同：
都是微生物作用下的有机物降解过程，需要微生物培养的条件，包括营养元素合理分配、温度、pH等。
异：
条件不同。厌氧要求无氧状态；好氧要求有氧状态
产物不同。厌氧分为两步（两段论），第一步是酸化过程，分解成有机酸、醇类等，第二步是甲烷化阶段，生成甲烷水等，到了这一步会造成二次污染，甲烷是温室气体，且下一步的生物降解几乎是不可能的了。好氧发酵的最终产物是CO2和H2O，降解终产物没有二次污染。
降解能力不同，好氧发酵能降解的有机物种类比较有限，厌氧情况有助于一些好养情况下难降解的有机物的降解。
一般情况下，往往是先进行厌氧堆肥至第一步水解过程结束，水解产物再进行好氧发酵。这样的降解彻底，污染小，效果好
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