免疫系统主要包括三类细胞和相应的三类附属分子，以及它们的相互作用以组成免疫系统。抗原提呈细胞（简称APC）把与MHC分子结合的抗原肽提呈给T细胞识别。MHC分子，人的MHC叫做HLA，表达于APC表面，把抗原肽提呈给T细胞识别。T细胞和B细胞是唯一通过其抗原受体TCR和BCR特异性识别抗原的细胞，因此是适应性免疫的主要细胞。TCR和BCR宿主生殖细胞基因组的基因片段重排而形成。针对微生物的保护性免疫是早期固有免疫应答和晚期的适应性免疫应答介导的。前者（固有免疫）由微生物群共有分子结构（病原体相关分子模式，简称PAMPs）和损伤宿主细胞所表达分子（损伤相关分子模式，简称DAMPs）通过与一套模式识别受体（PPRs）结合而激活，并以泛特异性效应者机制作出反应。后者通过TCR和BCR在原子模式识别水平进行识别，并且以高特异性机制针对微生物的保护性免疫是效应者机制进行反应。
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