企业税务管理制度体系建设一般从处理纳税遵从不确定性入手，安排好税务管理基础工作。之后，再辐射到对政策制定不确定性、政策执行不确定性的应对，同时还需兼顾税务筹划工作。
2009年，国家税务总局印发了《大企业税务风险管理指引（试行）》（国税发[2009]90号），提出了一个宗旨、五大目标、六点要求、五项制度。基于该文件要求，结合大企业税务管理特点，个人认为，企业税务管理制度体系应包括《集团税务管理制度》、《税务模块管理细则》、《分税种管理指引》、《业务操作指引》等。
《集团税务管理制度》属于纲领性文件，其作用是明确税务管理目标、税务管理组织架构、集团与下属公司管理边界、税务部与其他部门的管理边界、税务管理模块等。
一、 税务管理的战略目标
税务部应该定位为企业的业务部门，其投入产出比非常高。大企业税务管理应该以“控制税务风险、创造税务价值、创造企业价值”为目标。
前两点是精准纳税的需求，应该通过“严格遵从税法规定”和“充分享受税收优惠政策”实现；第三点，需要大企业税务管理者深入了解企业业务，基于其对法律、行业法规、会计核算、业务实质的了解，不断优化业务流程、乃至创造新的业务模式，实现增加企业价值的目标。
二、 税务管理组织架构及管理边界
集团税务组织架构可以考虑按功能划分、按业务板块划分、按地域划分或按矩阵模式划分等，其核心要求是在资源有限的情况下，尽可能的提高税务团队的管理效率。
例如，在集团统一管理、下属公司分级负责的管理原则下，集团本部与下属公司可以考虑按如下方式划分管理边界。
1、集团税务管理主要职责：
（1）制定与集团战略发展相适应的税务战略和规划，建立本集团税务风险管理体系；
（2）参与集团战略规划和重大经营决策的税务影响分析，并提供税务风险管理建议。聘请并指导中介提供集团层面的并购、重组等重大事项的意见与建议；
（3）负责集团税务管理人才的招聘、培养、发展与考核，协助下属单位建立税务团队，参与对下属单位税务管理人员的考核；
（4）制定有关税务制度、指引，并在全集团推广落实；
（5）搭建集团税务风险管理IT系统，定期对集团进行全面税务分析，并形成税务管理分析报告；
（6）指导和监督下属公司开展税务风险管理工作，协助下属公司建立《税务管理手册》；
（7）负责税务信息搜集、政策研究、税务培训、档案管理等工作；
（8）推动建立良好的税企关系与有效的外部合作机制；
（9）负责纳税申报、税款缴纳、重点税源、涉税分析、税收调查、税务会计等各级主管税局要求的日常税务工作。
2、下属公司税务管理主要职责：
（1）构建本单位的税务风险管理体系，制定有行业特色的税务管理工作手册、指引以及税务工作流程；
（2）参与本单位战略规划和重大经营决策的税务影响分析，并提供税务风险管理建议。聘请并指导中介提供本单位的并购、重组等重大事项的税务安排与建议；
（3）组建本单位的税务管理团队，负责团队成员的招聘、培养、发展、考核；
（4）负责监控本单位的税务风险，制定防范和应对的措施，并指导下属企业的税务工作；
（5）负责本单位税务信息搜集、整理，撰写税负分析报告，建立并完善税务档案；
（6）在集团统一协调下，负责与当地税务机关建立良好的税企关系；
（7）根据集团税务管理要求，及时向集团报告重要税务事项，报送相关税务资料等工作；
三、 税务部与其他部门的管理边界
提高税务管理水平，最核心的工作就是将税务由事后管理、事中管理，转变为事先管理。税务事先管理可以将税务筹划和税务风险控制统一。可以帮助业务在合法、合规、合理的前提下，取得税法中的优惠政策，同时避免税务合规风险。
税务部与其他部门管理边界的核心内容，就是其他部门在发生涉税业务之前，邀请税务部参与决策。考虑到税务团队人员有限，制度中应该明确重大涉税事项的范围，以及重大涉税事项需要税务团队事前参与决策。
重大涉税事项应该包括，但不限于：公司（包括分支机构）的设立、注销、合并、分立和迁移；重大业务重组、资产重组、债务重组；重大股权、资产投资或处置活动；银行贷款、发行股票债券、资金集中管理、委托贷款、关联借款；对外捐赠；重大关联交易安排；境外投资项目等。
四、 税务管理模块
税务管理模块根据企业不同差异较大，包括但不限于：工作周报、月报 、培训、团队 、组织架构、中介关系、税企沟通、法规政策、国际税收、关联交易、千户计划、国别报告、全税种信息系统、税务会计、考核、税务申报和税款缴纳、发票、凭证 、合同、档案、税务自查、税务检查、参与业务创新等。
在《集团税务管理制度》应对税务管理模块做出原则性规定，例如，“合同税务管理模块”：
税务管理人员应加强与业务部门的沟通，就拟签订的重要合同提供税务分析意见。合同签订后，税务管理人员负责合同执行过程中相关税务问题的追踪，协助处理涉税事项，确保按相关税法执行。
合同中应重点关注的主要事项和涉税条款，包括但不限于以下事项：
（1）合同是否存在不同的签订方式，并对不同方式的税负进行评估与测算，选择最佳的签订方式；
（2）税项的承担：一般情况下，要求合同签订方各自负责；特殊情况可约定代扣代缴，包括约定税款如何计算与支付、对方负有的协助义务等；
（3）合同价格：含税或不含税；不含税时，税款如何计算与承担；
（4）结算与发票：结算方式，如现收、预收、赊销等；发票开具，如先开票、后开票、与结算金额相匹配等。
重大资产采购合同中，应对有关税务事项进行明确约定，包括提供发票的种类、时间等。标准销售合同中，应对提供发票的种类、时间、收款方式等进行约定。涉外合同应同时提供中、外文版本。对境外付汇的项目，须先向税务机关办理相关手续，约定税款的计算与承担方式、对方负有的协助义务等。
综上，企业税务管理制度体系应包括《集团税务管理制度》、《税务模块管理细则》、《分税种管理指引》、《业务操作指引》等。《集团税务管理制度》属于纲领性文件，其作用是明确税务管理目标、税务管理组织架构、集团与下属公司管理边界、税务部与其他部门的管理边界、税务管理模块等。《税务模块管理细则》、《分税种管理指引》、《业务操作指引》是《集团税务管理制度》的细化，需要结合企业的实际情况完善，暂不展开描述。
需要提醒大家注意的是，税务管理制度体系建设是一项系统工作，推进过程中需要随机应变。有的企业可以先出《集团税务管理制度》，再逐步细化；有的企业可以先出《税务模块管理细则》、《分税种管理指引》、《业务操作指引》等，后出《集团税务管理制度》。
大企业税务管理制度体系建设的真正落地还需集团领导重视，衔接好集团各项规章制度与之匹配，更重要的是各个部分的积极配合支持。
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