在校长负责制不是校长一人说了算，不是“校长家长制”，更不是“校长独裁制”，那么如何保证校长正确的行使权利呢？
希腊哲学家柏拉图曾有一个著名的论断：最优秀的独裁者统治的社会是最有效率的社会，除非他堕落，才成为最坏的。问题是谁能保证领导者的优秀呢？并且一个人的智慧总是有限的，集思广益，才能众志成城。
要保证校长正确的使用权利，就必须加强党组织的思想教育和保证监督作用。现在很多学校普遍存在的片面追求升学率，重智育，轻德育，对师生的思想政治教育徒具形式，缺乏实实在在的内容，学校秩序不好，师德低下，学生普遍思想道德素质滑坡的现象，可以说都是新形势下弱化党组织的作用和忽视思想政治教育结出的恶果。 实行校长负责制后，绝不能把党组织视为学校可有可无的摆设，在保证校长的中心地位的情况下，国家应明确各级学校党组织的职责、任务和地位，切实保证党组织发挥应有的监督、制衡作用。校长负责制使学校党组织从过去那种包揽一切，陷入事务的状态中解脱出来，党组织要把注意力转向自身建设，转向保证监督党的方针、政策的贯彻落实，转向保证学校教育任务的完成，并对校长是否用好权力实施监督。党组织要领导好工会、共青团、少先队等群众组织，做好师生的思想政治教育工作，努力提高师生的思想道德素质水平。另外，校长要处理好与党支部书记的关系。校长是学校行政工作的“主攻手”，而书记则是学校思想政治工作的“主攻手”，在提高支部书记和校长政治素质、划清职责权限的前提下，为了实现共同目标，二者应该各司其职、各负其责、相互尊重、相互支持、互通情报、协调配合。校长要自觉加强党的观念，主动为实行党支部的保证监督创造必要的条件，重要决策主动和书记商量，用人问题主动征求意见，各项工作主动接受监督。
要保证校长正确的使用权利，就必须加强和完善教职工代表大会制度，学校实行民主管理。特别是在一些规模很小、没有条件成立党支部的学校，教代会的监督、制衡作用更加突出。教职工代表大会制度的核心意义在于提高教职工的主人翁责任感，鼓励教职工关心学校大事，发挥教职工的积极性、主动性和创造精神，发挥群众对干部的监督作用。教代会与校长的工作总目标是一致的，但教代会除了以民主的方式为学校出谋划策，并支持校长和行政系统行使职权外，对校长和行政系统的权力还要发挥监督作用。校长手中的权力越集中，教代会的监督作用越重要。校长应尊重和支持教代会行使民主管理的权利，定期向教代会报告工作，听取意见，认真研究和处理教代会提交的提案，尊重教代会的决议。校长应将学校有关重大决定，特别是涉及到教职工切身利益的大事主动交给教代会讨论审议通过，校长要支持教代会定期召开会议。凡是得不到大多数教职工支持的学校领导者，应通过组织程序予以解聘或动员其自动辞职，对有违法乱纪行为，或是因失职、渎职而给学校带来重大损失的学校领导者，教代会有权提出弹劾，有权建议上级任免机关予以罢免，这样既可以增强校长的民主意识，也可以强化校长的工作责任心。
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