中国古代注重对“神”的研究。“神”的概念是先哲在认识宇宙自然现象以及人体生命现象过程中，形成的重要范畴之一。《荀子·劝学》推崇“神莫大于化道”；《尸子》以“化合神者称皇”；《易·说卦》谓“知变化之道者，其知神之所为乎”；《易·系辞》则谓“穷神知化，德之盛也”；《管子·内业》称“一物能化谓之神”：《淮南子·本经训》谓“神明藏于无形”；《礼记·乐记》谓“神则无体，理如幽深”。
《黄庭经》十分重视“神”的作用。《黄庭经》之文核心在于论“存神”，全书紧紧围绕“存神”而展开。
《黄庭内景经》原文提到“神”字共58处，《外景经》出现“神”字达24次之多。
“神”的涵义十分丰富，《易》言“阴阳不测之谓神”，《内经》言“两精相搏谓之神”，但总的来说，“神”是相对于“形”提出的概念。如《庄子·天地》言：德全者形全，形全者神全。
那么《黄庭经》中的神涵义为何呢？归纳起来，《黄庭经》的神有四种系统：泥丸九真神系统、六腑五藏神系统、二十四真神系统和百节众神系统。
“泥丸九真”在上清派的众神体系中占有重要地位，主要体现在存思修炼之时。
据《上清洞真九宫紫房图》记载，“泥丸九宫”包括人头之中的明堂宫、洞房宫、丹田宫、流珠宫、玉帝宫、天庭宫、极真宫、玄丹宫、太皇宫。
其位置为：“两眉间却入三分为守寸双田，却入一寸为明堂宫，却入二寸为洞房宫，却入三寸为丹田宫，却入四寸为流珠宫，却入五寸为玉帝宫”。“明堂上一寸为天庭宫，洞房上一寸为极真宫，丹田上一寸为玄丹宫，流珠上一寸为太皇宫。凡一头中有九宫也”。
九宫中各有神居之，即所谓“九真”。“九真”为：明堂宫的明镜神君，洞房宫的黄老君，丹田宫的赤子，流珠宫的司命，玉帝宫的玉清神母，天庭宫的上清真女，极真宫的太极帝妃，玄丹宫的泥丸太一帝君，太皇宫的太上君后。明堂宫、洞房宫除主神之外，各有二辅神。明堂宫中，明镜神君居中位，左有明童真君，右有明女真官；洞房宫中黄老君居中位，左为无英公子，右为白元子。
明堂宫、洞房宫、丹田宫、流珠宫与玄丹宫称为雄一五宫；玉帝宫、天庭宫、极真宫与太皇宫为雌一四宫。
《内景经·心神章第八》集中罗列六腑五藏神名号，第九至十四章紧接其后，分述六腑五藏功能以及各神特点等。
《心神章第八》全文如下：
心神丹元字守灵，肺神皓华字虚成，肝神龙烟字含明，翳郁导烟主浊清, 肾神玄冥字育婴，脾神常在字魂停，胆神龙曜字威明。六腑五藏神体精，皆在心内运天经，昼夜存之自长生。
《心神章》篇名为“心神”，实际上论述了道书之“六腑”。道书“六腑”概念不同于医家。医家，以《黄帝内经》为例，六腑指“胆、胃、大肠、小肠、三焦、膀胱”，胆又称“奇恒之府”。而道家，以医家所称五藏加上胆府，称其为“六腑”。道书六腑具体称呼如下：
肺为玉堂宫，尚书府；
心为绛堂宫，元阳府；
肝为清冷宫，兰台府；
胆为紫微宫，无极府；
肾为幽昌宫，太和府；
脾为中和宫，太素府。
《老子中经·谷神妙气诀》、《洞神经》与《太上隐书》持此论。
六腑神
另外，《黄庭经》中还有四处体现了按照道书“六腑五藏”划分神的思想。
第一处，《内景经·隐藏章第三十五》言：“五藏六腑神明王，上合天门入明堂。”意为：五脏六腑以心神为主宰。吾身之元神藏于脑而寓于目，故神明上合于天门泥丸诸宫，入居于明堂等所。此处也是按照五藏六腑来划分神的，并以心为主宰，与《黄帝内经》思想一致。
第二处，《内景经·玄元章第二十七》言：“六神合集虚中宴，结珠固精养神根。”其中“六神”，务成子注为“六甲六丁六腑等诸神”，可见也指六腑神。
第三处，《内景经·常念章第二十二》所言“存漱五芽不饥渴，神华执中六丁谒”。五芽指五行之生气，在人身为五藏之真元。神华，指六甲阳神之英华。执中，即执守于身中。六丁：指六丁玉女阴神。全句是讲漱咽与存神之法：存炼五藏神气，持之以恒，则因太和宫充溢，金液流通，自然无饥渴之忧；六甲阳神执守身中，不致散失，则六丁阴神自来谒见，相互役使，以达阴平阳秘。所以，该句亦为六腑五脏神的很好注脚。
第四处为《外景经》中“脾中之神游中宫，朝会五神和三光”，这里显然把脾作为五藏之主。
六腑五藏神系统与中医将神明分属五藏（心藏神，肺藏魄，肝藏魂，脾藏意，肾藏精与志）的做法类似，只是其中将胆府的地位有所强调。这也是道书中对脏腑之神认识的独特之处。
《内景经·治生章第二十三》言：
治生之道了不烦，但修洞玄与玉篇，兼行形中八景神，二十四真出自然，高拱无为魂魄安，清静神见与我言。
意为：治生之道，至简至易，毫不繁琐，只要精修学老君洞玄、黄庭玉篇之文旨，则自然明了。人身之中上、中、下三部各有三元五行之八景神统摄周身精气，二十四真自然而至。若能心清意静，魂魄自不妄动，则元神发现，灵慧顿开，如有神灵相助一般。
这里就讲到了二十四真神。
天地有二十四节气，人身有二十四真神。道家谓人身上中下有三田或三宫，每部之中各有八种神气即真气，合为三八二十四真。据《二十四廻元经》、《二十四神行事诀》和《二十四生图经》等记载：
细看这二十四神：上元宫八景神与《至道章第七》提及的头面七神（发神、脑神、眼神、鼻神、耳神、舌神、齿神）有相似之处。中元宫八神为六腑神（其中肾神分为左右）加喉神。下元宫中八景神乃医家所言六腑等。与医家对比，只是对于某些部位着重提及，如喉神也位列神位。
提到《黄庭经》的神，一般都会首先提到二十四真神，但实际上《黄庭经》全文中，除了“兼行形中八景神，二十四真出自然”这句话外，并没有对二十四真详加论述。可见，这种神系统不是本书所首创，也并非其特色所在。
“百节众神系统”强调周身各个关节、四肢百骸，凡是有形体者，必有其对应的神。
《内景经·至道章第七》言：“至道不烦诀存真，泥丸百节皆有神。”
意思是：至高至极之道并不烦琐，其要存于真诀。上自泥丸，下至周身百节，皆有神灵居之。这里的百代表众多。
《内景经·上清章第一》开篇即言：“上清紫霞虚皇前，太上大道玉宸君，闲居蕊珠作七言，散化五形变万神，是为黄庭曰内篇。” 这里的“万神”即是“众神”之义。
“众神”、“万神”、“诸神”之说经常出现于原文，例如：
《内景经·胆部章第十四》：能存威明集庆云，役使万神朝三元。
《内景经·肺之章第三十四》：存此真神勿落落，当忆紫宫有座席，众神合会转相索。
《内景经·隐藏章第三十五》：万神方酢寿有余，是谓脾建在中宫。
《外景经》：老君闲居作七言，解说身形及诸神。
《外景经》：立于明堂临丹田，将使诸神开命门。
除了面部七神、中部六腑神之外，《黄庭经》还记述了其它的身神，有时以“真人”或“童子”名之。如“桃孩合延”、“桃康”、“左神公子”、“白元”等等。但没有对这些神作详尽描述，因此，仍须参照上清派其他经典了解。
如“桃孩合延”、“桃康”二神，
据《上清大洞真经》介绍，乃同一神，即桃孩道康，字合精延，此神镇守脐中命门宫。桃，自古多为男女之情、婚嫁等之谓。
《太上隐书》曰：“名门桃君者，摄禀气之命，此始气之君也。还精归神，合规挺矩，天地之资元，阴阳之灵宗，金门玉关房户之宝，并制命于桃君之气也。桃君名孩道康，字合精延，一名命王，一名胞根。白日治在金门五城中，是为脐中命门，下丹田之宫也。夕治在六合之中，太乙之君右焉。”
《仙经》曰：“命门脐宫中有大君，名桃孩，字合延，衣朱衣。”又曰：“桃康下神名，主阴阳之事。”
《黄庭经》为代表的上清诸经，关于人体有神主之的思想并非独创，早在东汉，这种思想即已盛行。早期道教经典《河上公老子章句》、《太平经》和《老子想尔注》中都提到人身有神主之及存思修炼法。《黄庭经》将其加以完善，虽然其“众神”依然不够齐备，但这种思想已很明确。
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