在二战后期，南斯拉夫共产党的武装解放了瓦尔达尔马其顿，并且开始追求兼并保加利亚的皮林马其顿地区和希腊的爱琴马其顿，以便把建立一个统一的斯拉夫的马其顿共和国，作为南斯拉夫联邦的组成部分。
1944年9月，保加利亚刚刚获得解放，南斯拉夫征服就迫不及待的派出以坦波为首的代表团到索非亚，索取皮林马其顿，在战后铁托设想和保加利亚建立“巴尔干联邦”的构想里，皮林马其顿也被视为南斯拉夫马其顿共和国的囊中之物。在1947年7、8月的南保会谈中，虽然双方对建立巴尔干联邦的问题没有达成一致（主要是南斯拉夫坚持保加利亚将是南斯拉夫联邦的第7个成员，而保加利亚坚持建立南斯拉夫－保加利亚联盟），但是保加利亚仍然被迫同意给皮林马其顿人的文化自治权，“而且他们应在精神上同他们在瓦尔达尔马其顿的兄弟们团结起来”，这意味着南斯拉夫可以派教师进入皮林马其顿，为最终吞并皮林马其顿作准备。只是最终由于苏南关系破裂，唯苏联马首是瞻的保加利亚和南斯拉夫关于巴尔干联邦的计划破裂，皮林马其顿最终也留在了保加利亚之内。
而将希腊的爱琴马其顿并入南斯拉夫马其顿共和国也是南斯拉夫由来已久的目标。早在1943年5月，铁托就派他的马其顿人坦波到爱琴马其顿地区组织南斯拉夫游击队。坦波向这一地区的马其顿人保证“南斯拉夫党乐于看到整个马其顿最后在一个实行联邦制的南斯拉夫的体制中联合起来，这时候，马其顿会实行自治，能自由的使用自己的语言”。1946年希腊政府和希腊共产党游击队之间的内战爆发，南斯拉夫利用自己的影响，动员爱琴马其顿地区的人民支持希共武装，还让希腊共产党的部队使用南希边境南斯拉夫一侧的安全地带，南斯拉夫介入希腊内战的目的是很明显的，希腊共产党在南斯拉夫的支持下上台以后势必会同意“最终把爱琴马其顿并入南斯拉夫的马其顿共和国”。但这个构想由于希腊政府得到英美援助后战胜了希共游击队而无法实施。
在战后的40多年里，南斯拉夫联邦中的马其顿人的民族特性得到很大发展。除了小学和中学，马其顿人还创办了大学，规范了马其顿语的字母表和正字法，马其顿政府积极扶植本民族的教会组织，1954年马其顿东正教会从塞尔维亚教会获得使用马其顿语的权力，1958年马其顿不顾塞尔维亚教会贝尔格莱德大主教的强烈反对，决定恢复在历史上享有盛名的奥赫里德主教区，并进一步在1967年宣布马其顿的东正教会脱离塞尔维亚教会实行独立。总的来说，在冷战时代，巴尔干地区终于摆脱了持续1个多世纪的混乱，马其顿也不再成为火药桶上的导火索了。
冷战到了1990年宣告结束，冷战结束后的马其顿路向何方呢？
铁托的个人权威逝去后的南斯拉夫恰好又遇到了冷战结束的特殊气氛，各共和国的民族主义和离心倾向迅速发展，终于导致1991年南斯拉夫社会主义联邦共和国的解体，马其顿共和国于1991年11月宣布独立，南斯拉夫驻军平静的撤离，马其顿实现了和平独立的奇迹。
但是，这个年轻的国家随后在争取国际社会承认方面面临艰难的斗争。塞尔维亚默认了它的独立，但始终没有明确承认它的地位；保加利亚欢迎一个独立于塞尔维亚的马其顿的出现，它率先承认了“马其顿共和国”的独立，但出于担心失去皮林马其顿地区的顾虑却依然不承认“马其顿民族的存在”；最严峻的挑战来自希腊，由于古代马其顿是个希腊化的国家，希腊坚持“马其顿过去是现在是将来也是希腊人的名称”，它强烈的反对北方这个斯拉夫邻国以“马其顿”作为国名，相应地，希腊也拒绝承认“斯科普里人”（斯科普里是“马其顿共和国”首都）使用的斯拉夫语可以称为“马其顿语”，而不客气地称它是“一种被讹用的，已经失去活力的保加利亚土语”。希腊声称，这些斯拉夫人盗用希腊人的名称，自称马其顿人是在窃取希腊人的文化遗产，是“恰如一个窃贼闯入我家并偷走了我最珍贵的珠宝——我的历史、我的文化、我的身份”。
面对希腊提出的无可争议的历史事实，马其顿人不得不承认他们和亚历山大大帝没有关系，而是一个6世纪迁来的斯拉夫民族。但是，他们强调古代马其顿是个独特的非希腊民族，言下之意“马其顿”不是希腊的专有词。
1992年5月，由于希腊的坚持，欧共体宣布将在“国名不包括马其顿”的情况下承认该共和国。希腊政府正式拒绝接受任何带有“马其顿”一词的该共和国名称，“无论它是作为一个名词还是形容词”。希腊建议“马其顿”可以选用“南斯拉维亚（south slavia）”、瓦尔达尔共和国、斯科普里共和国等名称，但是均被马其顿拒绝，它坚持只接受对马其顿共和国的承认，理由是这是该国宪法规定的国名。1992年12月10日，马其顿共和国议会经多数议员投票表决，原则同意将马其顿国家改名为“马其顿（斯科普里）共和国”。
1993年4月，马其顿终于以“前南斯拉夫马其顿共和国”的滑稽名称加入联合国，但是由于希腊的坚持，它不得升起它的旗帜——带有16道光芒的太阳旗或称佛吉纳星旗，因为佛吉纳星（vergina）是古代马其顿人的标志性图案，在希腊境内被发现的腓力二世的坟墓里就有这个图案，因此它也是希腊的象征。
马其顿这片有几千年历史的土地，从远古的亚历山大大帝到后来的斯拉夫人，保加利亚人，土耳其人，又到现代的马其顿建国，其中的民族变迁，也反映了很多古国的类似的民族演变的历程，实在精彩纷呈！
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