根据现代整体观的观点，命门窍的说法不但涵盖了前述七种传统观点中的后三种说法：两肾之间为命门、肾间动气为命门、混元神室为命门，也与其他三种说法有关联：右肾为命门、两肾总号命门、督脉上的穴位叫命门。只是与眼睛为命门的说法关系不大。因此，锻炼命门会至少有如下四方面的好处：
一.锻炼命门可以强肾
站在现代整体观的立场来看，命门虽然不等于肾，但与肾紧密相关。从胚胎发生学来看，人的睾丸、卵巢与肾都源于尿生殖嵴，虽然在胎儿内脏形成的过程中，睾丸（或卵巢）下降了，肾后移了，但根据现代整体观的原理，人的混元气的分布保持着与人体先天结构的一致性。所以命门这个地方的混元气与睾丸、卵巢、肾的功能息息相关，锻炼命门就能够强化生殖系统和肾的功能。
因此，因肾功能不佳而引起的注意力下降，记忆力衰退，精力不足，缺乏自信，焦虑恐惧，夜尿频烦，月经不调，性欲减退等现象，可以通过锻炼命门而得到一定程度的调整。比如有的学员通过练习《命门九法》体系的面壁蹲墙法，在一个月内使夜尿频烦的现象得到了有效的改善。
二.锻炼命门有助于强健身体、益寿延年
现代整体观认为，命门窍是人的躯体混元气聚集的地方，而躯体混元气是用来供应人体各组织细胞的新陈代谢的，因此躯体混元气的多寡与运动的正常与否，决定了一个人的躯体健康程度。也就是说，一个人能否健康和长寿，与命门的气机密切相关。
因此，要想益寿延年，或改善因人体生命功能下降而出现的各种现象，如思维迟钝，步履缓慢，皮肤干涩，牙齿脱落，视力、听力退化等等，可以通过加强命门锻炼改善。
三.锻炼命门有助于松腰
松腰是指使腰部松动，它一方面使腰椎（尤其是第二、第三节腰椎）的活动范围扩大，另一方面使气渗透到脊柱里面。中医认为，腰为肾之外府，因此松腰能够有效地强化肾的功能。另外，中国传统内家拳认为，松腰是内练的一个重要内容，松腰以后可以使人气圆、力整。因此，锻炼命门可以为进一步修炼中国传统内练功法打下良好的基础。
四.锻炼命门有助于学习、掌握整体观
整体观分有传统整体观和现代整体观两部分，传统整体观认为，命门是人体先天气生发的地方，它与人的整体生命活动息息相关；现代整体观认为，命门是人体躯体混元气聚集的地方，要完善、提高人体生命活动，应该从锻炼躯体混元气开始。因此，锻炼命门的过程是一个学习整体观理论的过程，也是一个知行合一的过程。（老平 2011-8-18）
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