在儿童的腹泻病中，儿科医生也是常开具的用药。对于腹泻孩子，应用益生菌能够通过补充肠道正常菌群、纠正菌群失调、分泌抑菌或杀菌物质和增强肠道局部免疫反应等作用。
益生菌可以有效地清除常见的感染病毒和细菌（如下图），明显缩短腹泻病程，降低腹泻严重程度，几乎可以应用于所有的腹泻病。
大量临床及实验研究证实，绝大多数感染性腹泻患儿存在着肠道菌群紊乱。对轮状病毒等病毒性肠炎，积极推荐早期使用双歧杆菌、乳杆菌、粪链球菌、酪酸梭菌、芽孢杆菌和布拉酵母菌等益生菌药物。对细菌感染性肠炎，在给予抗生素药物治疗的基础上，推荐联合使用益生菌药物。
而布拉式酵母菌（下图）和鼠李糖乳杆菌（LGG)两种益生菌，被国际急慢性腹泻实践指南强烈推荐（下图）。
同时记得口服益生菌一定要五天以上疗程，因为很多益生菌本身定值到肠道大量滋生起药理作用（抑制有害菌，减少肠道菌群紊乱）需要三天左右时间，所以益生菌腹泻起效不是马上发生的！
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