一母生九子，在育种者眼中，如果用经验育种，那这九子是不同的，如果用育种值育种，那这九子就是相同的。为什么？
对育种者而言，一母生九子，九子各不同，九子又相同。
我们认为这是一个育种选择技术的更新方向：
差值选择法 > 配合力分析法 > BLUP育种值分析方法
分析对比3种育种方法，看区别找差距。
一、差值选择育种法
对于同一基因型所组成的群体，在大量测定的情况下，其表型值的平均等于其基因型值。对于多种基因型所组成的群体，其表型值的平均等于平均的基因型值。传统的经验育种以差值选择 性状间的遗传相关为选择技术，由于观察和选择仅能基于表型，因此，是建立在基因型值差值基础上的育种选择。
二、配合力育种
此处仅考虑一般配合力（GCA），由于配合力模型，没有分离地点，年度等固定效应，因此一般配合力只能说是对应基因加性效应的估计值，其并不等于基因的加性效应（育种值）。
三、育种值育种
依照数量遗传学的效应模型：
表现型值 = 基因型值 环境效应 随机误差
P = G E e
基因型值 = 加性效应 显性效应 上位性效应
G = A D I
由于亲代传递给子代的是基因，不是基因型，等位基因间的显性互作，非等位基因间的上位性互作跟基因型有关。基因的加性效应才能遗传给子代，互作效应，上位性效应都不能，基因的加性效应决定了子代跟亲代表型的相似，因此育种选择应依据基因的加性效应进行，也就是A。
在父母一致的情况下，一母生九子，九子各不同，其不同是因为配子的独立分配自由组合，九子有不同的基因型。九子获得的亲代基因加性效应相同，因为都来自同一个母同一个父。亲本传递育种值的一半给子代。对育种者而言，一母生九子，九子各不同,九子又相同。
我们不去探讨育种值这样的说法是否完全符合遗传学实证，读者可以自行思考，现在考虑BLUP育种值分析方法的育种实用性。
BLUP育种值分析结果，是对系谱中的每一个祖先都给出一个育种值的，即便这个祖先仅存在系谱中，实际试验中不存在。
假定系谱中有一个祖先K，其在计算系谱中不止出现1次，多次出现，但是最终得到的K的育种值只有1个值，按照基因的独立分配规律，K在遗传上的贡献很可能每次都不同，但是计算得到的K仅有1个育种值。也就是说，尽管K以不同的遗传贡献出现多次，但是就认为它的遗传贡献是一样的，而这就是K的基因加性效应。K传递给后代的可能是显性基因可能是隐性基因，不重要。
有人会想，一母生九子，怎么可能最差的那个子代和最好的那个子代，来自亲代的基因加性效应相同，如果想不通，可以试想，有两个母本跟同一个父本杂交，各生了九子，排序后，基因加性效应高的母本的九子，每一个都好于效应低的母本的九子。
数量遗传学的效应模型本身就是一个描述遗传规律的数学模型，本身就会存在一些理想化的假定。
看大名鼎鼎的BLUP动物模型，
动物模型在做效应分解的时候，将试验中的1个观测值，剖分为了若干个固定效应 育种值 误差，这若干个固定效应在植物育种中就包括，年度效应，地点效应等，模型中就没有出现显性效应D，上位性效应I.
不是说显性效应D，上位性效应I不重要，从模型的角度可以假定试验不存在这两种效应，也可以考虑成，即便存在这两种效应，对结果影响不大或者没什么影响。BLUP的育种值分析方法推导证明时，出现了cov(y,a)=ZG ，cov是covariance 协方差，cov(y,a)是观测值y和随机效应间的协方差矩阵。Z是关联矩阵，非0即1，G的含义要根据模型来确认，比如动物育种的动物模型：
，
再回到这句话：对育种者而言，一母生九子，九子各不同,九子又相同。
九子各不同（基因型）,九子又相同（亲代育种值）。
从上面的分析，能看到系谱对育种值计算的重要性，也能看到，育种值计算和配合力的不同，育种本质上选择的是基因，而从基因的角度考虑育种选择问题，对应的就是基因的加性效应（育种值）。
尝试在配合力计算中也引入系谱，引入亲缘关系，于是配合力模型
加上相应的遗传相关矩阵，拓展到线性混合模型形式，就是Rex.Bernardo的：
Rex.Bernardo在1994年发表一篇文章，Prediction of Maize Single-Cross Performance Using RFLPs and Information from Related Hybrids（利用RFLP和来自相关杂交种的信息预测玉米单交性能），将Henderson 的BLUP MME理论及分析方法应用于玉米育种。但是从育种实用性的角度，还是建议采用植物育种值模型（本质上还是动物模型），尤其在分子育种快速发展的今天，即便采用配合力，也要去学习了解育种值了。还是那句话，使用育种值不是否定配合力是对配合力育种的提升。
有读者会注意到动物育种学介绍BLUP的时候，以个体育种值的方式出现，植物育种，经常是一个一个的株系，感觉跟动物不同。
一母生九子，在育种者眼中，如果用经验育种，那这九子是不同的，如果用育种值育种，那这九子就是相同的。两个玉米株行杂交，收获9个穗子，就是九子了，种下去是新的9个株行，用数量遗传学的思想，用育种值去看，动物和植物育种就没有不同。
参考文献：2019.1《种子科技》刊出了博思公司文章《关于用育种值提升一般配合力分析水平的研究》。
更多信息，参看：
《育种实用统计学》介绍：
http://www.nbs.net.cn/shu.htm
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