嘉靖二十八年（1549年），张居正顺利通过庶吉士的学习阶段，成为一名翰林院编修。这本是一个相对清闲的官，但张居正就在这一年，上了他人生中的第一份重要奏章——《论时政疏》。
在这篇奏文中，张居正危言耸听地指出了大明王朝面临着的五种巨大危害。
首先是姓朱的皇室王爷们，骄横贪暴，刻毒百姓，以至于动摇了大明朝的根基。
其次是在人才选拔上，平时不注意人才发掘和储备，而在行政中又常常因为个别失误就严厉罢黜人才，造成人才渐渐匮乏。
第三是各级官吏图谋私利，既不认真干活，也不严格考察政绩，导致行政效率低下，百姓受苦。
第四是边境少数民族频繁入侵，而守卫边境的将领心存侥幸，只求一时平安，常被敌军突袭，使人民与财产受到损失。
第五是国家财政，开销无度，入不敷出；因为入不敷出，只好加重征收，这样，“取之无制，用之无节”，使得国家经济捉襟见肘，人民生活也日渐贫苦。
（蒙古大汗俺答）
应该说，张居正的这篇奏章，基本概括出了明朝当时的主要弊政。尤其将宗室藩王列为五害之首，可谓眼光独到。明朝的藩王，自从朱棣篡权之后，成为皇帝监视与防范的对象；政治上削弱了，经济上却继续独霸一方，吞并占有了大量土地，也严重伤害地方经济的发展。正是看到这种危害，张居正才有此倡议。
不过，从另一个角度考虑，当初张居正的祖父张镇是被辽王给害死的。张居正这会儿把整个藩王群体的危害性提出来，也未必没有报复私怨的味道。
从这篇奏章里，更显出了张居正逐渐养成的政治智慧。他深知，尽管藩王霸占良田，欺凌百姓，但在皇帝面前，这帮平民的死活又与哥何干呢？因此他在归纳宗室骄恣之祸时，还用了这么几句作为总结：老大，如果不稍微教训下这帮姓朱的，只怕他们尾大不掉，对朝廷稳定构成威胁啊！
应该说，这下才算真正挠到了嘉靖皇帝的痒处。自古皇帝最怕的，就是被人篡夺江山。拿宗室动摇统治作为说辞，嘉靖皇帝非采信不可！
尤为奇妙的是，张居正在奏章的结尾，又来了这么一段：
尽管这五个方面的弊病都是由来已久，但也不是什么要命的问题，就像人体因为臃肿阻塞而造成的疾病，只要血脉一通畅，这些毛病就能全部消除了！所以，希望陛下能够“览否泰之原，通上下之志，广开献纳之门，亲近辅弼之臣”，让君臣之间畅所欲言，沟通到位，然后针对这五个方面的毛病，责成相关负责人限期解决，那么这些问题何足为患！
用公务文章的话来讲，这叫做先抑后扬的笔法。提出现有问题和解决思路的公务文章，通常开头先扬后抑，大好形势下指出少数污点，对比强烈，更能让人触目惊心；在结尾则要先抑后扬，尽管有这许多可怕的弊端，但道路是曲折的，前途是光明的，办法总比问题多，只要如此如此，这般这般，必然能手到病除，国泰民安。甭管具体办法管用不，这种结尾听起来顺耳，让人充满希望，也比较容易接受。
张居正的奏章，其实也就这个意思。所谓加强君臣沟通，是个很空泛的说法；在嘉靖一朝，要指望智商指数120，而自负指数足有150的皇帝朱厚熜同志，去实打实与广大朝臣沟通，真比让他放弃修道成仙还难。而当时朝廷首辅严嵩同学，也不可能为了国家的利益，去下那么大力气治理五种毛病——他才不为了得罪人，影响自己捞钱呢。
所以，张居正这一篇洋洋洒洒的奏章，并没有对当时的政治局面起到一星半点的推动作用，只能在后世文集里面作为作者能力的一种体现。
上了这么封奏章后，张居正等了等，如石沉大海，毫无动静。他也就知趣了，终严嵩当权之时，不再有对于国家大事的上疏。先学着点吧。
还是在这一年，嘉靖皇帝的太子朱载壑死了。此时，年过四旬的嘉靖皇帝，还有两个活着的儿子，一个是裕王朱载垕，一个是景王朱载圳。对于明王朝而言，重要的是迅速找到替补的皇帝继承人。然而，朱厚熜却听信了道士的鬼话，既不确立新太子，也不去对两个儿子进行考察。裕王年龄大一个月，但谁能确保现任皇帝的心思呢？
大明朝原本就让嘉靖、严嵩这一对宝贝君臣给折腾得七荤八素，如今更是死去活来。然而对于翰林院精英双人组——高拱和张居正，皇太子之死竟意味着未来的希望。当然，此一刻的他们，是无暇领会的。
然后，严嵩时代的第一次重大危机出现了。在这次危机中，以奸臣严嵩为一派，反对严嵩的朝臣们为另一派，展开了虽不太精彩，但却足够激烈的争斗
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