想再抓来萨木萨克以将功赎罪，却遭嘉庆帝斥责而作罢。
嘉庆帝与乾隆帝不同，他停止寻找和卓后人并非完全出于蔑视，而是维护稳定，不愿生事的心态，玉努斯案即是这种心态的体现。1814年（嘉庆十九年），伊犁将军松筠奏报吐鲁番郡王玉努斯私通浩罕，嘉庆帝将其流放伊犁。今人普遍认为此是冤案，玉努斯先抓获了私通和卓的白山派信徒，清查涉案者的田庄，并不断向浩罕派人打听和卓家族下落。郡王本意是帮助清廷，却被松筠诬陷成无端生事，侵占民田，里通外国。
清仁宗嘉庆帝颙琰
玉努斯郡王被治罪后，清廷认为萨木萨克已死，不再到浩罕搜寻相关线索。松筠的审理结果充分说明了西域平安无事，不论事实如何，嘉庆帝都宁愿相信松筠。皇帝生怕边臣开衅邀功，故而玉努斯好心没有好报。此后，新疆各路王公大臣谨小慎微，不再多事，皇帝也权当和卓家族已然灰飞烟灭，直到萨木萨克的儿子张格尔重返新疆。
清廷之失误，主要是由于对新疆，尤其是天山南路回部的社会状况未能充分理解。但在巩固统一的多民族国家时，失误在所难免，后人不必对清廷过于苛责，而上述失误带来的教训，大部分都被朝廷吸取。
在平定大小和卓后，清朝坚持以适宜当地民情的方式统治，依靠当地贵族伯克，同时注重维持均衡。乾隆帝重用了以库车鄂对家族为代表的黑山派贵族，并尊重白山派信仰，同时以归附较早的哈密和吐鲁番王公作为牵制；之后设立伊犁将军，以其下属喀什噶尔参赞大臣和各城办事大臣、领队大臣等牵制各城伯克。
道光初年，张格尔叛乱被平定，钦差大臣那彦成与伊犁将军长龄先后受命善后。只可惜道光帝有心吸取教训解决边患，浩罕汗国却已在清朝一次次妥协下，从清朝官员手中夺取了在华浩罕商人头目呼岱达的任命权，从而渗透进天山南路，依靠节俭应付财政问题的道光帝毫无反制之力。
清宣宗道光帝旻宁
1842年，浩罕汗国险被西方邻国布哈拉灭亡，随即由盛转衰，陷入持续内乱，最终于1876年被沙俄吞并。在国势日衰的最后岁月里，浩罕统治者将入侵新疆作为复兴汗国的希望，通过和卓家族煽动叛乱，最终引发阿古柏之乱。1878年（光绪四年），左宗棠指挥清军收复新疆，并在总结了经验教训后，促成六年后的新疆建省。
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