兼并重组案件的审理许多时候表现为合同案件的审理，《意见》的发布对于合同审判具有指导意义。
合同审判首先是要依法审判，在社会主义市场经济法律体系已经建成的今天，尤其应当强调依法审判。同时也应注意，成文法有其局限性，并非所有的法律问题都能从现行的法律法规当中找到现成的答案。法官必须掌握裁判的技术甚至艺术，这不仅表现在要有能力解释成文法条，更要有能力对于法律中的不确定概念作价值补充、对于现行法律体系存在的漏洞进行填补。法律案一旦由立法机关通过，便表现为相对固定的文字外形。但是，法律发展的脚步并未停止，定型化了的法律如欲应对不断变化的生活世界，必须保持适度回应现实的能力。这一目标的实现，须法官对于法律作恰当的价值补充。党的方针政策、国家的战略部署等，虽然不是法律，但却可以彰显不同时期的主流价值取向。法官准确地把握这种价值取向，并在适用法律、裁判案件的过程中，辅助解释法律、充实不确定法律概念的内涵、填补法律漏洞，方能实现案件审理的法律效果和社会效果的有机统一。
依法认定兼并重组行为的效力，其实是要依法认定兼并重组合同的效力。应注意以下几点：
其一，审查兼并重组合同的效力，重点在于审查其内容；审查内容则应从合同内容的合法性及社会妥当性两个方面着手。
其二，审查合同内容的合法性，应注意结合商事审判的特点，是否支持以内容违法为由合同无效的主张，宜持审慎和谦抑的态度。主张违法无效，须以法有明文规定为前提。法无明文规定场合，不应以此为由轻易认定合同无效。在私法领域，原则上还是应强调法无明文即自由，为将来新型交易的出现预留空间；所谓“充分发挥市场在资源配置中的决定性作用”，亦含有相同的意味。
其三，股权的转让如附有买回权，此种交易安排虽然客观上具有融资的功能，但不应将此认定为“以合法形式掩盖非法目的”，否定其效力。理由有二：一是我国目前合法的融资渠道多种多样，不限于通过金融企业这一条渠道；二是要求金融企业资质的法律规范目的在于规范以金融为业的行为，具有持续性和重复性的特点，两个民事或商事主体之间的股权转让行为，尽管附有买回权的特别约定，仍是单发性的，不在上述法律规范范围之列。
其四，审查兼并重组合同内容的社会妥当性，外在具体表现为基于合同法第五十二条第四项“损害社会公共利益”认定合同无效。“社会公共利益”属于不确定概念，需要法官在个案中对其具体内涵予以充实。在外国企业兼并中国企业场合，虽然会有行政主管机关审查，但并不排除法官对于此类合同依事后变化了的具体情事重新评价的余地。假如企业兼并会造成影响国计民生等重大影响，则须慎重判断该合同是否会损害社会公共利益。
其五，正确把握兼并重组过程中的报批义务、报批行为与合同效力的关系。当事人在外商投资企业设立、变更等过程中订立的合同，依法律、行政法规的规定应当经外商投资企业审批机关批准后才生效的，自批准之日起生效；未经批准的，人民法院应当认定该合同未生效。当事人请求确认该合同无效的，人民法院不予支持。前款所述合同因未经批准而被认定未生效的，不影响合同中当事人履行报批义务条款及因该报批义务而设定的相关条款的效力（参照外商投资企业纠纷司法解释（一）第一条）。该规则体现了报批义务条款及因该报批义务而设定的相关条款的相对独立性，此类条款自成立时生效，违反此类条款可以发生相应的违约责任。所谓“因该报批义务而设定的相关条款”，可以表现为预付款条款、违反报批义务的违约金条款以及其他清理结算条款等。
企业兼并重组涉及事项繁多，很多时候当事人难以一步到位，因而，利用预约、意向协议、框架协议等，多有发生。在认定此类协议的效力及强制执行力时，也有一些问题需要注意：
其一，在当事人磋商过程中，会形成一些“先合同文件”，名目繁杂不一，比如备忘录、预约、意向书等等。这时，法官应当注意作名实之辨，名称可能“乱花渐欲迷人眼”，法官一定不要被其名称所迷惑，而必须辨别其实质内容。要点在于，这些文件是否发生具有法律约束力的义务，进而在违反此类义务场合发生相应的法律责任。据此，可以将先合同文件区分为两类：一类为预约，可以产生订立本约的义务及相应的违约责任（参照买卖合同司法解释第二条）；另外一类为不具有拘束力的先合同文件，既不因此产生订立本约的义务，其违反也不发生相应的违约责任。
其二，一份约定，究竟是预约抑或是本约，关键要看约定的具体内容。约定的具体内容包含有将来缔结本约义务的，自然属于预约。约定的具体内容，虽然简单，但具备了当事人名称或者姓名、标的和数量的（参照合同法司法解释（二）第一条第一款），却没有体现出将来缔结另外一个合同的意思的，则可以认定为本约。
其三，与“框架协议”相对应的是“具体合同”或者“履行合同”，这是不同于预约与本约的另外一种分类标准。框架协议通常表现为本约，只是其中会有一部分内容，需要将来当事人通过具体合同另行具体化。对于合同的成立，应当准确把握上述合同法司法解释（二）第一条第一款的精神，比如合同中包含有“价格待定”条款，不应因此认定合同欠缺主要条款而不成立或者无效。
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